# docking

**Repository Path**: zhang--xinyuan/docking

## Basic Information

- **Project Name**: docking
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-04-12
- **Last Updated**: 2022-05-04

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

docking.py,docking.ipynb 实现vina的对接需要配体和蛋白质的pdbqt文件和对接盒子
1.配体PDBQT文件获取
    1.1 在rcsb数据库批量下载配体mol2
    1.2 使用ligandPdbqt.ipynb进行mol2到pdbqt转换
2.蛋白质pdbqt文件获取
    2.1 processPdb.ipynb将pdb文件中小分子剔除得到新的pdb文件
    2.2 proteinPDBQT将得到的蛋白质pdb文件转为pdbqt文件
3.对接盒子获取
    3.1 手动在autodocktools获取txt文件
docking.py,docking.ipynb 提取对接盒子坐标数据，对接，提取亲和力日志文件，记录在csv里

affinity.csv记录了所有的结果.