# sp_auto

**Repository Path**: hao203/sp_auto

## Basic Information

- **Project Name**: sp_auto
- **Description**: 网络药理学（系统药理学）自动化
Network pharmacology / systems pharmacology auto-analysis 
- **Primary Language**: R
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 77
- **Forks**: 4
- **Created**: 2021-02-04
- **Last Updated**: 2025-11-24

## Categories & Tags

**Categories**: bio-medical

**Tags**: None

## README

# 网络药理学（系统药理学）自动化

2021.09.24更新

### 特别说明

本文档Rmd是R Markdown文件，如果你还不会使用R Markdown，请你一定学习一下，因为这是个革命性的写作工具，我已经在医咖会出了新课
欢迎大家来学习

课程地址
[R Markdown学术写作系列教程](https://www.mediecogroup.com/zhuanlan/courses/46/)


课程源码
https://gitee.com/hao203/rmd_china

#### 介绍
网络药理学（系统药理学）自动化
Network pharmacology / systems pharmacology auto-analysis 

视频教程地址
https://www.bilibili.com/video/BV1mK4y1D7AZ

#### 软件架构
分为两部分，一个是别人用python做的程序，可以直接用来进行tcmsp的爬取和Uniprot的ID转换，当然加Symbol也不在话下。
[快速爬取TCMSP并进行uniprot的ID转换](https://www.bilibili.com/video/BV1fy4y1r7z7)

另一个是我自己做的程序，主要是通过R语言的rvest包进行爬取，并进行自动化处理
适用于旧版TCMSP https://old.tcmsp-e.com/，文件名为tcmsp auto old.Rmd

另一个是新版TCMSP https://tcmsp-e.com/。由于新版需要登录验证，暂时无法实现自动爬取，需要手动复制一下，但也比一页一页手动要强太多。


#### 安装教程

1.  python程序无需其他额外安装，git clone命令到本地，在文件夹运行即可
2.  R语言包为我自己用R markdown编写，需要安装R基础包和Rstudio
3.  R依赖的包- rvest|stringr|jsonlite|xlsx，使用前请安装

#### 使用说明

1.  首先安装Rstudio和R
2.  接着安装必要的包 **rvest|stringr|jsonlite|xlsx** 。这里特别注意rvest不知是系统bug还是R包镜像更新不及时，如果直接通过Rstudio安装，运行会出现错误，因为官方该包的版本为0.99，而直接安装却是0.36。请运行```remotes::install_github("tidyverse/rvest")```安装。
3.  运行R里面的代码即可。output.xlsx文件是输出结果，每做一个药，就要重新保存。

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- 公众号，**小梁医生**

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