# TM1_CRIv2_OrgDb

**Repository Path**: shawnmagic/TM1_CRIv2_OrgDb

## Basic Information

- **Project Name**: TM1_CRIv2_OrgDb
- **Description**: 基于中棉所新测序的TM1的注释信息构建的TM1陆地棉orgDb，可以调用Y叔的ClusterProfiler进行GO富集分析，KEGG，GSEA等分析。
- **Primary Language**: R
- **License**: AFL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 5
- **Forks**: 0
- **Created**: 2020-04-20
- **Last Updated**: 2022-07-01

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# TM1_CRIv2_OrgDb

#### 介绍
基于中棉所新测序的TM1的注释信息构建的TM1陆地棉orgDb，可以调用Y叔的ClusterProfiler进行GO富集分析，KEGG，GSEA等分析。

#### Todo list
* [ ] 批量出图表脚本【R版本】
* [ ] 批量出图表脚本【bash版本，适用于无图形界面，比如服务器】
* [ ] 没想好...

#### 安装教程
- **安装R**
下载地址：[R-tuna镜像](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/)
(推荐Rstudio)：[Rstudio](https://rstudio.com/products/rstudio/download/)

- **克隆仓库到本地**

```bash
git clone https://gitee.com/shawnmagic/TM1_CRIv2_OrgDb.git ./01.CRI_TM1v2_OrgDb && cd 01.CRI_TM1v2_OrgDb
```

- **安装依赖包和TM1v2OrgDb**

```R
R
## 设置工作目录
setwd("~/01.src/01.RPackages/01.CRI_TM1v2_OrgDb")## 自己写全路径，这里是我自己的..
# 首先安装依赖
## 01. Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
## 02. AnnotationDbi
BiocManager::install("AnnotationDbi")

## 03. ClusterProfiler
BiocManager::install("ClusterProfiler")
## 04. 安装org.Ghirsutum.eg.db
library(AnnotationDbi)
library(ClusterProfiler)
install.packages("./org.Ghirsutum.eg.db/",
                 repos = NULL,
                 type = "source")
library(org.Ghirsutum.eg.db)
```

#### 使用说明

- [现在没有时间整理后续补上，请关注我的博客，后续有空更新](https://shawnmagic.gitee.io/blog/)
- 构建方法：[CRITM1v2-OrgDb构建过程](media/orgDB.CRI_TM1.r)
- 可以参考上面过程自己用自己做的注释跑一下，自己diy属于自己的orgdb，当然可以推广开做Ga, Gb, Gr, Gh 不同版本的等等。
- `enrichKEGG`目前无解，请阅读Y叔`ClusterProfiler`的manual，在使用`enrichKEGG`时需要`org`参数，也就是物种参数，这里直接对接KEGG官方数据库的数据:[org-KEGG](https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html)。这里也可以用但是不是很推荐：
    1. 如果要使用这里需要先用uniprot中的`id-mapping`将**UniprotKB AC/ID**转化成**entrezID**，当然前提是你已经通过`blast`或者`diamond`将你的**geneID**比对成**UniprotKB AC/ID**
    2. 然后构建的时候加入GeneID2entrezID信息。
    3. `enrichKEGG`的时候选择`keytype=entrez`
    4. 我尝试过，不太理想。所以推荐我example中利用自己做的`gene2kegg`和`koid2kid`，使用`enricher`来自己做。
    5. kegg数据库已经更新，推荐定时更换`ko00001.json`这样也算手动更新....我虽然会不定时更新，但是看时间，毕竟要毕业赶课题...

- 后续更新几个批量出图表的脚本。...等我有需求的时候.....

#### 参与贡献

1. 本人半路出家，自学的，肯定存在各种问题，希望各位大佬指点，共同构建一个易用的陆地棉orgdb.