Fetch the repository succeeded.
$PROJECT_HOME/work_dir/sdf中$PROJECT_HOME, 并命名protein.pdb
# 1. prepare_ligands
cd work_dir
sbatch prepare_ligands.sh ../
# 2. prepare_systems
sbatch prepare_systems.sh ../
# 3. equn_run cpu部分计算
sbatch equn_run.sh ../ # 根据sdf数量设置nodes 数量
# 4. equn_run gpu 部分计算
sbatch submit.sh ../ # 根据sdf数量设置(nodes / 4) 数量, 每个节点4张卡, 4个任务, 至多允许3个GPU卡空闲
单个XXX_md 计算
cd work_dir
sbatch one_submit.sh job/12016308_md/
用同一个节点的计算不同的md任务
cd work_dir
sbatch many_submit.sh test_md/ test2_md/
可能prepare_systems 会出现问题
cd work_dir
bash check_md.sh
# 如果出现问题, 可以运行
bash fix_prepare_system.sh job/XXX_md # 进行单步计算
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