# CIDP

**Repository Path**: SimonX19891216/CIDP

## Basic Information

- **Project Name**: CIDP
- **Description**: 在应用CRISPR系统时，大多数的sgRNA设计软件都需要用户选择物种。随着研究的不断深入，越来越多的物种或具有特殊性状的品种被研究。而以往的软件很难将所有物种都纳入库中并难以及时对其库进行更新，导致研究人员无法在库中找到所研究的物种。因此，设计了CIDP，最主要的创新点在于，用户仅通过输入基因组序列即可对sgRNA进行设计从而使sgRNA的低脱靶率得到更有效地保证。更多详情见使用说明。
- **Primary Language**: Python
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 4
- **Forks**: 1
- **Created**: 2023-02-27
- **Last Updated**: 2024-03-27

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

CIDP是用于CRISPR系统中sgRNA设计的软件。

尽管已经有很多sgRNA设计工具了，但它们中的大多数设计sgRNA的前提是要求用户选择所研究的物种或者近缘物种来完成设计以便计算和衡量脱靶率。 

然而，随着研究的不断深入，越来越多的物种被纳入研究体系中。据了解，仅目前进行过基因组测序的植物(包括品种)就多达1096种。由于服务器大小等原因的限制，先前的sgRNA设计软件很难将所有物种都纳入库中，这就导致研究人员在使用时很难找到合理的背景数据集。CRISPR是非常精确的系统，在这种缺乏背景数据（找不到物种）的情况下，很难保证设计出来的sgRNA的低脱靶率。

因此，我们开发了CIDP。它的背景数据是由用户通过输入基因组序列构成的且CIDP对基因组序列文件（fasta文件）没有任何特殊的格式要求，因而可以更广泛地适应目前的研究发展需要。当然，除此创新点外，CIDP还可用于查询一组同源基因共有的sgRNA，这种类型的sgRNA已证实在产生突变体方面具有重要作用。除此之外，还可以设计引物、加入特殊结构、显示sgRNA的具体分布位置等（具体信息可见使用说明及视频教程）。

CIDP是一款开源软件，将在文章接收后公布源码。点击该版面右侧的“ **发行版** ”即可根据自身电脑系统选择相应版本进行下载安装。

如果有任何使用上的问题或建议，欢迎直接通过邮件与我联系：xudongzhuanyong@163.com。另外，也可以考虑加入我们的学术交流群，QQ:854485483。谢谢！

 **引用** ：
Dong Xu, Jin Zhang, Xianjia Zhao, Yuze Hou, Heling Jiang, Wenchuang He, Xiongfeng Ma, Weihua Pan, CIDP: A multi-functional platform for designing CRISPR sgRNAs, Horticulture Research, 2023;, uhad092, https://doi.org/10.1093/hr/uhad092