# Genome_survey

**Repository Path**: zhao-huiyao/genome_survey

## Basic Information

- **Project Name**: Genome_survey
- **Description**: 分别用snakemake和makefile搭建基因组survey的分析流程
- **Primary Language**: Shell
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: https://gitee.com/zhao-huiyao/genome_survey/
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 3
- **Forks**: 1
- **Created**: 2022-07-05
- **Last Updated**: 2024-06-29

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Genome_survey

### 介绍
分别用snakemake和makefile搭建基因组survey的分析流程

### 架构
包括两个目录，snakemake和makefile。（两种流程的测试数据testdata一致）

### 准备

#### 1.  了解基因组survey分析流程以及需要执行的操作。这里我主要提供5个模块。

1.1 rawdata到cutadaptdata（软件cutadapt）
1.2 cutadaptdata到cleandata（软件fastp）
1.3 kmer分析（软件jellyfish和一个出图脚本kmerpdf.R）
1.4 依据kmer结果基因组大小和重复评估（软件GenomeScope）
1.5 初步组装和组装contig统计（软件SOAPdenovo2和一个统计脚本genome_statistics.py）

#### 2.  以上所有软件都需要提前安装好，并测试可以正常使用。
    
cutadapt、jellyfish和GenomeScope是基于conda安装的，并生成各自的yaml文件（用于snakemake）

### snakemake

#### 1.  安装并熟悉snakemake。
    
这里可以看[https://blog.csdn.net/weixin_44616693/article/details/125374148?spm=1001.2014.3001.5501](https://blog.csdn.net/weixin_44616693/article/details/125374148?spm=1001.2014.3001.5501)
和[https://blog.csdn.net/weixin_44616693/article/details/125462010?spm=1001.2014.3001.5501](https://blog.csdn.net/weixin_44616693/article/details/125462010?spm=1001.2014.3001.5501)

#### 2.  下载snakemake目录下的所有目录及文件在自己的服务器目录下。
    
标准的目录格式

```
——————————————————————
|——conda_yaml_files            #保存需要的三个conda环境yaml文件
    |——cutadapt.yaml           #软件cutadapt
    |——GenomeScope.yaml        #软件GenomeScope
    |——kmer.yaml               #软件jellyfish
|——scripts                     #保存脚本
    |——genome_statistics.py    #统计组装的基因组
    |——kmerpdf.R               #对kmer绘图
|——testdata
    |——test_L1_1.fq
    |——test_L1_2.fq
    |——test_L2_1.fq
    |——test_L2_2.fq
|——testresults                 #保存结果文件（手动创建）
|——config.yaml                 #snakemake的配置文件
|——snakemake.py                #snakemake文件
|——soap_config.file            #软件SOAPdenovo2需要的配置文件，仅针对测试数据，若其他数据则需要修改
——————————————————————
```

每一个文件都很简单，这里你需要对config.yaml进行修改。（包括软件fastp和soapdenovo2的目录）

#### 3.  运行（保证上述所有要求已完成）

```
cd ~/snakemake/Genome_survey/
conda activate snakemake
#首先你可以先出一个拓扑图和dry run
snakemake -s snakemake.py --dag | dot -Tpdf > snakemake_dag.pdf	
snakemake -s snakemake.py -p -n
#运行，~5min
nohup snakemake -s snakemake.py -p -c 8 --use-conda 2>&1 &
#结果可以在testresults目录下查看

——————————————————————
|——01cleandata                    #cleandata
|——02kmer                         #kmer分析结果
    |——Genomescope_21kmer_shuxi   #依据kmer结果，软件Genomescope对基因组的评估结果
|——03assemble                     #基因组初步组装结果和统计结果，统计结果是length.txt和statistics.txt
|——soap_config_file               #修改后的软件SOAPdenovo2配置文件
```
### makefile

#### 1. 安装并熟悉makefile。