# MetaGeneMiner

**Repository Path**: sculab/MetaGeneMiner

## Basic Information

- **Project Name**: MetaGeneMiner
- **Description**: A tool for retrieving microbial genomic sequences from metagenomes
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2024-02-04
- **Last Updated**: 2025-03-26

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# MetaGeneMiner: 从宏基因组中挖掘指定微生物的基因序列
**[View README in English](README.md)**

# 介绍

在宏基因组研究领域，准确高效地从复杂的宏基因组数据中提取微生物基因组序列对于推动临床诊断、环境微生物学和生物多样性等领域至关重要。随着测序技术的发展，由于微生物群落的复杂性和其产生的海量数据，这项任务变得越来越具有挑战性。在这里，我们介绍了MetaGeneMiner，这是一种使用基于k-mer的方法从宏基因组中检索特定微生物基因组序列的工具，包括读取过滤、最佳参考选择和基于参考的组装。

MetaGeneMiner具备用户友好的图形界面和命令行界面，以便在各种研究领域中方便使用，它可以在标准个人计算机上高效运行，并支持多个操作系统，包括专门为Windows用户设计的高级界面。


## 引用
MetaGeneMiner基于我们之前开发的GeneMiner软件，并整合了minimap2等优秀工具，请在使用对应功能时引用软件提示的文献。

我们关于MetaGeneMiner的论文发表在《中华医学杂志（英文版）》上：
- Liu C, Tang Z, Li L, Kang Y, Teng Y*, Yu Y.* (2024). Enhancing Antimicrobial Resistance Detection with MetaGeneMiner: Targeted Gene Extraction from Metagenomes. Chinese Medical Journal. DOI: 10.1097/CM9.0000000000003182.

# 安装和需求

![](images/main_page.png)

MetaGeneMiner的源代码均保存在Gitee上，您可以从[SourceForge](https://sourceforge.net/projects/metageneminer/files/)获取最新的完整安装包:


您也可以使用MetaGeneMiner上scripts文件夹中的python脚本，这些脚本提供了MetaGeneMiner的所有核心功能，并可以在Windows、macOS或Linux上部署。

**耐药性检验**: 所使用的参考序列为MEGARes V3.0 database （**以file list的模式导入**）, 可以[从DEMO3中下载](DEMO/DEMO3/DATA/megares_drugs_database_v3.00.fasta)，也可以访问[原始的数据库文件](https://www.meglab.org/megares/download/)。使用该参考数据库请引用：
- Bonin, N. et al. MEGARes and AMR++, v3. 0: an updated comprehensive database of antimicrobial resistance determinants and an improved software pipeline for classification using high-throughput sequencing. Nucleic acids research 51, D744-D752 (2023).

 
**macOS用户**: 在macOS上运行MetaGeneMiner时，如果遇到 "XXX 已损坏"之类的错误，请打开终端，运行类似下面的命令:
- xattr -cr **把MetaGeneMiner.app拖放到此处**
- 例如: xattr -cr /Applications/MetaGeneMiner.app

由于MetaGeneMiner通过wine技术运行在macOS上，运行效率远低于Windows，因此不建议用MetaGeneMiner在macOS进行大规模的分析。

**Note:** 请勿在移动磁盘上运行MetaGeneMiner。请勿将MetaGeneMiner安装到带有中文的文件夹中。

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# 示例演示

[教程 1 - 快速掌握使用方法](DEMO/DEMO1/DEMO1.zh_cn.md)

[教程 2 - 从宏基因组中批量挖掘基因](DEMO/DEMO2/DEMO2.zh_cn.md)

[教程 3 - 检测宏基因组中的抗药基因](DEMO/DEMO3/DEMO3.zh_cn.md)


# 详细说明

有关软件的详细说明以及输出目录解释[请见此处](manual/ZH_CN/readme_more.md)


# 常见问题
[常见问题解答](manual/ZH_CN/FAQ.md)


# 联系方式
有关MetaGeneMiner任何建议、问题，请联系邮箱 yyu@scu.edu.cn.