# RNA-seq

**Repository Path**: bioinfoFungi/rna-seq

## Basic Information

- **Project Name**: RNA-seq
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-03-06
- **Last Updated**: 2022-03-06

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

```
.
├── cutadapt_fastq
│   ├── cutadapt.sh
│   ├── fastqc.sh
│   ├── test_R1_cutadapt_fastqc.html
│   ├── test_R1_cutadapt_fastqc.zip
│   ├── test_R1_cutadapt.fq.gz
│   ├── test_R2_cutadapt_fastqc.html
│   ├── test_R2_cutadapt_fastqc.zip
│   └── test_R2_cutadapt.fq.gz
├── data
│   ├── chr1.fa
│   ├── hg38_refseq.gtf
│   ├── test_R1.fq.gz
│   └── test_R2.fq.gz
├── fastqc_out
│   ├── fastqc.sh
│   ├── test_R1_fastqc.html
│   ├── test_R1_fastqc.zip
│   ├── test_R2_fastqc.html
│   └── test_R2_fastqc.zip
├── hisat2_index
│   ├── hg38_ch1.1.ht2
│   ├── hg38_ch1.2.ht2
│   ├── hg38_ch1.3.ht2
│   ├── hg38_ch1.4.ht2
│   ├── hg38_ch1.5.ht2
│   ├── hg38_ch1.6.ht2
│   ├── hg38_ch1.7.ht2
│   ├── hg38_ch1.8.ht2
│   ├── hisat2-build.log
│   ├── hisat2-index.log
│   └── hisat2_index.sh
├── hisat2_mapping
│   ├── hisat2_mapping.log
│   ├── hisat2_mapping.sh
│   └── hisat2.sam
├── star_index
│   ├── chrLength.txt
│   ├── chrNameLength.txt
│   ├── chrName.txt
│   ├── chrStart.txt
│   ├── exonGeTrInfo.tab
│   ├── exonInfo.tab
│   ├── geneInfo.tab
│   ├── Genome
│   ├── genomeParameters.txt
│   ├── Log.out
│   ├── SA
│   ├── SAindex
│   ├── sjdbInfo.txt
│   ├── sjdbList.fromGTF.out.tab
│   ├── sjdbList.out.tab
│   ├── star_index--genomeFastaFiles
│   │   └── Log.out
│   ├── star_index.log
│   ├── star_index.sh
│   └── transcriptInfo.tab
├── star_mapping
│   ├── starAligned.out.bam
│   ├── starLog.final.out
│   ├── starLog.out
│   ├── starLog.progress.out
│   ├── star_mapping.log
│   ├── star_mapping.sh
│   └── starSJ.out.tab
├── tophat_index
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.1.bt2
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.2.bt2
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.3.bt2
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.4.bt2
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.rev.1.bt2
│   ├── chr1_ref_hg38.fa.rev.2.bt2
│   ├── tophat2_index.log
│   └── tophat_index.sh
└── tophat_mapping
    ├── accepted_hits.bam
    ├── align_summary.txt
    ├── deletions.bed
    ├── insertions.bed
    ├── junctions.bed
    ├── logs
    │   ├── bam_merge_um.log
    │   ├── bowtie_build.log
    │   ├── bowtie_inspect_recons.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.m2g_um.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.m2g_um_seg1.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.m2g_um_seg2.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.m2g_um_seg3.log
    │   ├── bowtie.left_kept_reads.m2g_um_seg4.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.m2g_um.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.m2g_um_seg1.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.m2g_um_seg2.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.m2g_um_seg3.log
    │   ├── bowtie.right_kept_reads.m2g_um_seg4.log
    │   ├── g2f.err
    │   ├── g2f.out
    │   ├── gtf_juncs.log
    │   ├── juncs_db.log
    │   ├── long_spanning_reads.segs.log
    │   ├── m2g_left_kept_reads.err
    │   ├── m2g_left_kept_reads.out
    │   ├── m2g_right_kept_reads.err
    │   ├── m2g_right_kept_reads.out
    │   ├── prep_reads.log
    │   ├── reports.log
    │   ├── reports.samtools_sort.log0
    │   ├── run.log
    │   ├── segment_juncs.log
    │   └── tophat.log
    ├── prep_reads.info
    ├── tophat2_mapping.log
    ├── tophat_mapping.sh
    └── unmapped.bam
```