# MyScript

**Repository Path**: zwg_123/MyScript

## Basic Information

- **Project Name**: MyScript
- **Description**: 自己平时常用的一些脚本记录
- **Primary Language**: R
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 2
- **Created**: 2021-07-11
- **Last Updated**: 2021-07-11

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# MyScript

#### 介绍
自己平时常用的一些脚本记录
#### 目录


### OnestepWGCNA

- 其实非常不建议一步WGCNA，建议跟着官方的manual，Q&A一步一步学习。
- 由于本人数学基础非常薄弱，本科也没有学过线性代数，所以算法和理论部分基本理解不了，跑WGCNA完全是从分子生物学和调包侠的角度来完成的，所以结果应该存在一点差异。
- 我个人倾向于使用readcount，首先用readcount过滤下背景，然后用DEseq2标准化，log（FPKM+1）我也尝试过，可能和我的数据有关，结果并不理想。
- DEseq2需要对样品进行分组，没有必要根据实验设计分，这里我简单的分了case和control两组，对结果分析没有影响
- 可以onestep，我把分步步骤也打了function，可以分步跑下。