# NGS_Tools

**Repository Path**: ma-lab/NGS_Tools

## Basic Information

- **Project Name**: NGS_Tools
- **Description**: 提供图形界面给不会生信的人分析基因编辑数据。
- **Primary Language**: Python
- **License**: GPL-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 2
- **Created**: 2023-04-09
- **Last Updated**: 2023-04-09

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# NGS 小工具箱
## 目的
提供图形界面，让不会命令行的人也可以使用生信工具简便地分析基因编辑效果。

## 视频教程
[Bilibili-不会Linux也能自己用扩增子测序分析基因编辑效率](https://www.bilibili.com/video/BV1q84y1w7HH/)

看完记得投币

## 功能
1. 提供图形化的bcl2fastq界面，可以拆分下机数据（demultiplex）。
详细说明请查阅[illumina说明](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software.html)
2. 提供[CRISPResso2](https://github.com/pinellolab/CRISPResso2)
的图形操作界面，可以批量分析HDR，PE，BE，NHEJ.
3. 收集编辑数据，并汇总到excel表。
4. 一键安装分析环境

## 运行环境
系统要求：
1. 必须安装中文系统，英文系统可能会有字符乱码。若遇到字符乱码，请自行为系统添加中文字体
2. 使用以下任一个发行版均可
```
Ubuntu Desktop
Cent OS
UOS （统一操作系统）
Deepin OS （深度操作系统）
```


配置要求：
```
bcl2fastq需要 内存 + swap分区至少32GB，推荐使用32GB以上内存
CPU建议8核心以上
```

## 运行
1. 无需安装，下载即可使用。

下载链接：

[Gitee Release](https://gitee.com/MasterChiefm/NGS_Tools/releases/latest)

或者

[GitHub Release](https://github.com/Masterchiefm/NGS_Tools/releases/latest)

---

2. 下载后右键点击属性

![properties](1.png)

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3. 在权限中勾选允许作为可执行程序,然后关闭窗口

![](2.png)

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4. 右键点击程序，点击运行，或者直接双击运行

![](3.png)

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5. 选择需要的功能
![](4.png)

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6. 第一次使用务必安装分析环境

若未安装，此处会有提示，若已安装，会如图显示,
安装过程中会卡顿较长时间，前台无输出，请耐心等待

![](5.png)


# 参数设置
请关注质控、分析窗口这两个参数!这两个参数对结果有显著影响。[点击此处进行阅读](https://gitee.com/MasterChiefm/NGS_Tools/blob/master/help/parameters.md)