# MicrobiomeStatPlot

**Repository Path**: wyywangyy/MicrobiomeStatPlot

## Basic Information

- **Project Name**: MicrobiomeStatPlot
- **Description**: 20210717的https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2020-09-07
- **Last Updated**: 2022-07-06

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# 众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人

# MicrobiomeStatPlot

Interpretation and visualization of microbiome charts

![image](http://210.75.224.110/github/MicrobiomeStatPlot/020AuthorPreface/Liu202ProteinCellFig3.jpg)

高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的发展。微生物组的数据分析和解读需要微生物学、生物信息学、统计学、Shell和R语言、宏基因组学等多学科的知识，无论是中国还是世界范围内仍缺少系统的学习教材。宏基因组公众号成立的目的是打破微生物组数据分析解读的壁垒，推动本领域的发展。目前经常三年的积累，已发布数百篇本领域相关数据分析、可视化和科研经验的教程。但本领域发展迅速，很多教程需要更新，而且团队成员的知识和研究领域有限，需要更广泛的同行加入，打造宏基因组学入门百科全书，**现向全球华人圈全面征集《微生物组数据分析与可视化实战》章节编写的创作者和审稿人**。

创始人就是你，赶快加入贡献你的智慧吧！

## 创作者要求

- 本领域的专业同行，专业包括且不限于微生物学、生物信息学、微生物组学，或应用培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏病毒组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等技术研究人类、动植物、环境的相关研究人员(年级和职称不限)；
- 有专业知识搜集和整理的能力，有记录电子笔记、发表文章经历者的优先；
- 认领下方目录中章节，按照参考模板(一周内陆续发布前几节样章)，采用有道云笔记markdown格式或Rmarkdown(加入后有免费培训)编写逻辑严谨、考虑读者感受、可重复性强的教程；
- 对宏基因组编辑部提出的合理意见进行认真修改；

## 创作者福利

- 创作者作为章节的作者之一；
- **结识宏基因组核心团队成员**，见习编辑可获取编辑的基础培训；
- 发布文章三篇或过万字，可成为正式编辑，免费**获得价值万元的最新扩增子、宏基因组分析流程或参加培训、会议**的机会；
- 相关教程、技术文档可推荐**发表SCI论文**，详见：[《JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI》](https://mp.weixin.qq.com/s/Jc0zoOFm4reTWVJBBOBTQg)
- 根据贡献，获得团队**发表论文、出版图书的署名权**；

## 审稿人要求

- **专业审稿人**，建议有发表文章经历，对自己擅长领域**章节的逻辑、语言的全面修改和提出改进建议**(同论文审稿)；
- **大众审稿人**，对公众号**发布文章中可改进地方提出意见或建议**，可通过文章下方留言、联系公众号管理员等方式沟通；

## 审稿人福利

- 专业审稿人可进入编辑部，作为审核文章的责任编辑，获得责编栏姓名和单位的署名权；
- 大众审稿人的姓名和单位可出现在章节的致谢部分；
- 审稿人节日福利红包！


## 联系宏基因组公众号

创作者和审稿人任务登记： https://kdocs.cn/l/c7CGfv9Xc
宏基因组创作者和审稿人登记表.xlsx，使用微信登陆金山文档，登记姓名、单位、研究方向、职称、负责章节具体分工等信息

联系人：刘老师

微信：meta-genomics

广告营销人员较多，添加微信务必备注姓名-单位-职位-研究方向，否则无法通过好友申请

邮箱：metagenome@126.com


# 微生物组数据分析与可视化实战——目录

以下为目前整理本领域基础知识、常用分析、必备技能的目录。部分章节有前期发布的资源和教程供参考。有自己擅长章节的作者，欢迎认领相应章节进行更新或从头创作。如果你觉得有自己擅长而且重要的知识和方法，欢迎联系我们一起讨论目录的更新。

中文的宏基因组学百科全书期待你的贡献！

# 序

## 推荐序

找在本领域积累多年的专家、学者，如朱永官院士、蓝灿辉总裁、赵方庆研究员、王军研究员、褚海燕研究员、韦中教授等对本书进行点评。

## 编者序

- [编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望](https://mp.weixin.qq.com/s/jduceryuQJgxUMnH2-bHPQ)

你能学到什么、近年来技术发展概述和展望。

# 微生物组分析(原始数据到特征表)

## 微生物组

### 微生物组的概念

发展史：摸索，初步探索，建立方法，百花齐放。
- [测序发展史，150年的风雨历程](https://mp.weixin.qq.com/s/AFWyrgQh_Q6bgWTrTr8ygw)
- [一文读懂微生物组](https://mp.weixin.qq.com/s/KT4hJFbJFnGPQQYgQUd8fg) 
- [有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组](http://mp.weixin.qq.com/s/Vsm6BJgqsSvxEenIBrGVLw)
- [Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清](http://mp.weixin.qq.com/s/kBbWD6ircc4UHE-ma-6a1Q)
- [Microbiome：微生物组名词定义](https://mp.weixin.qq.com/s/PbOBgsLgktBTOJvmGWFdWA)
- [群落生态学的 α-、β-、γ-多样性](https://mp.weixin.qq.com/s/PH1cBtPXjo7lWAwIWrYF4A)
- [16S测序，不知道OTU你就out了！](http://mp.weixin.qq.com/s/yDmUgRzgJDtxdiJqwpGM1A) 
- [扩增子分析还聚OTU就真OUT了](http://mp.weixin.qq.com/s/D3qKT7mYEg52nCfQWF75wg)
- [主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较](http://mp.weixin.qq.com/s/hU4AavhMQcebNhBtMUg1tw)

测序平台和数据

- 学习全基因组测序数据分析 [1测序技术](https://mp.weixin.qq.com/s/UVMb8478xVGcX5sjjie72g) [2fasta&fastq](https://mp.weixin.qq.com/s/mbNryd7D51OZVnbLgXQssQ)

### 常用研究手段

### 扩增子16S

- [扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍](https://mp.weixin.qq.com/s/MshuexPk3R6Fbp4A8mdnKQ)
- [01-背景介绍](https://mp.weixin.qq.com/s/NNc4t0htSwE2IQPxWCHbwA)
- [02-真菌引物选择](https://mp.weixin.qq.com/s/qesgLtXY3xP-1W-uMP-KmQ)

### 宏基因组

- [宏基因组基础知识梳理](http://mp.weixin.qq.com/s/d-cmrrnFlI8gOBQtKLHxWw)

### 其他宏组学

**真菌组 18S/ITS**

- [FUNGuild：真菌功能注释](http://mp.weixin.qq.com/s/pO3VCMLwEFLlcEgMQsUjDg) 

**功能基因**

- [功能基因多样性研究概述](https://mp.weixin.qq.com/s/hZKGAcUU9pf6j_zPtPfoAg)

**代谢组**

- [MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级](https://mp.weixin.qq.com/s/SLqDgRYejriTczVyPggZjQ)

**基因组**

- [一个细菌基因组完整分析脚本](https://mp.weixin.qq.com/s/TCZ8gr2ngoUOa8rYuDb_jw)

- [RepeatMasker：基因组重复序列注释](https://mp.weixin.qq.com/s/meo_qhsBCk4EUQhoaiDgWw)
- 基因组注释 [1重复序列](https://mp.weixin.qq.com/s/omWl0ZgYALyC9qudkRcU8A) [2非编码和编码基因](https://mp.weixin.qq.com/s/GsurCUMt7WSvfM6axCCEZg) [3功能注释Prokka](https://mp.weixin.qq.com/s/VSB1jJ4Jv1tnmQT_8Kq0MA)

**转录组**

有时研究也会涉及宿主、微生物的基因表达研究。更多转录组、单细胞的文章可关注生信宝典公众号。

- [Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达](https://mp.weixin.qq.com/s/mHBH-ooJ9vBpv0nvRFuF3A)
- [psRobot：植物小RNA分析系统](http://mp.weixin.qq.com/s/drpMN55hfbVwHbLYXC0oUw)  

## 分析前准备

### 生物信息

- [刘永鑫：想学菌群生物信息分析-21分钟带你入门](https://mp.weixin.qq.com/s/13f9sEPY4pEE2dimbTjPvA)

### 实验设计和元数据

- [微生物组取样和DNA提取建议](http://mp.weixin.qq.com/s/L1XxsGDFt9wKk-4pSRwUUQ)
- [微生物常见20种培养基配方](https://mp.weixin.qq.com/s/IGicDQSn6ugh-COneiFGdg)
- [微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型](https://mp.weixin.qq.com/s/K9dDVkLOrjIkssfJqvmunw)
- 样品生物学重复数据选择 [1必要性](https://mp.weixin.qq.com/s/_qqeKbncKZmovajvPbskpA)  [2需要多少重复？](http://mp.weixin.qq.com/s/y68M7JUz5EqV_eXkUEXTQw)
- 样品命名 [注意事项](http://mp.weixin.qq.com/s/3-UlDWEwCvU5TUlu-_ezmg) [实例](https://mp.weixin.qq.com/s/6w8iJFDm9Fkjonoliupbyw)
- [NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)](https://mp.weixin.qq.com/s/FeFIDIwSyVAgaLvueKf7rg)
- [NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）](https://mp.weixin.qq.com/s/ZSd8oq-drgfpfcE_UI0CGw)
- [扩增子引物选择](https://mp.weixin.qq.com/s/NMz9puoN2kUbArSN5mtA3g) [16S结构](http://mp.weixin.qq.com/s/pBzh1LcdEy-EJop44z0mwA) [16S单V4区是最佳选择?](http://mp.weixin.qq.com/s/hMlfNQmXkt8o-ew_iSV30Q) [引物评估](https://mp.weixin.qq.com/s/incVEZmR9GaR0mrZ-qumTQ)
- [海洋可培养微生物的鉴定与分类](http://mp.weixin.qq.com/s/-0eqsE5slOyEcXFfjY7NNw)
- [怎么取粪便样品](http://mp.weixin.qq.com/s/fHwd2pc-E314JO_Ya4QEvQ)
- [根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取](http://mp.weixin.qq.com/s/6hOd-NV1TNXGQdxL0k9l0g)
- [Microbiome: 室温存储样本方法比较](http://mp.weixin.qq.com/s/NEEuYbCdx92O4S2DkBRNxA)
- [NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长](http://mp.weixin.qq.com/s/vUtQmuj1vIoH9L0J-YT5fQ)
- [Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响](https://mp.weixin.qq.com/s/q5AOdB2-Xun_pddhgKQutQ)
- [Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法](https://mp.weixin.qq.com/s/TNnXQMxROCjup3YDKy4nbA)
- [Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！](https://mp.weixin.qq.com/s/6Dxa_5UVnBJfZ7qDx3MKvQ)


### 分析的基本思路

### Shell和Linux

- [自学生信-biostar handbook](http://mp.weixin.qq.com/s/JL-n2nD6YL8vwuRtTVmQlQ)
- [Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网](https://mp.weixin.qq.com/s/YfWbOniy22QT25xLRb3nAg)
- [Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼](https://mp.weixin.qq.com/s/SzJswztVB9rHVh3Ak7jpfA)
- [生信人值得拥有的编程模板-Shell](https://mp.weixin.qq.com/s/Qf3UeAEaFDivJOD19YsSaw)
- [生信人值得拥有的编程模板-Perl](https://mp.weixin.qq.com/s/_nZ4Tua8FoulqrT9gbpuIg) 
- [手把手教你生信分析平台搭建](https://mp.weixin.qq.com/s/6BPvNOw854pkdJCklelGWQ)
- [Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows](https://mp.weixin.qq.com/s/KtM4c4o4iLfD4ZkEnMi1pg)
- [开启win10内置Linux子程序](http://mp.weixin.qq.com/s/d8V6P74-wDM864wbvp1tNw)
- [Docker的基本使用-Ubuntu18.04](https://mp.weixin.qq.com/s/GFukUTZNj2Ym4aPh4ZvC7Q)
- [linux 极简统计分析工具 datamash](https://mp.weixin.qq.com/s/-BXx_AadBERdJm5kC0yJlg)
- [csvtk：高效命令行版极简dplyr](https://mp.weixin.qq.com/s/OidSeBKVutYgcKFbd_WMgg)
- [文件批量重命名的技术，你值得拥有](https://mp.weixin.qq.com/s/_VTG4dFNsAPzWWNkSctr-g)
- [耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？](https://mp.weixin.qq.com/s/jZVh2bPIxFkdbcN76QU28g)

### R统计与绘图

- [28个实用绘图包，总有几个适合你](https://mp.weixin.qq.com/s/tUQlQIo9PpgBSwjx8yuM1A)
- [一条命令绘制CNS配图-ggpubr](http://mp.weixin.qq.com/s/EvlnWBI5OZOudWd0cieGJg)
#### R语言基础

- [图之典—可视化图表的词典](https://mp.weixin.qq.com/s/oJn9_5IXrrhU9Lsfi3mXow)
- [编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出](https://mp.weixin.qq.com/s/G1B_cDHRzufgppu6S6_aQg)
- [R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences](https://mp.weixin.qq.com/s/6t2tyHMHzBBuk5AJN0NdJw)
- [数据可视化基本套路总结](https://mp.weixin.qq.com/s/Qeb9iGbJ8h0UpUTMKP7ilw)
- [R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等](https://mp.weixin.qq.com/s/D-DcEX3sgOQUmW3vg9eNgQ)
- [你知道R中的赋值符号箭头`<-`和等号`=`的区别吗？](http://mp.weixin.qq.com/s/rWny8Pxs_plkRML-SvMbrw)
- [使用dplyr进行数据操作30例](https://mp.weixin.qq.com/s/Pqu1HbRYt2hHfrQtntNaoQ)
- [交集intersect、并集union、找不同setdiff](https://mp.weixin.qq.com/s/S8vz5gkgt2sN7qSec0QjZQ)
- [R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换](https://mp.weixin.qq.com/s/anXyVV611jQDSzqxHEOyNg)
- [1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）](http://mp.weixin.qq.com/s/cfJ_fDTPyzdODuGrOAqkyA)
- [2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互](http://mp.weixin.qq.com/s/zruyejusS_ElQvmVJI75uw)
- [3数据筛选——提取对象的子集](https://mp.weixin.qq.com/s/iBDthC43KRvu1pnR-2fZoA)
- [4向量、矩阵的数学运算](http://mp.weixin.qq.com/s/9HRnpis1QORzeM84dNy30A)
- [5控制结构](http://mp.weixin.qq.com/s/EJTBI72DF5B6GmfX-qweFw)
- [6函数及作用域](http://mp.weixin.qq.com/s/EZgNDejzWxdOqcll67wLKQ)
- [7认识循环函数lapply和sapply](https://mp.weixin.qq.com/s/K8oJLRQEfKq2XAeXpnyS7w)
- [8分解数据框split和查看对象str](https://mp.weixin.qq.com/s/MO220s7m9y8ixWBmRN6fBg)
- [9模拟—随机数、抽样、线性模型](https://mp.weixin.qq.com/s/6VrRjH4tx6VSqNIJ8qw7Kg)


#### ggplot2绘图基础

- [ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)](https://mp.weixin.qq.com/s/f0AUkeTry5oT4F-wm79wVg)
- ggplot2地理信息可视化 [上](https://mp.weixin.qq.com/s/OqO3IgW7qaEzih905xFglQ) [下](https://mp.weixin.qq.com/s/lqdfoiIAxkIU1YPqhopzVQ)
- [1初识ggplot2绘制几何对象](http://mp.weixin.qq.com/s/mY3GTSH8gGUymCfIlw-3Pw)
- [2图层的使用—基础、加标签、注释](https://mp.weixin.qq.com/s/X3rn8w1DGPoVrAdInYHgpw)
- [3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布](http://mp.weixin.qq.com/s/lGVgCsm1sMRdVOUJWiJQTg)
- [4语法基础](https://mp.weixin.qq.com/s/TPFLeasq8Ij2iqgXbx1cpA)
- [5通过图层构建图像](http://mp.weixin.qq.com/s/lh37uz8XwmAbtOVrZX4BJw)
- [6标度、轴和图例](https://mp.weixin.qq.com/s/Za0Eoc5eN_N-VhjhI47Pgg)
- [7定位-分面和坐标系](https://mp.weixin.qq.com/s/Ez_eyu6nPUMolrJ_S4JExQ)
- [8主题设置、存储导出](https://mp.weixin.qq.com/s/xg7cggq45tBI0EQUSxPKFw)
- [9绘图需要的数据整理技术](https://mp.weixin.qq.com/s/7eXMJldxZC2BmKKvkGPIPQ)
- [ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！](https://mp.weixin.qq.com/s/NWXvuTNAgjW3_EzT5J01Zw)
- [不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse](https://mp.weixin.qq.com/s/exxIC3r9IoHXkSLmd1Qz-Q)
- [ggplot版本的华夫饼图吧](https://mp.weixin.qq.com/s/1Ak9YN0Q1U3VsEJG9Nxb4A)

#### R语言绘图专辑

- [ggplot2版聚类物种丰度堆叠图](https://mp.weixin.qq.com/s/RdgodV3EMcFuC6--FVMHkw)


#### 高级统计绘图

- [50个ggplot2可视化案例](https://mp.weixin.qq.com/s/Ke-tBqRAGEtNMgAlLBuq3g)
- [R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结](https://mp.weixin.qq.com/s/yIupS5_m34npRfy1iAak6A)
- [28个实用绘图包，总有几个适合你](https://mp.weixin.qq.com/s/tUQlQIo9PpgBSwjx8yuM1A)
- [热图绘制](https://mp.weixin.qq.com/s/uNh_BaoY07nn7VWnWp9ikg)
- [获取pheatmap聚类后和标准化后的结果](https://mp.weixin.qq.com/s/1UyGfTI5OrLa6HvOPesC-Q)
- [R做线性回归](https://mp.weixin.qq.com/s/7KvVn18MFLlh1WdnTlEoeg)
- [绘图相关系数矩阵corrplot](http://mp.weixin.qq.com/s/H4_2_vb2w_njxPziDzV4HQ)
- [相关矩阵可视化ggcorrplot](http://mp.weixin.qq.com/s/AEfPqWO3S0mRnDZ_Ws9fnw)
- [绘制交互式图形recharts](http://mp.weixin.qq.com/s/XOZD4ftYLPZjM2IVLYgUpA)
- [交互式可视化CanvasXpress](http://mp.weixin.qq.com/s/EQ7-T66YlAYvqa33Y8z7YA)
- [聚类分析factoextra](https://mp.weixin.qq.com/s/9EChqbVmFrNWi_Siu4hdqQ)
- [LDA分析、作图及添加置信-ggord](https://mp.weixin.qq.com/s/F9c_ISpOpjHyiCNahoYTqQ)
- [解决散点图样品标签重叠ggrepel](http://mp.weixin.qq.com/s/hxBAlnK_1ZSGJQg1mwsssw)
- [添加P值或显著性标记ggpubr](http://mp.weixin.qq.com/s/cge7KLG6XMkSr2XkAPzzDQ)
- [R语言一键批量完成差异统计和可视化](https://mp.weixin.qq.com/s/IGrj81ZzfEF8aXYIMhBh7A)
- [Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve](http://mp.weixin.qq.com/s/pQluUR7MYSZCheqVvAaNWA)
- [堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化](https://mp.weixin.qq.com/s/FZWinr14RTs6YSUE_juaug)
- [冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial](http://mp.weixin.qq.com/s/dgxgi_3PdjW5g-fOPlAe4Q)
- [桑基图riverplot](http://mp.weixin.qq.com/s/-Hvp6To39v3hB68yoZoUiA) 
- [微生物环境因子分析ggvegan](http://mp.weixin.qq.com/s/9FVUz0KxG56q7rxrEUa4JQ)
- [五彩进化树与热图更配ggtree](http://mp.weixin.qq.com/s/yWzFAS8Nk6fpTuAJzbG6nA)
- [多元回归树分析mvpart](http://mp.weixin.qq.com/s/LQyX-RBAuZ-7i7kjvbxDsw)
- 随机森林randomForest [分类Classification](https://mp.weixin.qq.com/s/gR9p315RfvJyyv5soB2CmQ) [回归Regression](https://mp.weixin.qq.com/s/IjkeAA_fhb_B5XmrWrzAbw)
- [加权基因共表达网络分析WGCNA](https://mp.weixin.qq.com/s/BkM9vtX_gbehUFmuXfshUw)
- [SPIEC-EASI的微生物网络构建示例](https://mp.weixin.qq.com/s/MTc0N6LSQUDMrUcqbTqanw)
- [circlize包绘制circos-plot](https://mp.weixin.qq.com/s/-bRF7OXaj091Ob1dwprMWQ)
- [R语言搭建炫酷的线上博客系统](https://mp.weixin.qq.com/s/QOCUQIk3Qs5aVRX2PKQ6dA)
- [使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图](https://mp.weixin.qq.com/s/k4egGfHr3Yd41yKl14siQg)
- [R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图](https://mp.weixin.qq.com/s/FfOpbKHiu5RdLX3u_jpgXQ)
- [Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线](https://mp.weixin.qq.com/s/nfBAkh3byd9TW9xZ04lFLg)
- [gganimate绘制动图观察连续变化数据](https://mp.weixin.qq.com/s/fcJ7_GZ2Ktzfq8Vsl1yJ_g)
- [Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路](https://mp.weixin.qq.com/s/VI6C6fZ-P61qLO-jL-ntaQ)
- [ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表](https://mp.weixin.qq.com/s/P-mxDYS1X75l-3xM7sHDpg)
- [ggridges包：时间动态波涛汹涌图](https://mp.weixin.qq.com/s/wLF3x8tawls1ehc9-1oAXA)
- 地图 [世界](https://mp.weixin.qq.com/s/A3vOOfjVEi_eIzKdmXuoZA) [中国]()
- [手把手重现Science的主图Maptree](https://mp.weixin.qq.com/s/VPMEgjZoNH6rNYwYUT7nhQ)
- [基于R的混合线性模型的实现](https://mp.weixin.qq.com/s/yM87FfKIdtTl9FOtJBnAWA)
- [普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例](https://mp.weixin.qq.com/s/pXnd4ZrFMF1zt9DARFGgQA)
- [R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图](https://mp.weixin.qq.com/s/47UPAm3wI63rxWzO4dmJSw)

## 常用分析流程

盘点主流软件。高级阶段应该是各种方法步骤的自由组合，甚至是根据需要设计、开发方法。

- [遗传：微生物组数据分析方法与应用](https://mp.weixin.qq.com/s/3XFmRe4l2uZrHZexx0Ou-g)
- [Nature综述：手把手教你分析菌群数据](https://mp.weixin.qq.com/s/F8Anj9djawaFEUQKkdE1lg) [2020更新](https://mp.weixin.qq.com/s/OEFCmQh9T0HCEdDemL09IA)

 

### 扩增子

64, 33格式转换
- [极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp](http://mp.weixin.qq.com/s/u3U-AJW7oRYTx5h13c19UQ)
- [USEARCH—最简单易学的扩增子分析流程](https://mp.weixin.qq.com/s/ORLqdB_lTtjfaFbrDoC2ng)
- [微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法](https://mp.weixin.qq.com/s/Ylf1BoGIS8YofUzqCc8EaA)

- [扩增子分析流程-把握分析细节](https://mp.weixin.qq.com/s/y2blDiLYohJmzuyAMFU3ZA)
- 16S功能预测 [0概述](http://mp.weixin.qq.com/s/sztbvfdf9wa-3HJXc_m8TQ)   [1KO通路PICRUSt](https://mp.weixin.qq.com/s/LWtiwBbUCAadMZPaKKDMag)  [2元素循环FAPROTAX](http://mp.weixin.qq.com/s/J8EwJD_PTDhqRaD7kXlK1A)  [3表型bugbase](https://mp.weixin.qq.com/s/1WdysPZWo0H6NSYiNpcMUQ) [4KO通路Tax4Fun](http://mp.weixin.qq.com/s/dzsh44ue93xnAs7gTde7wg) [Tax4Fun2](https://mp.weixin.qq.com/s/zEP46wKLj9N16a-S9gnrWg) 
- [PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍](https://mp.weixin.qq.com/s/WX3dM_zAYj2fuZfKtLw-gg) [FishTaco](https://mp.weixin.qq.com/s/K-5RkVlehtu-eVzulAf8xQ)
- [DADA2中文教程v1.8](https://mp.weixin.qq.com/s/acvX4IkuPj-Hi8uOjuVbPA)

#### USEARCH/VSEARCH

- 扩增子分析神器USEARCH [简介](http://mp.weixin.qq.com/s/oJDfShs7gXCkOzYfa_winQ) [v11新功能](https://mp.weixin.qq.com/s/QH9nfISLEhSeem3eyUDRFQ) [v11命令大全](https://mp.weixin.qq.com/s/x0_cuEpldcl4KDvqPLm8yw) [OTU表抽平otutab_rare](https://mp.weixin.qq.com/s/5gCzizOwfl2kme7TxWjz4Q) [核心OTU鉴定otutab_core](https://mp.weixin.qq.com/s/48QqyY5pRW2WZn_gnOX0Xg)
- 扩增子分析神器VSEARCH [分析流程](http://mp.weixin.qq.com/s/49F6b363pZLJq3HuxbqTRw) [2.8.1中文帮助文档](https://mp.weixin.qq.com/s/OpKbSBH_u_iq1eq0mXLbJg)
#### QIIME 2

- [NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台](https://mp.weixin.qq.com/s/-_FHxF1XUBNF4qMV1HLPkg)
- [1简介和安装Introduction&Install](https://mp.weixin.qq.com/s/vlc2uIaWnPSMhPBeQtPR4w)
- [2插件工作流程概述Workflow](https://mp.weixin.qq.com/s/qXlx1a8OQN9Ar7HYIC3OqQ)
- [3老司机上路指南Experienced](https://mp.weixin.qq.com/s/gJZCRzenCplCiOsDRHLhjw)
- [4人体各部位微生物组分析Moving Pictures](https://mp.weixin.qq.com/s/c8ZQegtfNBHZRVjjn5Gyrw)
- [Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析](https://mp.weixin.qq.com/s/DhecHNqv4UjYpVEu48oXAw)
- [5粪菌移植分析练习FMT](https://mp.weixin.qq.com/s/cqzpLOprpClaib1FvH7bjg)
- [Microbiome：粪菌移植改善自闭症](https://mp.weixin.qq.com/s/PHpg0y6_mydtCXYUwZa2Yg)
- [6沙漠土壤分析Atacama soil](https://mp.weixin.qq.com/s/tmXAjkl7oW3X4uagLOJu2A)
- [mSystems：干旱对土壤微生物组的影响](https://mp.weixin.qq.com/s/3tF6_CfSKBbtLQU4G3NpEQ)
- [7帕金森小鼠教程Parkinson's Mouse](https://mp.weixin.qq.com/s/cN1sfcWFME7S4OJy4VIREg)
- [Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease](https://mp.weixin.qq.com/s/OINhALYIaH-JZICpU68icQ)
- [8差异丰度分析gneiss](https://mp.weixin.qq.com/s/wx9dr5e2B_YyqTdPJ7dVsQ)
- [9数据导入Importing data](https://mp.weixin.qq.com/s/u0k38x4lAUaghua2FDD1mQ)
- [10数据导出Exporting data](https://mp.weixin.qq.com/s/pDxDsm8vabpe9KtcLRYWxg)
- [11元数据Metadata](https://mp.weixin.qq.com/s/Q-YTeXH84lgBbRwuzc1bsg)
- [12数据筛选Filtering data](https://mp.weixin.qq.com/s/zk-pXJs4GNwb1AOBPzCaHA)
- [13训练特征分类器Training feature classifiers](https://mp.weixin.qq.com/s/jTRUYgacH5WszsHJVbbh4g)
- [14数据评估和质控Evaluating and controlling](https://mp.weixin.qq.com/s/1b3Hj23bKWfTkHKAPNmCBQ)
- [15样品分类和回归q2-sample-classifier](https://mp.weixin.qq.com/s/3DGvuD3R9atSoo2CSrUJBw)
- [16纵向和成对样本比较q2-longitudinal](https://mp.weixin.qq.com/s/RhRXoGqVuLumxvbba7GgSg)
- [17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch](https://mp.weixin.qq.com/s/4FvR7qGTfVFdSkdKtR6_LQ)
- [18序列双端合并read-joining](https://mp.weixin.qq.com/s/xjl41rAlqMwyZSoPBX6Tww)
- [19使用q2-vsearch聚类OTUs](https://mp.weixin.qq.com/s/LewtnbZlJNHw9M8Bakuyeg)
- [20实用程序Utilities](https://mp.weixin.qq.com/s/kSuK4njtfGN_Ph9rmF88Lw)
- [21进化树推断q2-phylogeny](https://mp.weixin.qq.com/s/JvffqGdtae3FKmd_aI0K6w)
- [22命令行界面q2cli](https://mp.weixin.qq.com/s/CntvVWbvkqvPm4g7caPYWg)
- [23图形界面q2studio](https://mp.weixin.qq.com/s/QXEtX3Zx6wGDRUlTFExQLg)
- [24Python命令行模式Artifact API](https://mp.weixin.qq.com/s/Ga3tYAtm_AU4jKWeeyRwwA)
- [25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins](https://mp.weixin.qq.com/s/S5_TCQH7seQy5uNARBwNWw)
- [26开发新插件DevelopingPlugin](https://mp.weixin.qq.com/s/5x-yVFtu3K_HHtz1HUBW6g)
- [27语义类型Semantic](https://mp.weixin.qq.com/s/4dGi4lsOR_WXKC9vm3jh5A)
- [28社区Community](https://mp.weixin.qq.com/s/s3Dcqo5ZpgA-AfQfNN3jMw)
- [29参考数据库DataResources](https://mp.weixin.qq.com/s/6MutX11IkvOUeztDV82wIQ)
- [30补充资源SupplementaryResources](https://mp.weixin.qq.com/s/kxlCCtHqdjDX47SZ-y5oGQ)
- [31名词Glossary](https://mp.weixin.qq.com/s/FpVccaswp3W4KqrYDXoiIw)
- [32如何写方法和引用Citing](https://mp.weixin.qq.com/s/NY8wqt3alvlKHcVw5ML3wA)
- [国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案](https://mp.weixin.qq.com/s/knrJsiJOyXxseG_XFosysA)
- [ANCOM：找出微生物群落中的差异物种](https://mp.weixin.qq.com/s/dGu1ab0SWXww_ExWqEKYgw)

### 宏基因组

- [数据的质量控制软件——fastQC](https://mp.weixin.qq.com/s/MMfierO-8H2MVRkJKGCOVQ)
- [整合QC质控结果的利器——MultiQC](https://mp.weixin.qq.com/s/CU7xa44lQBsP_x3Pz2HRFg)

- [宏基因组分析教程](http://mp.weixin.qq.com/s/bcyvhFrNr6niqD13rQfZeg)
- [微生物组入门必读+宏基因组实操课程](http://mp.weixin.qq.com/s/sQyl5EctXFB95Oxg8YIasg)

- [一文读懂宏基因组分析套路](https://mp.weixin.qq.com/s/T-856Q-BQxdLFDgJoZiOUQ)
- [Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书](https://mp.weixin.qq.com/s/feRuAfVOK9VW4gRIGQkuvQ)
- [Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析](https://mp.weixin.qq.com/s/LH6q4gPDZzpIdGrjbhsqsA)
- [1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组](https://mp.weixin.qq.com/s/YqqIuU9j2RqUQhc9QaRrqQ)
- [2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal](https://mp.weixin.qq.com/s/htiEExK-RHahn8RrXh-xTA)
- [3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码](https://mp.weixin.qq.com/s/17TIqRGE9BOiTtPnHeIr3g)

#### 有参分析Read-based

- MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 [文章解读](https://mp.weixin.qq.com/s/vG7GaAukdma6e1nuX_06Aw) [软件使用](https://mp.weixin.qq.com/s/hpJtU8I8OTPmwOeFh7R2VQ)
- HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 [1文章解读](https://mp.weixin.qq.com/s/A7sPhiUWHc1Jph_yySKMQg) [2软件教程](https://mp.weixin.qq.com/s/Ee72jnZR4bXLjd8jEYYSFQ) [3有参分析流程](https://mp.weixin.qq.com/s/XkfT5MAo96KgyyVaN_Fl7g)
- [Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件](https://mp.weixin.qq.com/s/-02ebEOU3yk82xbYVFlbVQ) [宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用](https://mp.weixin.qq.com/s/vlBH2cPd1mOO8XdNqoQwTA)
- [宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门](https://mp.weixin.qq.com/s/DaigDeYd80tTJ2GkI9LHvA)

 
#### 无参Assembly-based

- [1背景知识-Shell入门与本地blast实战](http://mp.weixin.qq.com/s/jASOBPzpwYCL-fWNUJJp8g)
- [2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer](http://mp.weixin.qq.com/s/3O01eNMe79J_kUTaJjP6ag)
- [3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast](http://mp.weixin.qq.com/s/NMKX0iDuR_qOzmLXxC8MEQ)
- [MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案](https://mp.weixin.qq.com/s/ts0Xtqm0V7lwEZGtkTdVyA)
- [metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具](https://mp.weixin.qq.com/s/Puj6VUeItMr40eHrjCdGtQ)
- [IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据](https://mp.weixin.qq.com/s/-cyiPMjmQdcRPZiOpb8zxw)
- [MetaQuast：评估宏基因组拼接](https://mp.weixin.qq.com/s/Ez3EafE4o9OdazSrOB8yQQ)
- [4基因注释Prokka](http://mp.weixin.qq.com/s/1TM61IrzrpVb5KhZ5A0kZQ) [Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释](https://mp.weixin.qq.com/s/zqv1dnZTWVAf1Kac4x9ImQ) [Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定](https://mp.weixin.qq.com/s/i8mTCBbYwG8zWrRA0QFbxw)  [metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测](https://mp.weixin.qq.com/s/e9VPLL-yevAt_30t41F8eA)
- [5基于Kmer比较数据集sourmash](https://mp.weixin.qq.com/s/Rmx-z1zxj7GF9ivJGWVvLg)
- [6不比对快速估计基因丰度Salmon](http://mp.weixin.qq.com/s/2fwEtnEsBi5cJ65xyeoXxw) [Salmon不比对快速宏基因组基因定量](https://mp.weixin.qq.com/s/es3-asuiSzp2Ow28RgJYTw)
- [7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计](http://mp.weixin.qq.com/s/rdTFTFg0rZOIa2_tuFEOUA)
- [8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin](http://mp.weixin.qq.com/s/rZitcvykAlxnsNEzsW5JRg)
- [9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o](http://mp.weixin.qq.com/s/FesH_mCunpZLpKC2pIg1UQ)
- [10绘制圈图-Circos安装与使用](http://mp.weixin.qq.com/s/FJlKY3kU5Fm6bYkjtwRkEw)

#### 功能注释数据库

- [KEGG在线数据库使用攻略](http://mp.weixin.qq.com/s/C6uetbAv_Cj8s0jMgSfW7Q)
- [KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用](https://mp.weixin.qq.com/s/efceZY7_CJ9TVAj6ayOoZQ)
- [NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因](https://mp.weixin.qq.com/s/iyt6NOSHRHLOIPyoc7r_Gw)
- [EggNOG功能注释数据库在线和本地使用](https://mp.weixin.qq.com/s/UQ1xL9LBSKHFSygmu4oDPQ) [eggNOG 5数据库介绍](https://mp.weixin.qq.com/s/fapOClD2q_r990HMqSMDjQ)
- [antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测](http://mp.weixin.qq.com/s/0MkmAw7f8uVQihrbUA2Z9Q)  
- [NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测](https://mp.weixin.qq.com/s/69HXUdOm34I87WvDkXiEWg)
- [抗生素抗性基因研究进展PPT分享](https://mp.weixin.qq.com/s/f4fpjaHnhLF3AWZDy9FCdg)
- [Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展](https://mp.weixin.qq.com/s/uEX4boAe_MayDCmVIwNu1A)
- [WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具](https://mp.weixin.qq.com/s/i1mL0jX9xZhoCyDTuzQsgA)

#### 分箱专题

- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP [简介](https://mp.weixin.qq.com/s/_bqIPb_N3uFW9ppZeNtdKg) [安装和数据库部署](https://mp.weixin.qq.com/s/WrbKYybTCKab3AUcSzUWqg)  [实战和结果解读](https://mp.weixin.qq.com/s/Ecn4DOrhfUhz1HynbgQtnw)
- [NBT：宏基因组"读云"10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组](https://mp.weixin.qq.com/s/5HvUaXS1knTIRhIi4F0i6w)
- [DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组](https://mp.weixin.qq.com/s/VuHTWmkE7ELN7xA_jvSvgg)
- [一文读懂宏基因组binning](https://mp.weixin.qq.com/s/BHCs2Y97jXL-2kInlu49UA)
- [微生物基因组分类数据库GTDB和软件GTDB-Tk](https://mp.weixin.qq.com/s/pXOVbUb_FFk5kq-4y5N1Fg)

## 认识特征表 Feature table

特征表是上游大数据分析的终点，是里程碑式的成果，同时也是下游分析的起始。

- [BIOM：生物观测矩阵(特征表)——微生物组数据通用数据格式](https://mp.weixin.qq.com/s/R1lDzm8eSBibhL8PkDSJJA)

# 特征表的分析、可视化和解读

- [扩增子图表解读-理解文章思路](https://mp.weixin.qq.com/s/GAdyQhGdIuj6J6Vstg0fyg)
- [扩增子分析流程-把握分析细节](https://mp.weixin.qq.com/s/y2blDiLYohJmzuyAMFU3ZA)
- [扩增子统计绘图-冲击高分文章](https://mp.weixin.qq.com/s/u7PQn2ilsgmA6Ayu-oP1tw)
- [微生物16S测序数据的正确打开方式](https://mp.weixin.qq.com/s/SakHS9QuqFIpQTN6gCVbpg)
- [多快好省的宏基因组研究技巧](https://mp.weixin.qq.com/s/nB9vgUYDf5j5hiiGl0-v6A)
- [如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？](https://mp.weixin.qq.com/s/LbMbE6dtgRSXZqTEM5rbyw)
- [水稻微生物组时间序列分析](http://mp.weixin.qq.com/s/qxDBa-opLPecfISPi7qI3g) [1模式图与PCoA](https://mp.weixin.qq.com/s/6l6lC-DlwSlsivlD5eI4Qg)  [2a相关分析](https://mp.weixin.qq.com/s/31GlVfOXpq_Z07MLnWgtow) [2b散点图拟合](https://mp.weixin.qq.com/s/WUtV6XnzA4a6PNiROjrWEQ) [3冲击图](https://mp.weixin.qq.com/s/mJLtkLxbXklrRtFgRNodMA) [4随机森林回归](https://mp.weixin.qq.com/s/pyIoUs_YGuzLyc2gAet6BA)
- [微生物组统计和可视化——phyloseq入门](https://mp.weixin.qq.com/s/lDhHZ3CPYZgeQ3muTDJO2A)


## Alpha多样性

### 箱线图或柱状图

### 稀释曲线

### 维恩图

维恩图的变形，如UpsetView，网络图等。

## Beta多样性

- [排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA](http://mp.weixin.qq.com/s/juMOVzZfdUD4w9M2l1Bh6g)
- [Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理](http://mp.weixin.qq.com/s/b2kjedvI-8hYSkTQxKUalA)
- [PCoA距离算法大全](https://mp.weixin.qq.com/s/SomOM-Dzz1SJ2pYAynsBRA)
- [环境因子关联分析—CCA还是RDA](http://mp.weixin.qq.com/s/8D4vlBIhyYg0ZHtsdGn_kA)


### 非限制性排序PCoA/NMDS

1. 主成分分析PCA
2. 主坐标分析PCoA
3. 非度量多维尺度分析NMDS
4. 对应分析CA
5. 其他排序pls-da，opls-da，t-sne

### 统计方法PERMANOVA

1. PERMANOVA
2. ANOSIM
3. MRPP


### 限制性排序

1. 限制性主坐标分析Constrinaed PCoA
2. 冗余分析RDA
3. 典范对应分析CCA
- [Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图](https://mp.weixin.qq.com/s/aOlS6RKZTI0JJkLL7g7gaQ)
4. LDA

## 物种组成

### 堆叠柱状图

### 弦图

### 树图/气泡图

## 差异比较

### t检验和秩和检验

### 负二项分布和计数型差异分析edgeR/DESeq2

1. 什么是物种数据的过度离散现象和负二项分布
2. 用edgeR包进行差异分析
3. DESeq2包进行差异分析
- [二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？](https://mp.weixin.qq.com/s/Jbu54YgGoUrpZjhveF6GFw)

### STAMP与扩展柱状图

- STAMP——微生物组间差异统计分析 [简明教程](http://mp.weixin.qq.com/s/f02mPAXCobPQijkIis-c2w) [中文帮助文档](https://mp.weixin.qq.com/s/uWU-F7jUuMskM7GXOrgILA)

### LEfSe和Cladogram

- [LEfSe分析简介](http://mp.weixin.qq.com/s/5K8OTMee6CwDZz51YWJEDg)
[简化美化LEfSe分析结果图](https://mp.weixin.qq.com/s/vnt7EacrJaeY01owbJ1ZQA)
### 其他常用差异分析方法

1. ANCOM分析
2. ALDEx2分析
3. songbird和DEICODE介绍
4. limma


## 网络分析

### 网络基础知识


### 可视化入门

1. 按分类或模块着色网络
2. 网络属性
3. 全局属性
4. 节点属性

- [网络图在R中的实现-igraph](https://mp.weixin.qq.com/s/Lh7HqhgFi0NAF9sLJZp4lg) 
- [微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet](http://mp.weixin.qq.com/s/YPZar_aDmKE4W9s45NvhgQ)  
- [SparCC的微生物网络构建示例](https://mp.weixin.qq.com/s/twFOAyBw429uThe8WKg-Sg)
- [Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析](https://mp.weixin.qq.com/s/jGHuP1ikCX0n3vKfS3VXPQ) [GIANT包分析网络的Z、P-score](https://mp.weixin.qq.com/s/Q79cpCRFvgWJNdUVAmvMxA) [制作带bar和pie节点的网络图](https://mp.weixin.qq.com/s/6sao9YEo-9kSwDi7o1SKWQ)
- [使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频](https://mp.weixin.qq.com/s/PugsgGR_2qMkHYkoFkVTDQ)

### 可视化进阶

1. 双网络比对
2. 多网络时间序列
3. Gephi美化

- [Gephi轻松绘制超美网络图](https://mp.weixin.qq.com/s/TJHt4ilxb5bhp-aLO1pKTg)

## 机器学习

- [轻松看懂机器学习十大常用算法](http://mp.weixin.qq.com/s/sU__UxDDmhs-4pMGX-5rSQ)
- [一文读懂随机森林在微生态中的应用](http://mp.weixin.qq.com/s/58VAF03uO3nBPfp7eboqUA)
- [你想知道的ROC曲线](http://mp.weixin.qq.com/s/wRISqBabnFrtWD4TrCgBOg)

### 机器学习的常用算法

### 随机森林分类

黄适：这个RandomForest package 非常慢，已经完全不适应大数据分析需求。推荐使用ranger https://github.com/imbs-hl/ranger

1. 分类
2. 分类评估-ROC曲线及DCA分析

### 随机森林回归

3. 回归
4. 回归及效果评价

### Adaboost/slime2

### 深度学习

### 来源追溯SourceTracker/FEAST

- [Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST](https://mp.weixin.qq.com/s/NL68sMIYL_vhBxGa91bFpg) [Phyloseq格式使用实战](https://mp.weixin.qq.com/s/hIBsK8OQii1eziK7pH2dwQ) [原版代码实战](https://mp.weixin.qq.com/s/xRkMpXeBr7EpeE-VIoPcQQ)
- [SourceTracker—微生物来源分析](https://mp.weixin.qq.com/s/18U5YmzEPpCBsZJBYxwCkw)

### 其他常用算法

1. 人工神经网络分类
2. 支持向量机分类
3. 逻辑回归（GLM）


## 树形图

- 进化树 [一文读懂](https://mp.weixin.qq.com/s/GV8rU3FZdc8Y-x931k_yrQ)
- [iTOL美化](https://mp.weixin.qq.com/s/htW2nWJBCp555y27grrGRw) [进阶](https://mp.weixin.qq.com/s/ZATPWf47WBKl91gFEBzusg)  
- [GraPhlAn进化树](https://mp.weixin.qq.com/s/pR7uKYxlXad9fBp7o-vkMA) [物种树Cladogram官方教程中文](https://mp.weixin.qq.com/s/Uw6PRf8_hPiJwZydXhI37Q) [重现Nature文章实战](https://mp.weixin.qq.com/s/xOtF_MzBShPC1niYul5KLw) 
- [Evolview基础](http://mp.weixin.qq.com/s/eDXbvf7iW2WSjrkcX2odYA) [进阶](https://mp.weixin.qq.com/s/xxc9ObBdPYM10YCw0Ur6MQ) 

### 进化树构建

1. 多序列比对
2. 建树Fastree/RaxL
3. 宏基因组中建树Phylophlan3
4. iTOL美化进化树
5. ggtree美化进化树

### 分类树构建

1. Graphlan与Cladogram
2. Krona
3. Metacoder
- [Krona绘制物种或功能组成圈图](https://mp.weixin.qq.com/s/62CXHcz9ZisVsRgbUjTK8A)
- [microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram](https://mp.weixin.qq.com/s/psGD9-AxgcCfclGhOKR1mQ)

## 相关分析

- [相关分析：Spearman、Kendall和Pearson](http://mp.weixin.qq.com/s/Nm9NEGG9gy-lEX34kyxFgQ) 

### 特征与环境因子相关

### 特征间相关(同网络)

### 相关分析的可视化

# 统计学基础

- [P值背后那些事儿](http://mp.weixin.qq.com/s/lKkvJ7s8dshe7mvDOnl6_w)

## 正态性检验和方差齐性分析

## t检验、方差分析、卡方检验使用注意事项

## 两组和多组秩和检验

## 多重比较的P值校正

## 物种数据标准化方法和注意事项


# 文章套路总结

## 扩增子

- 扩增子SCI套路 [1群落结构差异](http://mp.weixin.qq.com/s/tRc4PBS-PZh6ghxX1nlNcw) [2组间差异](http://mp.weixin.qq.com/s/yI1KlyluNyoPM0DE5LOAfg) [3总结](http://mp.weixin.qq.com/s/V4VCrJU4cSSpof2QDoDKNQ)
## 宏基因组

### 参考基因集

### 碳水化合物

### 抗生素抗性

## 扩增子+宏基因组

## 其他研究热点

- 人类：肠型、肥胖、二型糖尿病、IBD、早产、关联分析
- 动物：无菌小鼠、牛瘤胃、食性、宿主和微生物共进化
- 植物：根际、叶际、代谢物、氮利用、抗病
- 环境：抗生素耐药、抗生素挖掘、极端环境、生命之树

# 附录

## 实验设计

实验方案，样本元数据收集，样本名命名规则和示例。

## 测序平台和测序技术

## 数据备份与发布

NCBI，GSA，EBI

- [原始数据极速上传NCBI SRA教程](https://mp.weixin.qq.com/s/ofL8OSgGvKpzVfuV7ZS_BA)
- [中国核酸数据库GSA数据提交指南](https://mp.weixin.qq.com/s/kppWmdMnXhfGIIyC6n7d_g) [扩增子16S实例](https://mp.weixin.qq.com/s/bOpfgcbpvDeHCgw0YzfkdQ) [宏基因组实例](https://mp.weixin.qq.com/s/ZbhVHRQj5kZVHMsvOyWr0w)


## 图片排版和美化

- [学术论文图表基本规范大全](http://mp.weixin.qq.com/s/SCT4oso_vI0UNIJZTaG95g)
- [3分和30分文章差距在哪里？](http://mp.weixin.qq.com/s/kD-x7K4hI5KMgGXikyLt0Q)
- [学术图表的基本配色方法](http://mp.weixin.qq.com/s/hq5p8Lqzn9Km2qVRLW2dVQ)
- AI学习教程 [1基本图形绘制](https://mp.weixin.qq.com/s/Wq25ooWvfsicJltOOTwZcQ) [2模式图](https://mp.weixin.qq.com/s/EpZKEkXLkBEf4j_TUzdZCQ) [3排版](https://mp.weixin.qq.com/s/Hi9qfZ0-Kv9P3SPq4m5PQA) [画冠状病毒](https://mp.weixin.qq.com/s/jdUS-eoxBT0QdNPUc-rrQg)
- [论文Figures，你不能不知道的秘密](http://mp.weixin.qq.com/s/UQtKZ14_6WTyFYGZgiC00g)
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办工效率

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## 宏基因组精品文章(专题)

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网站数据库

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软件算法和流程

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## 写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读[《如何优雅的提问》](http://mp.weixin.qq.com/s/H9gkepap0hy3NNskOkO44w)学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
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