$ python3 -m pip install restraint-fold --upgrade -i https://pypi.org/simple

$ python3 -m fold -h
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-o O] [-oh OH] [--simplified SIMPLIFIED] [--addh ADDH]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i I                  Set the input pdb file path.
  -o O                  Set the output txt file path.
  -oh OH                Write the hbonds into txt file.
  --simplified SIMPLIFIED
                        Return the simplified information, default to be 0.
  --addh ADDH           Decide to rebuild hydrogen atoms or not, default to be 0.

$ python3 -m fold -i examples/pdb/case2-optimized.pdb -o examples/case2-secondary.txt
Analysing alpha:
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 154/154 [00:00<00:00, 14563.23it/s]
Analysing beta:
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 746/746 [00:00<00:00, 6425.08it/s]

# case2-secondary.txt
alpha:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 31 32 33 34 35 36 37 39 40 41 42 43 44 45 46 78 79 80 81 82 83 84 85 86 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109
beta:
23 24 25 26 27 28 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 93 94 95 96 97 98 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157

$ python3 -m fold -i examples/pdb/case2-optimized.pdb -o examples/case2-secondary.txt --simplified 1
Analysing alpha:
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 154/154 [00:00<00:00, 17623.61it/s]
Analysing beta:
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 746/746 [00:00<00:00, 6416.04it/s]

# case2-secondary.txt
alpha:
1~25
31~37
39~46
78~86
94~109

beta:
23~28
46~72
93~98
118~157

$ python3 -m fold -i examples/pdb/case2.pdb -o examples/case2-secondary.txt --simplified 1 --addh 1
1 H-Adding task with 2529 atoms complete in 0.09 seconds.
The new pdb file path is in: /tmp/restraint-fold/92de3be6-12f6-11ee-b491-b07b25070cd2.pdb
Analysing alpha:
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 154/154 [00:00<00:00, 15845.42it/s]
Analysing beta:
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 746/746 [00:00<00:00, 6003.69it/s]