hpc4you

hpc4you, the right high performance computing/cluster for you.

Simple script to setup workstation or high performance cluster(HPC) for computational chemistry.

适用于计算化学方向的Linux工作站基础系统设定, 限CentOS7、CentOS8、Stream9/Rocky9及其衍生系统, Ubuntu20.04/22.04及其衍生系统. 包括但不限于:

1. GNU编译环境
2. OpenMPI/MPICH并行环境
3. Intel编译环境
4. 小规模Linux高性能并行计算集群搭建、调优.

软件镜像

提供计算化学软件在工作站或者高性能计算集群平台上的编译和安装调试技术协助. 包括但不限于:

1. 量子化学电子结构计算软件: ORCA, XTB, MOPAC, Dalton, GAMESS-US; Gaussian, NWChem, Molpro, Turbomole, ADF, Q-Chem
2. 第一性原理类: VASP, VASP+VTSP+VASPKit+qVASP+Sol, CP2K, Quantum ESPRESSO, Abinit, Fhi-Aims
3. 分子动力学类: Gromacs.MPI, Gromacs.GPU, LAMMPS, NAMD, Amber, Galamost3.GPU, Galamost5.GPU
4. 天气研究与预报: WRF-Chem, WRF-Chem-KPP

其中VASP和CP2K, 可提供针对处理器最高指令集(AVX512, AVX2, AVX, SSE4.2)优化编译的二进制版本, 限定intel处理器; 可提供硬件定制化的VASP调优加速, 加速高达30倍; 可提供intel+MKL+AVX512指令集可用的CP2K编译优化版本, 计算更稳、更快.

镜像下载

如有需要, 请自行下载.

1. 自由分享, 无需解锁

https://pan.baidu.com/s/18Q1hcop9JvNVEra8NVCULg?pwd=m9jm

2. 加密分享, 需解锁

https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc

3. 支持Intel和AMD处理器.

4. 请安装Singularity

镜像基于Singularity制作, 请在你的机器上安装singularity-ce或者apptainer.

如果不会使用apt/yum/dnf安装(需要root权限), 请通过如上两个百度共享链接, 文件夹APP里面有安装包.

Debian/Ubuntu,

dpkg -i XXX.deb

CentOS/Rocky/Alma/OpenEuler

rpm -i XXX.rpm

或者无需root权限, 直接源码编译安装, 参考这里

获取解锁(有偿)

• 第一步

去百度共享下载所需的镜像文件, 并上传到服务器. 比如镜像名称是 cp2kXXX.hpc4you.lock, 您需要在终端运行指令:

md5sum cp2kXXX.hpc4you.lock

并把输出结果, 粘贴到电邮正文中.

• 第二步

移除服务器上所有U盘、移动硬盘等外接设备, 运行如下指令:

bash <(curl https://gitee.com/hpc4you/linux/raw/master/getAppUnlocker.sh)

而后根据屏幕提示, 粘贴两行蓝色内容到电邮正文, 新生成的dat文件作为附件. 别忘了附件文档呀!!!

可参考下载即用-简介与解锁演示-哔哩哔哩🔗, 生成的文件名会有稍许差异.

• 第三步

发送电子邮件.

免费技术视频

网络配置和源码编译相关

使用Linux桌面环境进行日常计算工作 ---> https://b23.tv/C3FzeD

CentOS8系统安装以及初始化设定 ---> https://b23.tv/falgmW

CentOS7初次网络设定 ---> https://b23.tv/yy3eF4

非桌面环境配置网络, 仅需方向键数字键Tab还有Enter键 ---> https://b23.tv/NCjSb3

以普通用户源码编译安装gcc9套件 ---> https://b23.tv/xs9ovN 视频中的技术方案, 适用于绕开root授权, 给自己安装软件的场景.

服务器主板IPMI使用演示 ---> https://b23.tv/hsh0ZE

开启ipv6网络, 随时随地做计算化学 ---> https://b23.tv/y38e4k

计算模拟工作站、集群相关

高性能计算服务器工作站系统安装方案推荐 ---> https://b23.tv/BvcMHE

王建：私有计算集群的搭建和课题组计算资源管 https://www.cailiaoren.com/m_vinfo.php?id=172&vid=1524

Microwulf: A Personal, Portable Beowulf Cluster https://sites.calvin.edu/adams/research/microwulf/

顺序读写对比, 自建集群vs天河2号 ---> https://b23.tv/sq2fAl

工作站服务器部署OpenPBS调度器 --—> https://b23.tv/FM04Qu

Slurm调度并行计算搭建实录 --->

1. https://www.bilibili.com/video/bv19A4y1U7uX
2. https://www.bilibili.com/video/bv1j44y1u7YR
3. https://www.bilibili.com/video/bv115411R7yy

多种软件 动态激活 http://bbs.keinsci.com/thread-23579-2-1.html

无需root授权、自主安装conda ---> B站视频编号BV1Xf4y1G7vQ

hpc4you自研集群部署方案

slurm调度并行计算集群调试演示. 真-实况录屏. CentOS8 平台 bv1ao4y127Hf
CentOS7 平台 BV1zP4y1a7Wz RockyLinux bv115411R7yy

hpc4you自研并行计算集群方案, 适用于计算化学、计算材料应用场景.

集群系统免费维护、免管理(唯一的管理工作就是添加新用户ID). 可一键开启记账功能和GPU调度支持.

支持用户无感式运维支持(如有必要), 仅需通过电邮提供root登录密码或者添加相应key文件, 无需安装任何其他软件. 网络方面仅仅要求, master节点ping www.baidu.com 有回应.

微软用户专享解决方案

如何连接远程服务器,上传下载数据? ---> https://b23.tv/q7JcnM

使用putty从微软登录远程Linux服务器, 密码或者key鉴权 ---> https://b23.tv/0HC6S8

微软机器MobaXterm跳转登录计算服务器 ---> https://b23.tv/ZNZDIN 此方案亦可用于直接访问没有公网的计算集群.

自制密钥登录服务器 ---> https://b23.tv/wCx1ee

微软MobaXterm自制密钥 ---> https://youtu.be/Lk3k-3YmKnk 微软MobaXterm自制密钥 ---> https://b23.tv/N22waO windows-MobaXterm-ssh无密码登录 ---> https://b23.tv/eXSHLh 适用于自己制作key文件, 避免输入密码.

微软+MobaXterm直接访问计算服务器 ---> https://b23.tv/kyeEpJ

让内线Linux机器访问互联网 ---> https://b23.tv/ve6qRm 特别适用于，微软可以上网，目标Linux机器可以通过微软登录，但是目标服务器没有互联网。 使用该方案，无需root授权，一键脚本，即可在Linux机器上， 直接运行git clone / wget / conda install, 方便在自己目录下部署应用软件. 当然也支持yum install，显然需root来执行。

Mac/Linux系统登录远程计算服务器 ---> https://b23.tv/H7ogRm

登录远程计算服务器 Windows, Mac, Linux ---> https://b23.tv/jjERkY

讲座视频

OLED计算相关

https://www.cailiaoren.com/vinfo.php?show=2&id=193&vid=1753

高性能计算平台配置指南

https://www.yuque.com/books/share/353acb0b-e58e-473d-95ba-37fc90fcb7c6?# （密码：iv8o）

工作站、小型集群解决方案—让VASP跑的更快

https://www.cailiaoren.com/vinfo.php?show=2&id=216&vid=1938

https://www.cailiaoren.com/vinfo.php?show=2&id=216&vid=1992

VASP从头编译: 系统安装, 系统组件准备, 编译套件安装, vasp源码编译 https://www.cailiaoren.com/vinfo.php?show=2&id=11&vid=1927