# data-driven-reproducible-study **Repository Path**: soilmicro/data-driven-reproducible-study ## Basic Information - **Project Name**: data-driven-reproducible-study - **Description**: No description available - **Primary Language**: Unknown - **License**: Not specified - **Default Branch**: main - **Homepage**: None - **GVP Project**: No ## Statistics - **Stars**: 2 - **Forks**: 0 - **Created**: 2025-02-17 - **Last Updated**: 2025-12-31 ## Categories & Tags **Categories**: Uncategorized **Tags**: None ## README # 数据驱动的可重复性研究 ## 项目简介 本项目是《数据驱动的可重复性研究》课程的教学资料库。该课程旨在教授学生如何在科学研究中实现数据驱动的可重复性，确保研究结果的可验证性和可靠性。 ## 课程基本信息 ### 课程目标 - 理解数据驱动的可重复性研究的概念和重要性 - 掌握相关工具和技术，能够实施可重复性研究 - 培养数据分析和代码编写的能力，提高科研水平 ### 课程特色 - 强调数据和代码的规范化，确保可重复性 - 以项目为导向，关注实际应用场景 - 注重实践操作，强调动手能力 ### 课堂组织形式 因为选课场地限制，无法提供机房。请选课的同学自行准备电脑，并根据课程进度安排，确保电脑上安装了 R、Python 等需要用到的软件。 - 课堂讲解：介绍相关概念、方法和工具 - 实践操作：通过实际案例进行动手实践 - 小组讨论：学生之间进行交流与协作 - 课后作业：巩固所学知识，提高实践能力 #### 如何分组？ - 请研究生们根据自己的实验室或者研究方向，自行分组，每组人数不超过 10 人。 - 在第二次课程开始前，请在雨课堂内确认分组。 #### 如何考察？ - 使用课程中教授的技能，创建一个数据分析、软件开发、研究复现等类型的项目 - 3 - 5 人一组共创一个项目，将项目代码提交到[课程仓库](https://github.com/D2RS-2025spring) - 需要保证每个人在项目中都有贡献（通过 Git 追踪）。 ### 上课时间 本课程含理论和上机实验。一共 10 次课，共 32 学时，2025年春季学期安排如下： 自 2025-02-17 至 2025-03-20，每周一、周四晚上，《数据驱动的可重复性研究》相约三教阶梯教室 S2。 ## 课程项目一览 本课程采用项目驱动的教学方式。每次课程围绕一个独立但相互关联的项目展开。课程内容以"项目"为单位进行组织。所有项目可分为 4 个模块，分别是环境搭建模块、数据分析模块、人工智能模块、开发协作模块。每个模块的内容包括： ### 环境搭建模块 1. 电脑硬件和操作系统 2. 可重复的数据分析环境 3. 现代工具链 ### 数据分析模块 1. 分组数据统计分析和可视化 2. 转录组学数据分析和可视化 3. 微生物组数据分析及可视化 ### 人工智能模块 1. 机器学习算法及实现 2. 手搓神经网络模型 3. 利用拉曼光谱识别病原菌 4. 调用通用大语言模型执行任务 5. 计算机视觉分析实验图片 ### 开发协作模块 1. 与全世界开发者协作 2. 开发 R 包 ## 使用说明 本仓库包含课程相关的所有教学资料，包括： - 课程讲义 - 示例代码 - 实践作业 - 参考资料 ## 贡献指南 欢迎对本课程材料提出建议和改进意见，请通过以下方式参与： 1. 提交Issue报告问题 2. 提交Pull Request贡献内容 ## 许可证 本项目采用[知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议（CC BY-NC-SA 4.0）](LICENSE.md)进行许可。这意味着您可以： - 自由地分享、复制、发行本作品 - 修改、转换或以本作品为基础进行创作 但必须遵守以下条件： - 署名：您必须给出适当的署名 - 非商业性使用：不得将本作品用于商业目的 - 相同方式共享：基于本作品创作的内容必须使用相同的许可协议 详细许可条款请参见 [LICENSE.md](LICENSE.md) 文件。 ## 联系方式 如有任何问题或建议，请通过以下方式联系： - 项目Issue板块 - 邮箱：[联系老师](mailto:gaoch@mail.hzau.edu.cn) - QQ群：759598173（公共群，请说明来意）