# banetask_server

**Repository Path**: bane-dysta/banetask_server

## Basic Information

- **Project Name**: banetask_server
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-06-07
- **Last Updated**: 2026-07-27

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# 量子化学计算系统demo

## 欢迎使用

欢迎使用量子化学计算系统！本系统由笔者个人开发，为您提供了一个简单直观的UI界面，帮助您提交计算任务到高性能计算集群，而无需掌握复杂的命令行操作！

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/04/20250413122830.png)

您可以直接提交从ChemDraw中复制出的结构，也可以在本地使用Chem3D、或由笔者开发的xTB-GUI等软件进行3d化再上传，保证立体化学结构的正确性。

在你的任务被提交到集群后，笔者开发的另一套自动计算套件将接管整个任务，并在任务完成后自动调用对应工具进行分析、绘图、整理操作。

您可以随时在任务列表中检查任务的运行情况，当任务完成后，您可以在页面上下载到分析结果的压缩包。

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318094920.png)

## 开始使用

### 登录系统

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318094955.png)

1. **连接服务器所在局域网fenxi511**，然后打开浏览器，访问系统地址：
- http://192.168.1.172:10000/
2. 在登录页面输入您的用户名和密码(默认管理员用户密码为admin)
3. 点击"登录"按钮进入系统

> 注意：如果您合成出了强大到令人嫉妒的分子，需要保密，可以联系管理员创建私人账号。
![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/04/20250413122939.png)

### 主界面概览

成功登录后，您将看到系统的主界面：

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318095704.png)

## 提交计算任务

### Step1：上传分子结构

您可以通过三种方式得到可以被服务器识别的分子结构：

#### 使用smiles结构式
这种方法最简单，甚至不需要自行3D化。但是对于柔性较强的分子，该方法得到的构象可能会很别扭。

- 首先，您需要使用ChemDraw绘制目标分子；
- 选中该分子，``Ctrl+Alt+C``复制，然后在smiles结构式栏里粘贴即可完成上传分子结构。

#### **使用ChemOffice绘制**

这种方法是笔者比较推荐的，可以预先检查生成的立体结构是否合理

- 首先，您需要使用ChemDraw绘制目标分子；
- 选中该分子，``Ctrl+C``复制，``Ctrl+V``粘贴到Chem3D中；
- ``Ctrl+M``使用MM2力场优化结构，然后观察结构是否合理，比如立体化学是否与预料中一致；
- ``Ctrl+Shift+S``打开另存为窗口，在保存类型下拉菜单中选择**MDL MolFile 3000** (*.mol)，然后保存。

该mol文件即为最终结构文件，可以上传并被量子化学计算系统识别。

#### 使用xTB-GUI优化结构

xTB的结构优化比Chem3D强得多，但原版是纯命令行运行的。笔者为其写了个简易GUI，下载方式在web应用的软件下载页面中提供了，名为xTB-GUI-v0.2.zip。介绍页面看[这里](http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=50434&fromuid=63020)。

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318101412.png)

- 双击set.bat启动，点击绘制分子按钮，此时会打开一个Chemdoodle绘板；
- 在绘板上绘制分子(注意Chemdoodle绘板第一笔是画一个碳，第二笔需要在那个碳上面接着画)；
- 若您本地有已经在chemdraw上绘制好的分子，可以选中该分子使用``Alt+Ctrl+O``复制，然后在Chemdoodle绘板里点击红圈中的按钮，``Ctrl+V``粘贴并点击Load，即可导入分子
  
  ![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318101539.png)

- 点击导出为Smiles，然后回到xTB-GUI。填好当前分子的电荷，将导出格式选为mol，并点击运行计算；
- xtb的效率是相当高的，计算应当在1分钟内结束，此时打开xtb目录下molecules文件夹，找到一个名为xtbopt.mol的文件。

该mol文件即为最终结构文件。可以使用Chem3D打开该结构观察立体化学是否合适，然后上传到任务系统中。

### Step2：提交计算任务

- 从下拉菜单中选择"计算任务类型"，目前只有前线轨道可用。
- 输入一个有意义的任务名称，后续查找任务需要使用该名称
- （可选）指定"计算目录名称"，或留空由系统将自动生成
- 一切设置完毕后，点击提交任务按钮，任务将上传到服务器。

## 查看和管理任务

### 访问任务列表

在主界面右上角点击"查看任务列表"链接即可打开任务列表页面：

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/04/20250413123214.png)

### 检查任务状态

找到你的任务，刷新列表会更新任务状态。任务可能处于以下状态：

- **任务正在进行中**：任务已提交，等待系统处理
- **任务已成功已完成**：计算已成功完成，结果可供下载
- **出错**：任务处理过程中出现错误，请报告管理员

点击任务状态文字会打开“任务状态与依赖图”弹窗：

- **运行概览**：保留原有任务链摘要、任务实例、状态文件和结果标记；
- **依赖图**：显示 BaneTask `%source`、`guess`、`%when` 和 `@derive` 关系，并在节点上叠加待处理、排队、运行、完成、失败、等待上游等状态；
- 点击节点可高亮完整上下游，并查看状态来源、时间、调度信息、状态文件和工作目录；
- 依赖图标签可切换计算依赖、派生结果或全部视图，支持搜索、缩放、矩阵展开和 SVG 导出；
- 依赖图标签打开时会自动刷新状态，关闭弹窗或切回概览后停止轮询。

服务端优先使用 `btool explain` 得到与 BaneTask 一致的展开视图。部署环境没有 `btool` 或解析失败时会自动使用内置轻量解析器，并在图下方给出降级诊断；轻量解析器不展开命名空间 `.btlib` 和完整矩阵变体。

### 下载结果

- 在任务列表中找到已完成的任务
- 点击对应的"下载结果"按钮
- 系统会从计算集群同步最新结果并打包为zip文件
- 浏览器将自动下载结果文件到您的电脑
- 您也可以在查看文件界面找到任何您想要的特定文件并下载

### 关于轨道可视化

整个计算流程均已经彻底脚本化，但机器固定模式绘图会丢失很多细节，因此可视化仍需手动进行绘制。

#### VMD
若想要比较好的视觉效果，推荐使用VMD绘制。此软件在web应用的软件下载页面提供了本地下载，操作可以参考此贴：

VMD绘图教程：[使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图](http://sobereva.com/447)

#### Orb Viewer
由于VMD的操作比较复杂，这里提供一个替代方案：使用笔者开发的Orb_Viewer一键可视化，优点是一键完成所有绘图，并提供导出工具；缺点是绘图效果可能不如VMD。

Orb_Viewer：
- web应用的软件下载页面提供了本地下载，但版本可能较旧；
- 如果需要最新版，可以尝试从github上下载最新的release版：[Orbital_Viewer](https://github.com/bane-dysta/Orbital_Viewer/releases/download/v1.0.1/Orbital.Viewer.exe)
- 如果上述链接打不开，也可以尝试从cloudflare获取：[Orb_Viewer.exe](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/Orbital%20Viewer.exe)

下载后，双击打开。你从量子化学计算系统中下载的任务文件包中应该有一个json文件，把它拖到Orb_Viewer的窗口里，单击回车，即可自动加载所有轨道与电子空穴：

![](https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2025/03/20250318113712.png)

可以手动拖动分子调整位置，直到自己满意。``Ctrl+鼠标拖动``可以拖动位置，滚轮缩放。

每个轨道组都有独立的截图按钮，可以单独截图，也可以在页面上方找到一键截图得到一张大图。如果不想要截图里带性质，可以把Note选项卡里的内容删掉。另外在轨道区域外``Ctrl+滚轮``可以改变浏览器页面缩放，大约放大到175%的时候会自适应为单行单轨道，此时截图会比单行双列效果更好。

## Q & A

### 我可以同时提交多个任务吗？
是的，您可以提交多个任务，系统会将它们排队处理。

### 为什么我的任务一直处于"等待处理"状态？
自动计算脚本每隔一段时间运行一次，请耐心等待。若您发现任务文件列表数小时内没有任何变化，请联系管理员检查后台脚本运行情况。

### 计算结果会保存多久？
如果不手动删除，计算文件将永久保留。尽管如此，我们仍然建议您及时下载并备份重要结果。

## 获取帮助

如果您在使用过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请联系系统管理员。

祝您使用愉快！

# 安装

## 目录结构

- `/config` - 配置文件
  - `/templates` - 计算任务模板
- `/jobs` - 任务信息和上传的文件
- `/static` - 静态资源文件
  - `/js` - JavaScript文件，包括OpenBabel WebAssembly
- `/templates` - HTML模板
- `/output` - 计算输出目录
- `/calculations` - 计算任务工作目录

## docker
以Rocky Linux 8.10为例：
```bash
sudo dnf update -y
sudo dnf install -y dnf-utils
sudo dnf config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo
sudo sed -i 's#https://download.docker.com#https://mirrors.aliyun.com/docker-ce#g' /etc/yum.repos.d/docker-ce.repo
sudo dnf install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin
sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker
sudo systemctl status docker
sudo docker --version
sudo mkdir -p /etc/docker
sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
  "registry-mirrors": [
    "https://docker.hpcloud.cloud",
    "https://docker.m.daocloud.io",
    "https://docker.unsee.tech",
    "https://docker.1panel.live",
    "http://mirrors.ustc.edu.cn",
    "https://docker.chenby.cn",
    "http://mirror.azure.cn",
    "https://dockerpull.org",
    "https://dockerhub.icu",
    "https://hub.rat.dev"
  ]
}
EOF
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker
sudo docker run hello-world

sudo usermod -aG docker sun
newgrp docker

su sun
docker run hello-world
```

## 装载docker镜像
```bash
docker load -i /apps/dockers/local_ver/local_webchem_server.tar
########################### -v $(pwd)/calculations:/app/calculations 这个映射要映射在硬盘上 ##############################
docker run -d \
  --name webchem_server \
  -p 5005:5000 \
  -v $(pwd):/app \
  -v $(pwd)/jobs:/app/jobs \
  -v /data/s01_data/calculation:/app/calculations \
  -v $(pwd)/config:/app/config \
  -e FLASK_APP=app.py \
  -e FLASK_ENV=development \
  -e FLASK_DEBUG=1 \
  -e PUID=1000 \  # 指定用户ID，应匹配主机上的用户ID
  -e PGID=1000 \  # 指定组ID，应匹配主机上的用户组ID
  local_webchem_server

```

### 使用Docker Compose运行

也可以使用Docker Compose来启动服务：

```bash
# 创建数据目录
mkdir -p data/config data/queue data/jobs data/output data/calculations

# 启动服务
docker-compose up -d
```

Docker Compose会自动创建必要的数据目录并设置正确的权限。

### BaneTask 依赖图配置

Compose 文件已经暴露以下可选环境变量：

| 环境变量 | 默认值 | 作用 |
|---|---:|---|
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_PARSER` | `auto` | 图解析器：`auto`、`btool` 或 `builtin` |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_TIMEOUT` | `20` | 外部解析命令超时秒数，限制在 1–120 秒 |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_EXPANDED` | `0` | 默认是否展开矩阵任务；页面也可临时切换 |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_DERIVES` | `1` | 是否显示 `@derive` 节点 |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_EXACT_DERIVES` | `0` | 是否调用 `banetask --explain-derives` 获取精确依赖 |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_BTOOL` | 空 | 可选的 `btool` 可执行文件路径或命令名 |
| `WEBCHEM_TASK_GRAPH_BANETASK` | 空 | 可选的 `banetask` 可执行文件路径或命令名 |

建议保留 `PARSER=auto` 和 `EXACT_DERIVES=0`：普通请求优先使用 `btool`，不可用时自动降级，同时避免页面请求触发额外的 banetask 分析进程。

### 文件权限问题

容器内的文件默认由非root用户(appuser)创建，其UID和GID默认为1000。如果您需要在主机上访问这些文件，可以通过在docker-compose.yaml或docker run命令中设置PUID和PGID环境变量来匹配您主机上的用户：

```bash
# 查看当前用户的UID和GID
id -u  # 显示用户ID
id -g  # 显示组ID

# 然后在启动容器时指定这些值
docker run -e PUID=$(id -u) -e PGID=$(id -g) ...
```

或者在docker-compose.yaml中修改PUID和PGID值。

## 安装tasker

```bash
git clone https://gitee.com/bane-dysta/tasks.git
```
当前计算文件的目录为`/apps/dockers/local_ver/calculations`，修改env.sh:
```bash
## This line
export AUTOTASKER_CALC_PATH="$HOME/AutoCalc/tasks"
## should be change to:
export AUTOTASKER_CALC_PATH="/apps/dockers/local_ver/calculations"

## These lines should also be change
export GAUSSIAN_PATH="${GAUSSIAN_PATH:-$HOME/apprepo/gaussian/16-hy/app/g16}"
export AUTOTASK_EXTERNAL_SCRIPTS_PATH="${AUTOTASK_EXTERNAL_SCRIPTS_PATH:-$HOME/scripts/bin}"
export MULTIWFN_PATH="${MULTIWFN_PATH:-$HOME/apprepo/Multiwfn/3.8-Updated_on_2024_Feb_20/app/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux}"
export OMP_STACKSIZE="${OMP_STACKSIZE:-200M}"
```

修改sges.sh：
```
input_folder="$HOME/dockers/local_webchem_server/calculations"  # 根据需要修改此路径
source /etc/profile
#source $HOME/apps/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
#conda activate rdkitenv
source $HOME/apps/tasks/env.sh

/apps/miniconda/envs/obabel/bin/python $AUTOTASKER_BASE_PATH/task_module.py  # 调用Python脚本

source /apps/gaussian16/env.sh
```