# biobee-analysis

**Repository Path**: bee19940901/analysis

## Basic Information

- **Project Name**: biobee-analysis
- **Description**: BioBee生信云分析工具
- **Primary Language**: R
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-04-03
- **Last Updated**: 2026-04-10

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# BioBee Analysis

生物信息学分析模块，包含各类生信分析工具的 R 脚本和示例数据。

## 目录结构

```
analysis/
├── MedTool/
│   └── PanCancer/
│       ├── PanCancer.R      # 泛癌分析主脚本
│       ├── example.json     # 示例配置文件
│       └── example.zip      # 示例结果图片
├── README.md                # 本文档
├── README.en.md             # 英文文档
└── .gitignore              # Git 忽略规则
```

## MedTool 模块

### PanCancer（泛癌分析）

泛癌分析工具，用于分析基因在多个癌症数据集中的表达情况。

#### 功能

- 支持多个数据源：GTEx、TCGA、TCGA+GTEx、CCLE
- 数据预处理：Log 转换、加 1 处理等
- 统计分析：t-test、wilcox.test、anova
- P 值校正：holm、bonferroni、BH、fdr
- 多种图表类型：箱线图、小提琴图、散点箱线图等
- 显著性标记：自动添加统计显著性标记

#### 使用方法

```bash
# 运行分析
Rscript PanCancer.R -c config.json

# 配置文件字段说明
{
  "projectId": "",           # 项目 ID
  "taskName": "泛癌分析任务", # 任务名称
  "dataSource": ["GTEx", "TCGA"],  # 数据源
  "geneList": "TP53,BRCA1",       # 基因列表（逗号分隔）
  "pAdjust": "fdr",              # P 值校正方法
  "useLog": true,                # 是否使用 Log 转换
  "logBase": true,               # 是否使用自定义对数底数
  "showSig": true,               # 是否显示显著性标记
  "sigPos": 11.0,                # 显著性标记 Y 轴位置
  "statMethod": "t.test",        # 统计方法
  "pWidth": 8,                   # 图片宽度
  "pHeight": 6,                  # 图片高度
  "pDpi": 300,                   # 图片 DPI
  "pTheme": "bw"                 # 主题
}
```

#### 输入文件

在 `inputDir` 目录下准备以下数据文件：

- `gtex_data.RData` - GTEx 数据（包含 `gtex_mrna_pheno`）
- `tcga_data.RData` - TCGA 数据（包含 `tcga_mrna_clin`）
- `tcga_gtex_data.RData` - TCGA+GTEx 数据（包含 `tcga_gtex_mrna_pheno`）
- `ccle_exp.tsv` - CCLE 表达矩阵
- `ccle_clin.tsv` - CCLE 临床信息

#### 输出文件

生成的图片保存在 `outputDir` 目录：

- `{基因名}_GTEx.pdf/png` - GTEx 分析图
- `{基因名}_TCGA.pdf/png` - TCGA 分析图
- `{基因名}_TCGA_GTEx.pdf/png` - TCGA+GTEx 分析图
- `{基因名}_CCLE.pdf/png` - CCLE 分析图

## 开发指南

### 添加新分析模块

1. 在 `MedTool/` 下创建新目录
2. 编写 R 分析脚本
3. 提供 `example.json` 配置示例
4. 添加 `example.zip` 示例结果
5. 更新本 README

### R 脚本规范

- 使用 `optparse` 包处理命令行参数
- 配置文件使用 `jsonlite` 包读取
- 输出目录不存在时自动创建
- 错误处理和日志记录
- 支持严格字段验证

## 许可证

MIT License