# primerDesignr

**Repository Path**: zhangrenl/primerdesignr

## Basic Information

- **Project Name**: primerDesignr
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: R
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-02-27
- **Last Updated**: 2023-12-11

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

---
title: "数据处理流程"
author: "Zhangrenliang"
date: "2022/2/28"
---

从包含Indel/SNP信息的vcf文件到Indel/SNP分子标记

## 0. primerDesignr的安装及加载
```{r}
devtools::install_git("https://gitee.com/zhangrenl/primerdesignr")
library(primerDesignr)
creat_primer3env()
```

## 0. 自动设计引物

```{r}
# 如果使用该命令自动设计引物没有问题的话可以忽略后续步骤
# 需要准备的文件，
# 1. fasta格式的基因组序列文件
# 2. 包含变异位点信息的文件，vcf，csv，txt
#    包含信息列（CHROM，POS，ALT，REF）
#    建议直接使用vcf文件
autoprimerdesign(genome = "Sitalica_312_v2.fa",  # 参考基因组文件
                 table = "filter.indel.vcf",  # 输入文件,vcf,csv
                 outputTable = "final.csv",  # 输出文件
                 extractFlankSeq = T, # 是否需要提供位点侧翼序列
                 CHROM.col = "CHROM",
                 POS.col = "POS")
                   
```





## 1. 准备参考基因组信息

```{r}
Yugu1 = prepareGenomeData(file = "Sitalica_312_v2.fa")

```

## 2. 将vcf文件转换成表格，或将指定样品信息从单列变成多列
```{r}
vcf= vcf2table(table = "filter.indel.vcf", # vcf 文件名
               seprateSamples = c("d78-x","d78-y")) # 需要分离信息的样品名称


```

## 3. 提取基因组信息
```{r}
# 1) 小文件
data = extractSeq(data = vcf, # vcf_table文件
                  genome = Yugu1) # 参考基因组
# 2) 大文件
data = extractSeqBigFile(data = vcf, # vcf_table文件
                         genome = Yugu1) # 参考基因组

write.csv(data, "tmp_data.csv")
```

## 4. 准备设计引物的文件
```{r}
set_config_file(file = "", # vcf_table, 必须包含序列
                seqcols = c("BEFORE", "AFTER"), 
                config_file = "tmp_config.txt",
                productsize = "80-120")
```

## 5. 调用primer3设计引物
```{r}
design_primers(config_file = "tmp_config.txt",
               output_file = "tmp_primers.txt")
```
## 6. 将primer3设计的引物整理到表格中
```{r}
collect_primer(primer_file = "tmp_primers.txt",
               outfile = "tmp_collectedPrimers.txt",
               extraInfo = c())
```

## 7. 将批量设计的引物信息整合到原始文件中
```{r}
unite_primer(oritable = vcf,
             collected_primer = "tmp_collectedPrimers.txt",
             unitedfile = "final.csv")

```

## 8. 清理临时文件
```{r}
unlink("^tmp*")
```