# ShawnTBPluginR

**Repository Path**: shawnmagic/swtbplugin

## Basic Information

- **Project Name**: ShawnTBPluginR
- **Description**: TBtools打包了R，实现了点点点来运行Rscript，于是把自己平时用的R脚本打包成插件，然后应该会长期优化
- **Primary Language**: Java
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 16
- **Forks**: 0
- **Created**: 2021-01-07
- **Last Updated**: 2023-10-27

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# TBtoolsRPlugin

#### 介绍
TBtools打包了R，实现了点点点来运行Rscript，于是把自己平时用的R脚本打包成插件，然后应该会长期优化

## 更新内容

2021年3月17日
OneStepWGCNA 防呆代码
1. 之前我自己在做的时候首先会把traitdata和expression data的Sample顺序统一一下，然后再做的时候他们是一一对应的。后续写脚本的时候没有考虑着部分，后来有一次我自己忘了整合了，发现出来trait-module的顺序出错了，所以这里加了一行代码，在过滤完datExpr之后匹配下datTrait和datExpr的rowname。这样就可以不事先排列了！！ 这里特别注意以前你要是顺序不对的话，最终的结果可能有问题，再跑一次
2. 部分用户反映的报错我看了下，有一类是因为geneID是纯数字，当转换成rowname的时候，如果你的数字不是完全连续的，那么就会报错，说有的行没有内容，这里直接会把第一列的geneID转换成字符型。
3. 增加了俩参数，mergeCutHeight,粗糙的解释就是对所有基因聚类后从一个treeHeight开剪,由于当时我自己做项目的时候模块太多了，之间关联性也比较强，我当时调整高度为0.4，这样模块少了很多。但是官方推荐的是0.25。其实后来我发现很多项目如果把这个参数设置为0.4以后会出现module-trait关联度不高的情况，这也比较好理解，如果你tree merge height高度太大的话会把很多模块都合并了，如果你模块间的相关性不大，那么不同表达模式的模块就被合并为一个。这也就比较蛋疼了。所以这次我把这个参数放开了。大家自行调整设置。另外一个就是minModuleSize这个是模块内最少有几个基因。这个也放开了，根据你的要求自行调整
4. 还有一个就是win和mac下加速TOM矩阵计算的方法，这个方法参考我公众号的文章。都很简单。