| 自研（PyTorch, nanochat） | Anthropic Claude, OpenAI Codex | Andrej Karpathy 出品。630 行 AI 智能体，自主阅读训练脚本、提出假设、修改代码、运行实验并评估结果 —— 一夜跑数百个实验。 |
| [AI-Scientist](https://github.com/SakanaAI/AI-Scientist) | 
| 自研（模板系统, LaTeX 流水线） | OpenAI, Anthropic Claude, DeepSeek, Gemini, OpenRouter, 开源模型 | 首个全自动开放式科学发现系统。自动完成想法生成、编码、实验运行和完整论文撰写。 |
| [RD-Agent](https://github.com/microsoft/RD-Agent) | 
| 自研 + **LiteLLM**, Docker, Streamlit, Qlib | OpenAI (GPT-4o/o1/o3), Azure OpenAI, DeepSeek；任何 LiteLLM 支持的提供商 | 微软出品。自动化 R&D 流程 —— 量化因子/模型演化、Kaggle 自动化、论文到代码实现。MLE-bench 顶尖 agent。 |
| [AutoResearchClaw](https://github.com/aiming-lab/AutoResearchClaw) | 
| **OpenClaw** + Docker, LaTeX (NeurIPS/ICML/ICLR), OpenAlex, Semantic Scholar | OpenAI (GPT-4o), OpenRouter, DeepSeek, MiniMax；Claude/Gemini/Kimi 经 ACP 协议 | 全自主研究：idea → 文献检索 → 沙箱实验 → 多 agent 同行评审 → LaTeX 论文输出。 |
| [ARIS](https://github.com/wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep) | 
| **Claude Code** + MCP（Codex, llm-chat, Zotero, Obsidian） | Anthropic Claude, OpenAI GPT, GLM-5, MiniMax, Kimi, Qwen, DeepSeek, LongCat；任何 OpenAI 兼容 API | Claude Code skills 套件，用于自主 ML 研究：跨模型评审循环、想法发现流水线、实验自动化与论文撰写。 |
| [AI-Scientist-v2](https://github.com/SakanaAI/AI-Scientist-v2) | 
| 自研（BFTS 智能体树搜索, AIDE） | OpenAI (o1/o3/GPT-4o), Anthropic (Bedrock), Gemini | AI-Scientist 升级版。首篇完全由 AI 撰写并通过同行评审被接收的 Workshop 论文。 |
| [Agent Laboratory](https://github.com/SamuelSchmidgall/AgentLaboratory) | 
| 自研多智能体（arXiv, HuggingFace, LaTeX） | OpenAI (o1/o3/GPT-4o), DeepSeek | 端到端自主研究工作流，包含文献综述、实验和报告撰写的专用智能体。 |
| [AI-Researcher](https://github.com/HKUDS/AI-Researcher) | 
| 自研 + **LiteLLM**, Docker, Gradio | Anthropic, OpenAI, Gemini, DeepSeek, OpenRouter, GitHub AI（经 LiteLLM） | NeurIPS 2025 Spotlight。完全自主系统，覆盖文献综述、假设生成、算法实现和可投稿论文准备。 |
| [claude-scholar](https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar) | 
| **Claude Code** / Codex CLI / OpenCode, Zotero MCP, Obsidian, LaTeX | Anthropic Claude, OpenAI（经 Codex） | 半自动学术研究助手，覆盖 idea → 编码 → 实验 → 写作 → 投稿。 |
| [Biomni](https://github.com/snap-stanford/Biomni) | 
| 生物医学自研智能体 + 代码执行、数据湖、know-how 知识库 | Anthropic Claude, OpenAI, Azure OpenAI, Gemini, Groq, AWS Bedrock, 自定义 OpenAI 兼容 API | 斯坦福出品。通用生物医学 AI 智能体，可在生物与医学研究中自主执行任务，结合 LLM 推理、检索增强与工具/代码调用。 |
| [DeepScientist](https://github.com/ResearAI/DeepScientist) | 
| 自研（贝叶斯优化、Findings Memory、Research Map），Git worktrees, LaTeX | OpenAI (Codex CLI), Anthropic Claude, Moonshot Kimi, OpenCode；本地模型后端 | Local-first 自主研究 studio。Findings Memory 与贝叶斯优化编排基线复现 → 分支实验 → LaTeX 论文草稿。 |
| [DATAGEN](https://github.com/starpig1129/DATAGEN) | 
| **LangChain** + **LangGraph**, MCP servers, Firecrawl | OpenAI, Anthropic Claude, Gemini, Ollama, Groq | AI 驱动的多智能体研究助手，自动完成假设生成、数据分析、可视化和报告撰写。 |
| [Idea2Paper](https://github.com/AgentAlphaAGI/Idea2Paper) | 
| 自研 AgentAlpha 框架（多智能体协作），向量数据库，知识图谱 | DeepSeek V3/R1, Claude 3.5, GPT-4o；Semantic Scholar, ArXiv API | 科研灵感探索引擎：多 Agent 协同进行深度文献挖掘与知识图谱对齐，将朴素 idea 包装为结构化课题方案。 |
| [InternAgent](https://github.com/InternScience/InternAgent) | 
| 自研（Aider 代码生成、持久化记忆），Conda；Google Search, Semantic Scholar | OpenAI（含 OpenAI 兼容接口）, Anthropic Claude | 上海 AI Lab 出品。长周期自主科学发现的统一 agentic 框架，覆盖物理、生物、地球与生命科学 —— 反应产率预测、分子动力学、蛋白质工程、气候诊断。 |
## 📚 深度调研与文献综合
> 聚焦于自动信息收集、文献综述和报告生成。
| 项目 | Stars | 框架 / 工具 | 支持的 LLM API | 简介 |
|------|-------|-------------|----------------|------|
| [DeerFlow](https://github.com/bytedance/deer-flow) | 
| **LangChain** + **LangGraph**, InfoQuest | 任何 OpenAI 兼容 API（GPT-4, Gemini via OpenRouter 等） | 字节跳动出品。开源 SuperAgent 框架，编排子智能体、记忆和沙箱，用于深度调研、代码生成和报告撰写。 |
| [STORM](https://github.com/stanford-oval/storm) | 
| **DSPy** + **LiteLLM**, Streamlit | 全部 LiteLLM 支持的模型（OpenAI, Azure 等）；搜索：You.com, Bing, Google, Brave, Tavily, SearXNG | 斯坦福出品。LLM 驱动的知识管理系统，生成带引用的完整维基百科风格文章。支持 Co-STORM 人机协作。 |
| [GPT Researcher](https://github.com/assafelovic/gpt-researcher) | 
| **LangGraph**, MCP, FastAPI, NextJS | OpenAI, Anthropic Claude, Gemini；任何 OpenAI 兼容 API | 自主深度调研智能体。生成 5-6 页带引用的事实性报告，支持 PDF/Docx/Markdown 和多智能体工作流。 |
| [ChatPaper](https://github.com/kaixindelele/ChatPaper) | 
| PyMuPDF, arxiv.py, Flask, Docker | OpenAI (GPT-3.5/4) | 用 ChatGPT 总结 arXiv 论文、专业翻译、论文润色、审稿分析和审稿人回复生成。 |
| [通义深度研究](https://github.com/Alibaba-NLP/DeepResearch) | 
| 自研（ReAct, IterResearch, GRPO RL）；Serper, Jina, SandboxFusion | OpenAI 兼容, OpenRouter；通义-30B-A3B, Dashscope/百炼 | 阿里巴巴出品。Agentic LLM（305 亿参数，33 亿激活），专为长周期深度信息检索设计。多项基准 SOTA。 |
| [Open Deep Research](https://github.com/langchain-ai/open_deep_research) | 
| **LangChain** + **LangGraph**, MCP, LangSmith | OpenAI (GPT-5/4.1), Anthropic (Sonnet 4), OpenRouter, Ollama（本地） | LangChain 出品。开源深度调研框架，可配置 MCP 工具和搜索 API。 |
| [PaperQA2](https://github.com/Future-House/paper-qa) | 
| 自研 + **LiteLLM**, Pydantic, tantivy | OpenAI, Anthropic, Gemini, Ollama, llama.cpp；任何 LiteLLM 支持的提供商 | 面向科学文献的高精度 RAG 系统。动态检索全文论文并迭代优化回答。发表于 ICLR。 |
| [DeepResearchAgent](https://github.com/SkyworkAI/DeepResearchAgent) | 
| 自研（Autogenesis 自演化协议），MMEngine 配置 | OpenRouter（多模型访问） | 昆仑万维出品。层级多智能体系统，顶层规划智能体协调多个专业化底层智能体。 |
| [Auto-Deep-Research](https://github.com/HKUDS/Auto-Deep-Research) | 
| AutoAgent 框架 + **LiteLLM**, Docker | Anthropic, OpenAI, Gemini, Mistral, Groq, OpenRouter, DeepSeek；任何 OpenAI 兼容 | OpenAI Deep Research 的开源替代。通用 LLM 兼容，零配置启动。GAIA Benchmark 表现优异。 |
| [OpenScholar](https://github.com/AkariAsai/OpenScholar) | 
| 自研 RAG（PyTorch, HuggingFace, Contriever） | OpenAI (GPT-4o), Llama 3.1 8B（自部署）；Semantic Scholar API, You.com | 检索增强语言模型，搜索 4500 万篇论文。发表于 Nature。超越 PaperQA2 和 Perplexity Pro。 |
| [ChatReviewer](https://github.com/nishiwen1214/ChatReviewer) | 
| Python, tiktoken, Docker, HuggingFace Spaces | OpenAI (GPT-3.5/4) | 用 ChatGPT 分析论文优缺点，提供改进建议，自动生成审稿人回复。ChatPaper 姊妹项目。 |
| [OpenResearcher](https://github.com/TIGER-AI-Lab/OpenResearcher) | 
| Megatron-LM（训练）, vLLM（部署）, HuggingFace, Tevatron, BM25 + Qwen3-Embedding, Serper | OpenResearcher-30B-A3B（开源权重）; OpenAI API（评分） | 完全开源的长周期 deep research 训练 + 推理 pipeline，发布 30B-A3B 开源模型，在 BrowseComp-Plus 上超越 GPT-4.1 和 Claude Opus 4。 |
## ⚙️ 自动化实验与代码智能体
> 自动化编码、实验执行和迭代优化。这些项目是自动化研究系统的"双手"。
| 项目 | Stars | 框架 / 工具 | 支持的 LLM API | 简介 |
|------|-------|-------------|----------------|------|
| [AutoGPT](https://github.com/Significant-Gravitas/AutoGPT) | 
| 自研（Agent Builder, 工作流模块），Docker | OpenAI, Anthropic, Groq, Llama, AI/ML API（300+ 模型） | 最早的自主 AI 智能体框架之一。包含 Forge（智能体创建）、基准测试套件和用户界面。 |
| [OpenHands](https://github.com/All-Hands-AI/OpenHands) | 
| 自研智能体框架，可组合 Python 库 | Anthropic Claude, OpenAI GPT, MiniMax；任何 LLM | AI 驱动的软件开发平台。自主编码智能体可编辑文件、运行命令、浏览网页。SWE-Bench Verified 达 72%。 |
| [Aider](https://github.com/Aider-AI/aider) | 
| 自研（AI 结对编程 CLI），Git 集成 | Anthropic Claude, OpenAI, DeepSeek, OpenRouter, Ollama；几乎任何 LLM | 终端中的 AI 结对编程。支持多文件编辑、Git 集成。广泛用作研究流水线中的编码基础设施。 |
| [SWE-agent](https://github.com/SWE-agent/SWE-agent) | 
| 自研（YAML 配置驱动），面向研究场景 | OpenAI (GPT-4o), Anthropic (Sonnet 4, Claude 3.7)；可配置 | 普林斯顿出品。将 LLM 转化为修复真实 GitHub Issue 的软件工程智能体。开创 SWE-Bench 基准。 |
| [PaperBanana](https://github.com/dwzhu-pku/PaperBanana) | 
| Streamlit, OpenRouter | OpenAI, Anthropic, Gemini（经 OpenRouter） | 参考驱动的多智能体学术插图生成框架。5 个专用 agent（检索、规划、风格、可视化、评审）生成出版级插图。 |
| [MLE-agent](https://github.com/MLSysOps/MLE-agent) | 
| Python, Kaggle 集成, arXiv, Papers with Code | OpenAI, Anthropic Claude, Ollama (Llama3), Mistral | ML 工程与研究的智能伴侣。集成 arXiv 和 Papers with Code，提供更好的代码/研究计划。自动调试。 |
| [AIDE](https://github.com/WecoAI/aideml) | 
| Python, Streamlit, Docker | OpenAI (GPT-4-turbo/4o), Anthropic Claude, Gemini, Ollama（本地） | AI 驱动的代码空间探索。LLM agent 通过树搜索编写、评估和改进 ML 代码。[[论文]](https://arxiv.org/abs/2502.13138) Kaggle 奖牌数是最佳线性 agent 的 4 倍。托管平台：[Weco AI](https://weco.ai)。 |
## 🔧 研究 Skills 与插件合集
> 可复用的 skill 集合和插件生态，集成到编码 agent（Claude Code、Codex、Gemini CLI 等）中以实现研究工作流。
| 项目 | Stars | 框架 / 工具 | 支持的 LLM API | 简介 |
|------|-------|-------------|----------------|------|
| [scientific-agent-skills](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills) | 
| PyTorch Lightning, scikit-learn, BioPython, RDKit, DeepChem, Scanpy, OpenMM | Agent 无关（Claude Code, Cursor, Codex, Gemini CLI） | 133 个即用型科学 skills，覆盖生物信息学、药物发现、临床研究、医学影像和材料科学。 |
| [AI-Research-SKILLs](https://github.com/Orchestra-Research/AI-research-SKILLs) | 
| DeepSpeed, vLLM, LangChain, W&B, MLflow 等 80+ 框架 | Agent 无关（Claude Code, Codex, Gemini CLI, Qwen Code） | 86 个 skills 覆盖 22 个类别，贯穿 AI 研究全生命周期：文献综述、想法生成、实验和论文撰写。 |
## 📋 Awesome Lists 与综述
> 自动化科研领域的精选集合和综述论文。
| 项目 | Stars | 简介 |
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| [awesome-ai-for-science](https://github.com/ai-boost/awesome-ai-for-science) | 
| AI for Science 工具、库、论文、数据集和框架的精选列表，覆盖物理、化学、生物和材料科学等领域。 |
| [Autonomous-Agents](https://github.com/tmgthb/Autonomous-Agents) | 
| 每日更新的自主 LLM Agent 研究论文合集，覆盖多智能体系统、科学计算、机器人等领域。 |
| [Awesome-Deep-Research](https://github.com/DavidZWZ/Awesome-Deep-Research) | 
| Deep research agent 精选合集 —— 涵盖产业界产品、开源实现、70+ 最新论文和评测基准，更新至 2026 年初。 |
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## 💡 本列表与通用 AI Agent 列表的区别
本列表专注于**自动化科研流程**，而非通用 AI 智能体。我们收录的项目覆盖研究生命周期的一个或多个阶段：
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📖 文献综述 → 💡 想法生成 → 🔍 新颖性检验 → 📐 实验设计 →
💻 代码实现 → 🚀 实验执行 → 📊 结果分析 → ✍️ 论文撰写 → 📝 同行评审
```
通用编码智能体（OpenHands、Aider、SWE-agent）被收录是因为它们是实验执行阶段的关键基础设施。
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## 🤝 贡献指南
欢迎提交 PR！请确保项目：
- 拥有 **500+ GitHub stars**（或在顶级会议发表的特别知名项目）
- 与自动化科研直接相关
- 开源且仓库活跃
请按每个分类中的 star 数降序排列。
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## 📈 Star 趋势
[](https://star-history.com/#karpathy/autoresearch&SakanaAI/AI-Scientistµsoft/RD-Agent&aiming-lab/AutoResearchClaw&kaixindelele/ChatPaper&snap-stanford/Biomni&ResearAI/DeepScientist&InternScience/InternAgent&bytedance/deer-flow&stanford-oval/storm&assafelovic/gpt-researcher&Alibaba-NLP/DeepResearch&Date)
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## 📄 许可证
[CC0 1.0 Universal](LICENSE)