# 一个简洁版的数据库网站搭建项目
**Repository Path**: lgmdpthief/project
## Basic Information
- **Project Name**: 一个简洁版的数据库网站搭建项目
- **Description**: 基于文献提供的数据集搭建一个简略版肿瘤数据库网站
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No
## Statistics
- **Stars**: 0
- **Forks**: 1
- **Created**: 2023-01-02
- **Last Updated**: 2023-01-02
## Categories & Tags
**Categories**: Uncategorized
**Tags**: None
## README
# 肿瘤MySQL数据库搭建
#### 介绍
【项目简介】：基于文献提供的数据集搭建一个简略版肿瘤数据库网站
【文献】:Landscape of somatic alterations in large-scalesolid tumors from an Asian population
【文献研究背景】：
1）癌症是全球公共卫生的一大挑战，我国在过去的几十年间,癌症发病率和死亡率均呈明显上升趋势。近年来，基于日益准确和高分辨率的癌症分子分层，精准医学的发展使得肿瘤的个性化诊断、预后和治疗日趋完善。
2）新一代测序技术（NGS）具有高通量的优势，可以识别几乎所有类型的基因组变异，包括单核苷酸变体（SNV）、片段插入/删除（Indel）、拷贝数变异（CNV）和基因融合等。考虑到NGS技术的复杂性和临床实践的高要求，测序数据的严格质控就显得尤为重要。近些年的研究结果和实验验证也表明，NGS技术为大规模基因组研究提供了可能，可真实地反映癌症患者的基因组特征
3）此外，研究发现患者的种族也可能是影响癌症诊断的一个重要因素，并且癌症患者的治疗在各民族人口之间也不尽相同。目前，许多针对西方人群的大规模NGS泛癌研究已经完成，但关于亚洲人群的大规模研究仍是空白。
【研究内容】
构建中国实体瘤患者的基因组图谱，全面阐述了东西方肿瘤患者的不同基因组特征。
【研究方案】
研究团队收集了中国11553例癌症患者的肿瘤样本，包括25种主要肿瘤类型和100多种肿瘤亚型，并匹配外周血液样本。经过严格的质控，共有10194个（88%） 肿瘤样本用于后续的分析，此外，为了减少统计偏倚，少于50例的癌症类型被排除在外。
#### 数据集下载
文献提交数据集到cBioPortal for Cancer Genomic肿瘤基因组数据库
下载页面：https://www.cbioportal.org/study/summary?id=pan_origimed_2020
数据集：
1.CNA_Genes.txt
描述：787行X9列
2.CCLE_mutations.csv
描述：414行X8列
3.Mutated_Genes.txt
描述：1,235,466行X33列
#### 技术路线
1.基于WAMP框架搭建数据库
Navicat 连库导数(三个文件：1.CNA_Genes.txt 、2.CCLE_mutations.csv、3.Mutated_Genes.txt)
2.交互页面设计
基于php语言向后端数据库调到web浏览器
1）index.php 主页面
2） Mutated_Genes.php 主页面跳转
3） CNA_Genes.php 主页面跳转
4） DepMap_Public_22Q2_Primary_Files.php 主页面跳转下载页面
5） CNA_Genes_download.php 下载
6） Mutated_Genes_download.php 下载
7） CCLE_mutations_download.php 下载
#### 成品展示