# molecular_docking

**Repository Path**: mengcanzhai/molecular_docking

## Basic Information

- **Project Name**: molecular_docking
- **Description**: 基于ledock的高通量蛋白配体分子对接脚本
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2024-09-12
- **Last Updated**: 2024-09-12

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# molecular docking

基于[ledock](https://www.lephar.com/software)的高通量蛋白质-配体分子对接脚本

## 特点
- 多核多线程并发
- 平均对接速度约 50秒/线程/对接区域(~20Å×20Å×20Å)
- 可使用cpu算力租赁平台运算(已验证 [openbayes](https://openbayes.com/) 最高120核240线程)
- 断点续~~传~~对接

## 运行时环境

- linux_x86_64 必要，ledock软件仅在该平台下运行
- python3 必要，推荐版本3.10+。3.8版本可参考`scripts/for_openbayes/main.py`修改
- [ledock](https://www.lephar.com/software) 必要，下载链接[https://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86](https://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86)
- [lepro](https://www.lephar.com/software) 推荐，自动向蛋白质添加氢原子，去除结晶水、离子、小配体和辅因子
- [prank](https://rdk.github.io/p2rank/) 推荐，基于机器学习的蛋白对接位点预测(依赖java 11 to 21)

## 运行

### 下载配置ledock

```
wget https://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86
cp ledock_linux_x86 /usr/bin/ledock
chmod +x /usr/bin/ledock
```

### 准备对接目录和文件

参考[working_case](./working_case/)文件夹

| 目录/文件 | 描述 |
| --- | --- |
| docking_root_dir/mols/ | mol2格式配体 |
| docking_root_dir/targets/ | pdb格式蛋白结构(推荐用lepro预处理) |
| docking_root_dir/*.in | ledock需要的对接配置文件，文件名要求 蛋白结构名_对接区域名.in(推荐使用prank预测对接位点后，使用[scripts/tools/form_dockin.py](./scripts/tools/form_dockin.py)生成，依赖Biopython、pandas和numpy) |
| docking_root_dir/lingands.list | ledock需要的配体列表文件(可使用[scripts/tools/form_lingandslist.py](./scripts/tools/form_lingandslist.py)生成) |
| docking_root_dir/main.py | 批量对接脚本([scripts/for_py_311+/main.py](./scripts/for_py_311+/main.py)） |

### 运行对接

```
cd docking_root_dir
python main.py
```

### 对接结果

- /results/ 对接结果文件，路径为 蛋白结构名/对接区域名/配体名.dok
- /log.csv 对接log | .in文件名 | 1成功/-1错误 | 时间戳 |

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