# Simple_Drawing

**Repository Path**: xxay/Simple_Drawing

## Basic Information

- **Project Name**: Simple_Drawing
- **Description**: 1123456789
- **Primary Language**: Python
- **License**: Apache-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2021-09-20
- **Last Updated**: 2026-07-17

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Simple Drawing

基于 Django 的在线数据可视化与生信分析工具站。用户上传数据文件(CSV/Excel/FASTA 等),在线生成各类图表,或运行生信分析工具(BLAST / ORFfinder / FastQC 等)。

## 功能

- **图表生成**:87 种图表,涵盖散点图、柱状图、热图、时间序列、分布图等
  - matplotlib 渲染(24 种)
  - R/ggplot2 渲染(63 种,需安装 R)
- **生信工具**:BLAST 比对、ORFfinder、GFF 转 GTF、序列基础分析、Pfam 结构域、FastQC 质控
- **留言板**:访客留言

## 技术栈

| 层 | 技术 |
|---|---|
| 后端 | Django 5.2 LTS、Python 3.10+ |
| 科学计算 | pandas、numpy、matplotlib、seaborn、joypy、scipy、Biopython |
| 绘图 | R 4.x + ggplot2 等 17 个 CRAN 包 |
| 生信 | NCBI BLAST+、ORFfinder、gffread、FastQC、pfam_scan.pl |
| 前端 | layui + layer.js + jQuery |

## 快速开始

### 1. Python 环境

```bash
# 推荐用 uv(需 Python 3.10+)
uv venv --python 3.12 .venv
source .venv/Scripts/activate    # Windows Git Bash
# 或: .venv\Scripts\activate     # Windows cmd

uv pip install -r requirements.txt
```

### 2. 数据库

项目自带 `db.sqlite3`(含 87 个图表配置)。若新建空库:

```bash
python manage.py migrate
# 然后用 scripts/ 下的种子脚本导入图表配置(若有)
```

### 3. 启动开发服务器

```bash
python manage.py runserver 127.0.0.1:8000
```

访问 http://127.0.0.1:8000/

### 4. R 环境(图表渲染所需)

约 63 种图表依赖 R。安装 R 后,装以下 CRAN 包:

```r
install.packages(c(
  "ggplot2", "ggthemes", "ggExtra", "ggcorrplot", "ggdendro",
  "ggfortify", "gplots", "scales", "plyr", "RColorBrewer",
  "zoo", "lubridate", "fBasics", "forecast", "gdata",
  "pheatmap", "plotrix"
))
```

### 5. 生信工具(可选,Linux/WSL)

生信工具(`tools/` app)依赖外部二进制:`makeblastdb`/`blastn`/`blastp`/`blastx`/`tblastn`/`tblastx`、`ORFfinder`、`gffread`、`fastqc`、`pfam_scan.pl`、`7z`。

这些是 Linux 二进制,Windows 上需通过 WSL 运行,或从 NCBI / 各项目官方获取后放入 `tools_sofa/` 目录(该目录默认不入库)。

## 目录结构

```
Simple_Drawing/
├── manage.py
├── requirements.txt
├── Simple_Drawing/          # Django 项目配置
│   ├── settings.py          # 支持 SECRET_KEY/DEBUG/ALLOWED_HOSTS 环境变量
│   ├── security_utils.py    # 安全校验工具(safe_path/safe_filename 等)
│   ├── urls.py
│   └── wsgi.py
├── chart/                   # 图表 app
│   ├── charts/              # 图表函数包(从原 charts.py 拆分)
│   │   ├── _runner.py       # R 安全执行 helper(run_r/escape/validate)
│   │   ├── mpl_basic.py     # matplotlib 基础图
│   │   ├── mpl_composition.py
│   │   ├── r_composition.py # R 各类图表(7 个子模块)
│   │   ├── r_correlation.py
│   │   ├── r_deviation.py
│   │   ├── r_distribution.py
│   │   ├── r_group_sort.py
│   │   ├── r_temporal.py
│   │   └── r_misc.py
│   ├── models.py            # PlottingLibrary(图表配置,JSONField 参数)
│   ├── tools.py             # 文件处理、ChartParameter(HTML 参数渲染)
│   └── views.py             # 图表页面、上传、下载、绘图调度
├── tools/                   # 生信工具 app
│   ├── models.py            # ToolsLibrary
│   └── views.py             # blast/orf/pfam/fastqc 等(用 subprocess)
├── pages/                   # 静态页面 app
│   ├── models.py            # Message(留言)
│   └── views.py             # 首页、留言、分页
├── templates/               # Django 模板
│   ├── page/                # 首页、关于、工具页
│   └── chart/Basic.html     # 图表渲染主模板
├── static/                  # 静态资源(layui/css/img_eg)
├── file_keep/               # 运行时文件(上传/输出/示例,gitignore)
└── tools_sofa/              # 生信二进制(gitignore,需自备)
```

## 配置(环境变量)

生产环境通过环境变量覆盖默认配置:

| 变量 | 说明 | 默认 |
|---|---|---|
| `DJANGO_SECRET_KEY` | Django 密钥(必须覆盖) | 内置开发值 |
| `DJANGO_DEBUG` | 调试模式 | `True` |
| `DJANGO_ALLOWED_HOSTS` | 允许的 Host(逗号分隔) | `localhost,127.0.0.1` |

## 许可证

见 [LICENSE](LICENSE)。