# Prostate_PRE

**Repository Path**: ml_learning_group/Prostate_preprocessing

## Basic Information

- **Project Name**: Prostate_PRE
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 1
- **Created**: 2018-08-07
- **Last Updated**: 2021-08-27

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Prostate_PRE

#### 项目介绍
数字医学病理图像预处理模块: 一方面应用 ASAP 框架实现改进型的 XML 标签信息图像化算法，实现文本标签信息到目标区域识别掩膜的转换。
另一方面做医学图像染色标准化和基于S通道的组织检测和识别，实现一种基于掩膜分割的 WSI (Whole Slide Image) )病例图片的预处理。
最后结合图像金字塔层间映射对医学病理图像WSI 的组织区域及癌变标记区域进行样本提取，对正负样本进行平衡采样的方法。 


#### 软件
python + tensorflow(GPU) 

#### 使用说明
1. 服务上在自己的目录下创建工作目录github, 将程序clone到github目录下。
2. 运行Jupytor 端口号如被占用可以自行改变.  jupyter notebook --ip 172.18.217.190 --port 8889 --no-browser 
3. run_preprocess.ipynb 参考下面的参数修改
   "### --------------Args------------\n",
    "- dataset_type：指定数据集类型（Train/Test）\n",
    "- xml2mask：是否执行xml转mask（True/False）\n",
    "- checkWSI：是否检查WSI文件正确性（True/False）\n",
    "- balance_extraction：是否平衡抽取（True/False）\n",
    "- train_wsi_dir：存储训练集WSI的目录，默认define.TRAIN_DATASET\n",
    "- test_wsi_dir：存储测试集WSI的目录，默认define.VALIDATION_DATASET"

#### 参与贡献

1. Fork 本项目，合作开发者首先Fork本项目到自己用户下面。 
2. 将分支命名为 user/branch-name
3. 将自己的分支克隆到本地 例如： git clone --branch user/branch-name https://gitee.com/smartdraw/Prostate_preprocessing.git
4. 所有的修改首先在自己的分支上进行。
5. 测试新的修改，如果没有问题可以提交到自己的分支上。



#### 码云特技
5. 码云官方提供的使用手册 [http://git.mydoc.io/](http://git.mydoc.io/)