# SeqDistKPlus

**Repository Path**: ERROR123/seq-dist-kplus

## Basic Information

- **Project Name**: SeqDistKPlus
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: C#
- **License**: MulanPSL-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2021-04-14
- **Last Updated**: 2021-06-01

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

### 1.   SeqDistKPlus的操作界面

我们使用了（WinForm）来扩展了SeqDistK软件。扩展后的SeqDistK软件我们命名为 SeqDistKPlus，软件图标底色由绿色改为橙色，软件的界面如下图。

![img](image1)

红色区域为菜单区，可以设置语言，图形字体等信息，黄色区域为输入区，可以在此查看和编辑参与比对的序列，绿色区域为配置区，可以在此配置聚类算法，绘图算法等，蓝色区域为输出区，可以在此查看生成的树，并在此进行导出，紫色区域为状态区，可以显示当前计算，绘图的进度。

软件包可以比对蛋白质和DNA序列，通过点击Gene和Protein来实现蛋白质和DNA序列的比较。

中间栏用于配置计算参数，在 Distance 栏中可以配置计算需要哪些距离算法；在 k串 length 中可以配置 k串length 的区间信息；在 Malkov model 中可以配置 Malkov model 的区间信息；在 Draw Method 中可以配置聚类算法（UPGMA 或 NJ）

在导入序列并配置完成后，单击 Generate 按钮，即可看到软件开始运行。运行进度在最下方的状态栏中可以看到。

在计算完成后，软件最右侧会呈现出得到的树。我们可以选择不同的结果并加以查看，亦可以查看不同风格的树（Standard 和 Circular）。

在图片上右键，在快捷菜单中可以选择 Save 或 Save All ...。其可以分别导出该张或所有图的结果（bmp图片，树描述文件或者距离矩阵）；双击图片则可以在弹出框中单独查看该图片。

在左栏我们输进去比对序列，运行结果如下，可以直接输出进化树。

![img](image2)

### 2.   SeqDistKPlus的优势

可以打开多个窗口，便于树与树之间的比较。功能很全：在SeqDistK上进行升级，可以一键出图，标记颜色，设置字体；Win. Linux. 平台：具有 Windows 和 Linux 两个平台的版本；时间升速：采用交互和计算分离的技术，将效率在SeqDistK的基础上效率高了20%。语言支持中文和English。

### 3.   SeqDistKPlus的功能介绍

软件大致分三栏。 左栏用于输入，单击 Clear 按钮可以清空输入的序列；单击 Add 可以通过打开输入对话框导入序列文件如图；同时Input框也接受文件/文件夹拖入操作，会自动寻找文件夹内的fasta格式的文件进行导入；双击序列文件名可以查看序列信息。

![img](image3)

此外，我们可以在序列名称上右键在快捷菜单中选择序列颜色并加以标记。 在序列比对前先把序列进行颜色分类。这样输出的演化树就非常的清晰，如下。

![img](image4)

**图****2-6** SeqDistKPlus的字体颜色调节

另外软件升级后，SeqDistKPlus可以有两种聚类输出结果，包括UPGMA聚类，及NJ聚类。如**图****2-7**，为两种聚类输出结果。

![img](image5)![img](image6)

a) UPGMA聚类                 b) NJ 聚类

**图****2-7** SeqDistKPlus的输出结果

另外， SeqDistKPlus升级后的输出结果可以有三种保存方式，图片输出，而且可以一次性把所有参数下的图一次输出并保存到一个文件夹下。另外可以输出为矩阵形式，所有参数下运行的结果都以矩阵的形式保存，并存放到同一个文件夹，并按参数格式保存。另外输出格式可以保存成记事本的形式，把所有序列在不同参数下的格式描述都输出。如**图****2-8**和**图****2-9**。

![img](image7)

**图****2-8** SeqDistKPlus的输出结果三种保存模式

![img](image8)

**图****2-9** SeqDistKPlus的输出结果三种保存模式

对于输出结果，演化树的输出形式，我们升级后可以输出以下7种演示格式。通过演化树我们可以很直观的看出不同的聚类效果及物种的聚类效果，如**图****2-10**。

![img](image9)![img](image10)

a) Standard               b) Circular

![img](image11)![img](image12)

c) Align Text            d) Triangular

![img](image13)![img](image14)

e) Bezier              f) Circular Triangular

![img](image15) 

g) Circular Bezier

**图****2-10** SeqDistKPlus的输出结果演化树模型