# Lims__report_uploader **Repository Path**: yangke1992/Lims__report_uploader ## Basic Information - **Project Name**: Lims__report_uploader - **Description**: Lims__report_uploader document - **Primary Language**: Unknown - **License**: Not specified - **Default Branch**: master - **Homepage**: None - **GVP Project**: No ## Statistics - **Stars**: 0 - **Forks**: 0 - **Created**: 2021-07-26 - **Last Updated**: 2021-07-26 ## Categories & Tags **Categories**: Uncategorized **Tags**: None ## README ## 简介 `Lims_report_uploader`是用于将结题报告从天津或南京集群传到lims系统的工具. ## 版本 ![v1.0 ](https://raw.githubusercontent.com/lidanqing123/Lims__report_uploader/master/Readme_v1.0) ## 集群路径 天津集群 ``` /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader -h 或 /PUBLIC/software/MICRO/Anaconda/anaconda3/bin/python /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader -h ``` 南京集群 ``` /NJPROJ2/MICRO/PROJ/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader -h 或 /NJPROJ2/MICRO/share/software/Anaconda/anaconda3/bin/python /NJPROJ2/MICRO/PROJ/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader -h ``` ## 使用方法 * 首先,需要通过`init`命令初始化配置自己的lims账号和密码,此后,使用不需要再重新配置. * 使用`upload`命令来上传结题报告; * 如果不清楚SOP编号,可通过`search`命令查询可选SOP ``` $ /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader -h usage: Lims_report_uploader [-h] [-V] {init,search,upload} ... Description: 这个脚本用于将结题报告从集群传到lims系统中. 1 首先,需要通过’init’命令初始化配置lims账号和密码; 2 上传结题报告使用’upload’命令; 3 如果不清楚SOP编号,可通过’search’命令查询可选SOP author: lidanqing@novogene.com version: 1.1.1 positional arguments: {init,search,upload} sub-command init 开始初始化lims账户信息 search 查询项目SOP upload 上传报告 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -V, --version show program's version number and exit Example: Lims_report_uploader init -h Lims_report_uploader search -h Lims_report_uploader upload -h ``` ### 初始化lims账号信息 初始化lims账号信息直接使用`init`命令 ``` /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader init ``` 查看帮助信息可加上`-h`参数: ``` $ /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader init -h usage: Lims_report_uploader init [-h] Description: ’init’命令用于初始化配置lims账号和密码等信息.命令行中不用给其他任何参数. optional arguments: -h, --help show this help message and exit Example: Lims_report_uploader init ``` ### SOP编号查询 通过项目分期编号,可以使用`search`命令查询可选的SOP ``` $ /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader search -s P101SC18072239-01-F002 SOP_code SOP方法 ############################################################ SOPMC00038 ANI分析（每株） SOPMC00039 cgMLST SOPMC00040 QC SOPMC00041 比较基因组分析（SNP／InDel／SV检测及注释） SOPMC00042 比较基因组分析（共线性） SOPMC00043 标准分析 SOPMC00044 群体进化分析（core-pan基因分析） SOPMC00045 群体进化分析（基因家族） SOPMC00046 群体进化分析（进化选择压力分析） SOPMC00047 群体进化分析（群体地理传播途径预测） SOPMC00048 群体进化分析（群体进化分歧时间预测） SOPMC00049 群体进化分析（群体进化树分析） SOPMC00050 转座子分析（基于蛋白+核酸序列） SOPMC00051 转座子分析（基于蛋白序列） SOPMC00052 转座子分析（基于核酸序列） ``` 查看帮助信息可使用`-h`参数: ``` $ /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader search -h usage: Lims_report_uploader search [-h] -s STAGECODE Description: 提供项目分期编号,使用'search'命令,可查询此产品可选SOP. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -s STAGECODE, --stage_code STAGECODE 分期编号 Example: Lims_report_uploader search -s P101SC18072239-01-F002 Lims_report_uploader search --stage_code P101SC18072239-01-F002 ``` ### 报告上传 报告上传是此程序的主要功能. 需要配置的参数相对较多: * -i file, --input file 集群中报告文件的路径,'.zip', '.tar.gz', '.tar', '.gz', '.rar'等类型的压缩文件 * -s STAGECODE, --stage_code STAGECODE 项目分期编号 * -r {Q,M,R}, --report_type {Q,M,R} 结题报告类型,例如:QC报告、mapping报告、结题报告.分别对应于{Q,M,R}. * -n int, --sample_num int 样本个数 * -d num, --total_data num 总数据量 * --SOP SOP SOP编号,多个SOP编号的话以英文字符逗号分开,like:"SOPMC00038,SOPMC00039".配置前可以用过'search'命令查询可选SOP. * -m REMARK, --remark REMARK 备注信息.可为空. Example: ``` Lims_report_uploader upload -i P101SC18072239-01-B1-3.zip -s P101SC18072239-01-F002 -r Q -n 4 -d 2 --SOP SOPMC00039,SOPMC00040 -m "正常" Lims_report_uploader upload --input P101SC18072239-01-B1-3.zip --stage_code P101SC18072239-01-F002 --report_type Q --sample_num 4 --total_data 2 --SOP SOPMC00039,SOPMC00040 --remark "正常" ``` 查看帮助信息可使用`-h`参数: ``` $ /TJPROJ1/MICRO/lidanqing/lims_report_upload/Lims_report_uploader upload -h usage: Lims_report_uploader upload [-h] -i file -s STAGECODE -r {Q,M,R} -n int -d num --SOP SOP [-m REMARK] Description: 'upload'是本脚本最核心的功能,用于上传结题报告. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i file, --input file 集群中报告文件的路径,'.zip', '.tar.gz', '.gz', '.rar'等类型的压缩文件 -s STAGECODE, --stage_code STAGECODE 分期编号 -r {Q,M,R}, --report_type {Q,M,R} 结题报告类型,例如:QC报告、mapping报告、结题报告 -n int, --sample_num int 样本个数 -d num, --total_data num 总数据量,以G为单位 --SOP SOP SOP编号,多个SOP编号的话以英文字符逗号分开,like:"SOPMC00038,SOPMC00039". 配置前可以用过'search'命令查询可选SOP. -m REMARK, --remark REMARK 备注信息.可为空 Example: Lims_report_uploader upload -i P101SC18072239-01-B1-3.zip -s P101SC18072239-01-F002 -r Q -n 4 -d 2 --SOP SOPMC00039,SOPMC00040 -m "正常" Lims_report_uploader upload --input P101SC18072239-01-B1-3.zip --stage_code P101SC18072239-01-F002 --report_type Q --sample_num 4 --total_data 2 --SOP SOPMC00039,SOPMC00040 --remark "正常" ``` ## FAQ ### 1. UnicodeEncodeError: 'charmap' codec can't encode characters in position 85-100 ![](https://raw.githubusercontent.com/lidanqing123/Lims__report_uploader/master/QQ%E5%9B%BE%E7%89%8720181226200832.png) 假如出现这个报错.可能是linux系统的stdout编码不对.可通过如下命令查看. ![](https://raw.githubusercontent.com/lidanqing123/Lims__report_uploader/master/QQ%E5%9B%BE%E7%89%8720181226200951.png) 用过`vi`命令将`~/.bashrc`文件加入下面一行信息.把环境变量LANG改为'zh_CN.UTF-8' ``` export LANG='zh_CN.UTF-8' ```