abacus-develop 发行版

最新版

v3.6.3

922db46

2024-05-11 12:11

v3.6.3

最后提交信息为： version update: v3.6.3 (#4142)

v3.6.2

f372175

2024-05-11 11:59

v3.6.2

最后提交信息为： doc: add docs about using MPI in docker. (#4060)

v3.6.1

43cde6d

2024-04-12 14:15

v3.6.1

新功能
- 添加一个新的Davidson迭代方法，称为pw基的子空间davidson @haozhihan
- 再次启用“calculation = test_memory”功能 @mohanchen
- 使用soc为非共线计算添加力和应力输出 @hongriTianqi
- 添加U-Ramping方法，以提高DFTU收敛性 @WHUweiqingzhou
- 以CSR格式读写Hexx (R) @maki49
Bug修复
- 当kpar > 1、nspin = 2和cell-relax时出现Bug @Qianruipku
- 修复TDDFT文档中的错误 @ESROAMER
- 使用OFDFT修复MD中的十六进制输出 @sunliang98
- 初始化klist.cpp中的int变量“nrotkm” @randomname23333
- 初始化bessel_basis.cpp中的变量“no_use_c4” @Fisheory
- 初始化projgen.cpp中的一些变量 @Haerxile
- 更新bessel_basis.cpp @bot10032
- uspp的psi2rho中的数组过度扩展 @YuLiu98
- 更改衰减梯度的单位 @hongriTianqi
- 在veff_lcao.cpp中编译警告 @dyzheng
- 删除一个额外的括号 @WHUweiqingzhou
- nspin = 2的dos图 @1041176461
- 修复“get_dmk_vector ()”中的错误，并重构get函数 @WHUweiqingzhou
- 初始化文件： source/module_ri/RI_2D_Comm.cpp和ABF_Construct @RobertRainbow
- 初始化一些变量 @DylanWRh
- 初始化一些变量 @Esperanzalukas
- 初始化一些变量 @yang2022i
- 初始化变量 @Zjhjunhao
- 在winput.cpp中初始化了winput:: imp_pao = 0 @charches
- read_atoms.cpp的llk_initialization @Luckken21
- 计算中可能未初始化的变量 @OldDriver233
- 一些变量已初始化 @AmengFromCDH
性能
- 提高dav-subspace方法在pw基础上的性能 @haozhihan
- 在MD计算中使用收敛占用矩阵进行初始DFTU计算 @dyzheng
重构
- 更新esolver和相关源文件 @mohanchen
- 重构LCAO，去掉UHM类 @mohanchen
- 重构LCAO代码步骤3 @mohanchen
- 重构LCAO代码步骤2 @mohanchen
- 重构LCAO代码步骤1 @mohanchen
- 删除对与函数read_cube相关的GlobalV的直接引用 @Cstandardlib
- 更新ORB_atomic.cpp @aFlyingOctopus
- 更新berryphase.cpp @Pureorangeade
- 更新ESolver的描述 @mohanchen
测试
- 将Simpson测试结果保存到文件 @jieli-matrix
- 添加DFTUNew的单元测试并重构一些代码 @dyzheng
- 修改Simpson算法的精度标准 @jieli-matrix
- 构建单元测试时将精度结果保存到文件 @jieli-matrix
- 将存储库镜像到Gitee @njzjz-bot
文档
- 简易安装部件的更清晰的通知 @flinky-ai
- 更新Conda的默认推荐要求 @caic99

最后提交信息为： Vector instead of New, changed by Linbo Cao (#3975)

v3.6.0

5b263cb

2024-04-01 14:56

v3.6.0

## 新功能
 - 数值稳定的Quasi-atomic Orbital方法与位于tools/qo/内的上手文档 in #3669
 - 若mixing_restart小于drho，则重启电荷密度混合 in #3681
 - 数值原子轨道模块的Python化 in #3642
 - 增加支持JSON格式的读入 in #3648
 - 数值径向函数的Python化 in #3712
 - metaGGA计算支持输出dkin in #3700
 - pyabacus中数值原子轨道的可视化 in #3726
 - 支持从球贝塞尔函数构造数值径向函数 in #3721
 - Quasi-atomic Orbital方法中计算交叠矩阵时对k点与晶格矢量R的MPI并行计算 in #3707
 - 从Hexx重启计算 in #3451
 - 新的DFT+U方法及为调制投影轨道添加参数"onsite_radius" in #3682
## 测试
 - 为toQO::read_ovlp的单元测试上传文件 in #3724
 - 增加jY-jY双中心积分的单元测试 in #3734
 - 增加pyabacus的CI测试 in #3750
 - 在集成测试中，跳过测试文件夹不存在的测试 in #3793
 - 在dockerfile中设置ENABLE_RAPIDJSON=ON以输出abacus.json in #3788
## 重构
 - 将Module_IO::output_radial移入RadialSet类以解耦module_io与module_nao in #3680
 - 新增JSON对array的支持并在abacus-output中增加JSON树 in #3687
 - 移除ModuleIO::write_dm中的GlobalVs in #3797
 - 移除module_io/istate_envelope.cpp中的GlobalVs in #3801
 - 移除read_dm与read_wfc_nao中的一些全局变量 in #3794
## Bug 修复
 - 独立的FindBLAS.cmake, 全局可见库的链接错误 in #3623
 - 双中心积分类中过时的注释 in #3694
 - 支持赝势的稠密格点 in #3678
 - 修复TB2J文档中的错误 in #3709
 - 删除CMakeLists.txt中的无用版本信息 in #3731
 - 当 onsite_radius > rcut_NAOs 时cal_force_stress中的cal_nlm_tot问题  in #3732
 - 修复pyabacus中的未定义符号 in #3740
 - 修复pyabacus中的intel未定义错误 in #3742
 - 跳过no_U元素的错误 in #3748
 - 当并非所有原子均可移动时，自动关闭对称性 in #3738
 - 修复英特尔编译错误 in #3756
 - 修复init-element时的json in #3818
 - abacus.json中的natom in #3822
 - 支持psp6格式中的LPS in #3741
 - FindLibxc.cmake 中以 /usr/include 作为 include directory in #3771
 - 更新Makefile构建的默认双中心积分算法 in #3773
 - deltaspin计算中发出不要设置nupdown的警告 in #3765
 - ELPA 测试的编译 in #3774
 - abacus.json中ediff的输出值 in #3787
 - 修复算例 in #3804
 - nspin=4的警告信息 in #3791
 - gamma点计算中 Veff::contributeHR 的计时器错误 in #3799
 - 修复 scf_nmax 重启 by @WHUweiqingzhou in #3808
 - 移除psi_initializer中数值原子轨道的归一化 in #3716
## 构建
 - 增加 codecov 标识 by @njzjz in #3683
 - 将commit写入commit.h而非设置宏COMMIT in #3692
 - 工具链改动 in #3733
 - 修复 clang-format 文件格式 by @caic99 in #3736
 - 增加 lapack/blas wrapper in #3757
## 文档
 - 增加 pyabacus 的文档 in #3697
 - 增加 TB2J 接口文档 in #3703
 - 增加 conda 常见问答的链接 in #3728
 - 增加一个常见问答in #3723
 - 更新EXX重启与对称性的文档 in #3764
 - 增加一个pull request 模板的警告信息 in #3768
 - 增加JSON的文档 in #3754
 - 修复 abacus.json 中的注释 in #3784
## 完整更新列表
https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.5.4...v3.6.0

最后提交信息为： version update v3.6.0 (#3833)

v3.5.4

fc31f8c

2024-04-01 14:05

v3.5.4

最后提交信息为： update version (#3675)

v3.5.3

42b6ede

2024-04-01 13:59

v3.5.3

最后提交信息为： update version to v3.5.3 (#3617)

v3.5.2

9a86b0a

2024-04-01 13:53

v3.5.2

## 新功能
- 减少平面波基组CG求解Kohn-Sham方程中由重叠矩阵计算产生的多余计算 in #3556
- 支持在SCF期间重启电荷密度混合 in #3542
- 添加ENABLE_RAPIDJSON选项以控制abacus.json的输出 in #3519
- 支持平面波基组输出能带密度 in #3501
- 支持KPT文件中kline模式下的分段以及out_band能带输出的精度控制（默认为8） in #3493
- 为球贝塞尔函数添加Python封装 in #3475
- 添加ccache以加快测试过程 in #3509
- 改进用于查找LibXC和ELPA的CMake性能 in #3478
- 允许在一次调用中计算多个球贝塞尔函数的零点 in #3449
## 重构
- 命名空间Conv_Coulomb_Pot_K in #3446
## Bug修复
- 在FindLAPACK.cmake中添加对BLAS的支持 in #3497
- 修复mulliken电荷计算中的错误 in #3503
- 在读取STRU遇到badbit或failbit时，避免无限循环 in #3506
- 修复当result.ref没有totaltimeref时， Autotest.sh中的bug in #3523
- module_xc的单元测试 in #3524
- 忽略小磁矩以避免数值不稳定 in #3530
- 修复多个编译器警告 in #3515
- 输出默认精度标志 in #3496
- CUDA构建 in #3276
- 修复工具链安装的兼容性问题 in #3540
## 测试
- InputParaTest中在每个进程运行INPUT.Default () in #3490
- 更多QO的单元测试-任意轨道选择 in #3499
- 配置数学库的性能测试 in #3511
## 文档
- 避免文档中的歧义 in #3518
- 修复conda build env中缺少的依赖 in #3508
- 更正有关mp2 smearing方法的一些文档 in #3533
- 为PR # 3501添加一些文档 in #3537
- 更新input-main.md in #3551

## 完整的更新列表
https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.5.1...v3.5.2

最后提交信息为： Fix: nscf calculation stuck with nspin=2 and LCAO (#3570)

v3.5.1

8c9ea51

2024-01-15 16:19

v3.5.1

## 新功能
- 准原子轨道（QO）实现 - by kirk0830 in #3236
- 自动设置电场相关参数 -  by YuLiu98 in #3432
- INPUT若在没有 INPUT_PARAMETERS 的则给出提示 - by Satinelamp in #3407
- 为 out_mat_hs 1 情况添加控制输出精度的默认值，并给出全局默认输出精度关键字 out_ndigits - by kirk0830 in #3377
- 双中心积分模块的 Python 化 - by jieli-matrix in #3349
- 允许使用球形贝塞尔系数作为数值原子轨道文件的替代 - by jinzx10 in #3404
- 支持列表输入解析和 bessel_nao_rcut 的多个值 - by kirk0830 in #3454
- 支持 QO 可以像 python setup.py install 那样安装并使用 import abacus2qo - by kirk0830 in #3463
- 支持 out_mat_hs 关键字的单独精度控制，默认值设置为 8 - by kirk0830 in #3468
- 输出KS波函数表象的 XC 矩阵，并统一矩阵输出函数 - by maki49 in #3441
- 为 stress_mgga 函数添加 CUDA 支持 -  by denghuilu in #3474
- 对于磁性计算，如果 STRU 没有指定一个有限的 magmon，则自动设置一个有限的 magmon - by WHUweiqingzhou in #3453
- 添加meta-gga的rocm实现 by denghuilu in #3479
- 添加LCAO基组的CG算法 by haozhihan in #3473
- QO支持按原子种类设置参数 by kirk0830 in #3483

## 重构
- 删除 md/relax 中的临时文件 - by YuLiu98 in #3427
- 重构Exx_LRI::cal_exx_elec(Ds) - by PeizeLin in #3429
- 将 rho_mag相关代码 从 Charge 移到 Charge_Mixing，使它们相互独立 - by WHUweiqingzhou in #3435
- OperatorEXX支持传入自定义的 HexxR - by maki49 in #3470

## Bug修复 
- 修复使用DeePKS 训练力和应力时的 bug - by dyzheng in #3444
- 修复输出乱码的 bug - by Zhuxuegang2022 in #3458
- 仅当 Monkhorst-Pack 生成 k 点时才比较 k 网格中的 ibz_kpoint - by maki49 in #3442
- 修复elpa内存泄漏问题 - by caic99 in #3472
- 删除 backward-cpp 工具 by denghuilu in #3480
- 修复md中的一个单精度问题 by denghuilu in #3481
- 修复PAW计算中的几个小问题 by wenfei-li in #3476

## 测试
- 在read_atom_position()中为AutosetMag添加一个单元测试 by WHUweiqingzhou in #3471
- 在sphbes中为零点和导数添加精度测试 by jieli-matrix in #3445

## 文档
- 添加使用 conda 作为构建环境的说明 - by caic99 in #3466

## 完整的更新列表
https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.5.0...v3.5.1

最后提交信息为： update version to 3.5.1 (#3489)

v3.4.3

518df08

2023-11-20 15:01

v3.4.3

最后提交信息为： update version

v3.4.2

57c903a

2023-11-03 13:35

v3.4.2

## 更新内容
功能（Feature）:
1. 功能：修复 symmetry_prec ，由 @maki49 添加，链接：[PR #3096](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3096)
2. 功能：在命令行和运行_scf日志中输出硬件信息，由 @denghuilu 添加，链接：[PR #3127](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3127)
3. 功能：改进 kerker 预处理器的实现，由 @WHUweiqingzhou 添加，链接：[PR #3133](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3133)
4. 实现 deltaspin，由 @hongriTianqi 添加，链接：[PR #3050](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3050)

修复（Fix）:
1. 修复：bug 当 nspin = 2 时，修复了smearing，由 @Qianruipku 修复，链接：[PR #3080](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3080)
2. 修复：无论何种情况都对倒空间中的电荷密度进行对称化，由 @maki49 修复，链接：[PR #3081](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3081)
3. 修复：修复 Memory::print_all() 的结果错误 (#2307)，由 @Critsium-xy 修复，链接：[PR #3109](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3109)

测试（Test）:
1. 在集成测试中添加力阈值为 0.0001 和应力阈值为 0.001，由 @Zhuxuegang2022 添加，链接：[PR #3088](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3088)
2. 测试：在集成测试中添加力阈值为 0.0001 和应力阈值为 0.001，由 @Zhuxuegang2022 添加，链接：[PR #3102](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3102)
3. 测试：修复 test_deepks 的 CMake 文件，由 @wenfei-li 修复，链接：[PR #3100](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3100)
4. 测试：修复动态分析命令，由 @caic99 修复，链接：[PR #3120](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3120)

文档（Doc）:
1. 文档：详细用户指南中的对称性错误，由 @maki49 添加，链接：[PR #3105](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3105)
2. 文档：与 PR#3133 相关的相应更改，由 @WHUweiqingzhou 添加，链接：[PR #3139](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3139)

重构:
1. 重构：EXX-DM，由 @maki49 添加，链接：[PR #3068](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/3068)

**完整的更新日志**: https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.4.1...v3.4.2

最后提交信息为： Bump version to 3.4.2 (#3144)

v3.4.1

3b99988

2023-11-03 13:34

v3.4.1

## 更新内容
### 新功能
- 由 @wenfei-li 在 #3054 中实现PAW的并行化
- 由 @YuLiu98 在 #3045 中初始化vnl中的uspp部分
- 由 @wenfei-li 在 #3059 中实现PAW的nspin = 2
- 由 @wenfei-li 在 #3077 中更新PAW的能量计算
- 由 @YuLiu98 在 #3067 中将所有esolver输出的力和应力统一为相同的格式
### 重构：
- 由 @WHUweiqingzhou 在 #3041 中为DensityMatrix添加一些单元测试和注释
- 由 @maki49 在 #3022 中将force/stress_symmetry通用化为symmetrize_vec3/mat3
- 由 @Satinelamp 在 #3008 中更改某些函数中#include的顺序
- 由 @Qianruipku 在 #2998 中混合模块
- 由 @maki49 在 #3037 中模板化ESolver_KS_LCAO，统一ops/opsd, psi/psid；Davidson算法支持实数
- 由 @maki49 在 #3087 中支持gint_kernel_rho的不对称DM
### 测试：
- 由 @grysgreat 在 #3017 中添加真正的gaunt函数机器精度测试
- 由 @wenfei-li 在 #3061 中在gnu docker中添加gfortran
- 由 @caic99 在 #3085 中更新sanitize测试命令
- 由 @caic99 在 #3089 中更新动态分析命令
### 构建
- 由 @caic99 在 #3049 中更新构建测试命令
- 由 @caic99 在 #3052 中更新cmakelists
- 由 @hongriTianqi 在 #3079 中使用mpifort更新Dockerfile.gnu的paw测试用例
### BUG修复
- 由 @1041176461 在 #3084 中修改轨道标签的顺序以匹配ylm.cpp
- 由 @dyzheng 在 #3090 中整合用例和编译错误
- 由 @baixiaokuang 在 #3092 中删除跳过docs目录的PR检查
- 由 @YuLiu98 在 #3093 中修复力输出的标题
- 由 @wenfei-li 在 #3046 中修复PAW中的一个错误
- 由 @kirk0830 在 #3051 中修正 Autotest.sh
文档
- 由 @caic99 在 #3044 中更新readthedocs配置
- 由 @hongriTianqi 在 #3071 中更新提醒开发者的问题模板
- 由 @sunliang98 在 #3074 中更新与电荷混合相关参数的描述
- 由 @hongriTianqi 在 #3072 中用提醒更新问题和pr模板

**完整的更新日志**: https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.4.0...v3.4.1

最后提交信息为： Fix: title of force output (#3093)

v3.4.0

923b697

2023-10-07 10:49

v3.4.0

## 新功能
- vc-md中的动能修正 by YuLiu98 in #2908
- 以二进制格式输出wfc lcao by hongriTianqi in #2931
- 实现PAW功能 by wenfei-li in #2941
- 实现能带指标优先的PSI类 by maki49 in #2938
- 支持upf201格式的uspp by YuLiu98 in #2982
- 添加子模块libpaw_interface by wenfei-li in #3018
- 通过数值原子轨道初始化平面波基组波函数 by kirk0830 in #2983
- 添加超软赝势所需函数 YuLiu98 PR #3026
- 支持Wannier90接口输出二进制UNK文件 Liu-RX PR #3036

## 重构
- 在rhog_symmetry中使用openMP by Satinelamp in #2915
- 在轨道文件和upf赝势文件之间添加比较原子符号 by Zhuxuegang2022 in #2940
- 更新chg_extrap的默认值 by YuLiu98 in #2964
- 使用复数类型作为PW计算的模板参数 by denghuilu in #2965
- 为TwoCenterTable添加memstat并使新的双中心方法成为编译器选项 by jinzx10 in #3003
- 更好地管理SphericalBesselTransformer by jinzx10 in #2981
- 使用HContainer在LCAO代码中重新构建Hamiltonian和DensityMatrix by dyzheng in #2985

## 安装及编译
- 工具链2023.4 by QuantumMisaka in #2966
- Bump docker/setup-buildx-action从2到3 by dependabot in #2987
- Bump docker/metadata-action从4到5 by dependabot in #2991
- Bump docker/build-push-action从4到5 by dependabot in #2990
- Bump crazy-max/ghaction-github-pages从2到4 by dependabot in #2989
- Bump actions/checkout从3到4 by dependabot in #2988
- 在构建阶段之前更新子模块 by caic99 in #3006
- 移除libpaw_interface子模块 by wenfei-li in #3005
- 将ROCm支持重新引入ABACUS by denghuilu in #3011
- 将aws-actions/configure-aws-credentials从1变到4 by dependabot in #3012
- Bump docker/login-action从2到3 by dependabot in #3013

## Bug修复
- 格式化elecstate_print和时间统计输出 by kirk0830 in #2902
- 仅0号进程输出json时间文件 by pxlxingliang in #2939
- 文件比较参考值更新 by jinzx10 in #2948
- 如果SCF在RELAX METOD中未收敛，则会发出警告 by Zhuxuegang2022 in #2950
- 解决NSCF计算过于严格的对角化收敛标准 by Liu-RX in #2926
- 泄漏修复 by jinzx10 in #2959
- 静电势输出bug修复 by YuLiu98 in #2980
- 修复wannier90接口中的效率问题 by Liu-RX in #2961
- 删除使用非intel编译器时与RI相关的警告 by maki49 in #2992
- 输入任何大写或小写字母的参数dft_functional by PeizeLin in #2963
- 修改CMakeLists ，确保abacus_pw_serial编译成功 by haozhihan in #2971
- 修正在rhog_symmetry函数中使用openmp的算法 by Satinelamp in #2977
- symmetry为1时deepks输出应力标签 by dyzheng in #2995
- Vector3类中的未定义行为 by jinzx10 in #3010
- 将单位信息添加到文档 by jinzx10 in #3020
- md续算模式 by YuLiu98 in #3009
- 修复各种deepks内存泄漏 by jinzx10 in #3021
- 使用icpx编译时出错 by dyzheng in #3032
- 修复Output_DM中的bug by WHUweiqingzhou in #3035
- 使用新的psi_initializer重构ESolver_KS_PW::init_after_vc函数 by kirk0830 in #3031

## 测试
- 添加理论精度测试代码 by grysgreat in #2894
- 要更新“tests/integrate/clean.sh”脚本以删除time.json by Zhuxuegang2022 in #2969
- 添加sphbesj的精度测试 by jieli-matrix in #2958
- 添加110_PW_SY_symmetry_12K算例以测试多k点计算时的对称性 by Liu-RX in #3023
- 添加Simpson积分的精度测试 by jieli-matrix in #3028

## 文档
- 更正smearing_sigma_temp的描述。 by sunliang98 in #2933
- 更新LibRI和LibComm网址 by PeizeLin in #2942
- Dockerfile中的命令不删除abacus源代码 by pxlxingliang in #2937
- 更新ISSUE模板 by hongriTianqi in #2929
- 更正example/bsse/water的参考值 by pxlxingliang in #2954
- 更新与FIRE算法相关的文档 by YuLiu98 in #2952
- 更新版本号 by hongriTianqi in #3030

**完整更新日志**：https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.3.4...v3.4.0

最后提交信息为： Fix: refactor of ESolver_KS_PW::init_after_vc with new psi initiali...

v3.3.1

b3c50b6

2023-07-28 17:59

v3.3.1

## 新功能
- 添加了paw_atom类和测试 by @wenfei-li in #2731
- PAW中添加了accumulate_rhoij by @wenfei-li in #2734
- 在esolver_lj与esolver_dp中添加输出能量到文件 by @YuLiu98 in #2737
- 增加在晶胞弛豫计算中动态改变“symmetry_prec”的方法 by @maki49 in #2736
- 支持在“Parallel_2D:: set_desc”中复用blacs_ctxt by @maki49 in #2744
- 为hcontainer添加输出接口，为CSR格式稀疏矩阵的输入/输出添加稀疏矩阵类 by @hongriTianqi in #2745
- 在module_io中添加CSR文件读取类 by @hongriTianqi in #2754
## 重构
- 将“Parallel_2D”中的索引映射数组重命名并设为私有变量；简化deepks接口 by @maki49 in #2697
- 在module_nao中添加Gaunt系数表 by @jinzx10 in #2704
- 在module_nao中添加双中心积分插值表 by @jinzx10 in #2710
- 将2d块到格点的操作从“Local_Orbital_Charge”分离为独立的类“DMgamma_2dtoGrid” by @maki49 in #2748
- 输入模块重构 by @grysgreat #2671
## Bug修复
- sdft-md中的电荷外推 by @YuLiu98 in #2733
- 修复在symmetry中的一个断言 by @maki49 in #2720
- 在kpar > 1的情况下使用SCAN时的错误 by @Qianruipku in #2735
- 修复LDA+U计算下H/S矩阵的输出问题（Issue #2208 by @dyzheng in #2742
- 修复TDDFT中交叠矩阵 S(t + dt/2)的问题 by @lyb9812 in #2753
- 在LCAO_Hamilt:: calculate_HR_exx_sparse ()中更改R ，以缓解几个k点的输出Hexx (R)错误 by @PeizeLin in #2749
- 修复DeePKS 中 npsin=2 与Gamma点计算的问题 @wenfei-li #2755
- 修复module_cell/read_atoms.cpp 中原子顺序检查 (issue #2721) by @kirk0830 #2739
## 测试
- 简化在单元测试中编译ucell信息 by @hongriTianqi in #2747
## 文档
- 修复vdw-d3的失效链接 by @caic99 in #2741
- 在文档中添加UnitTest和Converge的一些详细信息 by @WHUweiqingzhou in #2752

**完整更新记录**: https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop/commits/v3.3.1

最后提交信息为： update version to v3.3.1 (#2766)

v3.2.5

c6c7bf3

2023-06-16 15:35

v3.2.5

## 新功能
- 添加E_KS的输出(sigma->0) (#2571)
- 为容器添加get_value和inner_most_ptr方法 (#2620)

## 重构
- 在Gint_inout接口中使用rho/kin_r而不是Charge (#2591)
- 将GlobalC:: GridD从global_fp.h移动到sltk_grid_driver.h (#2584)
- 在module_nao模块添加新类"RadialSet"和"AtomicRadials" (#2585)
- 将write_potential移动到module_io (#2582)
- 输出pw基组计算的efermi (#2604)
- 在module_nao模块添加新类"BetaRadials"和"RadialCollection" (#2610)
- 增加统一函数输出SCF收敛和费米能量 (#2618)
- 从module_esolver模块中删除不必要的模板变量 (#2621)
- 删除“using namespace std”以避免命名空间污染 (#2644)

## Bug修复 
- 对称性中的输出信息错误 (#2594)
- scf执行relax_step的bug (#2595)
- RPA_LRI:: cal_postSCF_exx () (#2598)
- 恢复module_nao的C++11兼容性 (#2599)
- Intel和GNU编译器编译警告 (#2609)
- 优化起始磁性信息的打印输出 (#2605)
- 将bessel_nao_rcut设置为rcut (#2625)
- 修复Tensor:: inner_most_ptr函数的错误 (#2637)

## 测试
- 添加dnrm2的单元测试 (#2590)
- 添加module_tddft的单元测试 (#2580)
- 添加module_io/bessel_base的单元测试 (#2614)
- 添加out_mat_t和out_mat_dh的CI测试算例 (#2613)

## 文档
- 更新faq.md (#2581)
- 更新phonopy文档 (#2603)
- 更新四个部分的输入参数文档 (#2530)
- exx paras描述中的小修复 (#2623)
- 修复ASE的安装 (#2624)

**完整的更新日志**: https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.2.4...v3.2.5

最后提交信息为： update version to 3.2.5 (#2645)

v3.2.4

2a89e7b

2023-06-02 15:40

v3.2.4

重构
- 添加可选择scf计算的收敛准则 #2470
- 去除部分全局类：#2485，#2542，#2529，#2537
- 在elecstate中添加获取相关全局类属性的getter函数 #2480
- 添加和重构程序类的部分接口和输出函数：LCAO_DEEPKS添加接口函数 #2517，添加输出接口类 #2562，重构esolver_ks_lcao中的out_dos #2519
- 将Charge类中的cal_nelec移动到UnitCell #2575
- 添加用于数值径向函数的类NumericalRadial #2471
- 修改calculation的取值ienvelope和istate为get_wf和get_pchg in #2548
- 支持更多三次样条差值的边界条件 #2540

测试
- 添加杂化泛函相关的测试：#2478 #2484
- 添加部分模块的单元测试：elecstate_energy.cpp in #2486，elecstate_pw.cpp in #2477，pot_base类 in #2491，potential_new.cpp in #2495，charge.cpp in #2527
- 添加输出动能密度的CI测试 #2572
- 更新对iweight相关的集成测试中的参考结果 #2553
- 添加SetMixing的单元测试 #2560
- 在github的issue模块添加测试的问题模板 #2579

Bug修复 
- 修复了nupdown中带隙输出的bug #2494
- 修复日志文件中输出的git commit号的日期 #2502
- 修复symm中产生的非必要警告 #2536
- 修复生成NAO的bug #2555
- 修正examples中run.sh中的涉及的文件名 #2566
- 修复nbands小于ncpu时计算挂起的bug #2557
- 修复readthedocs的搜索bug #2499

文档及算例
- 更新文档中相关模块的输入参数的描述：
  - Electronic Structure和OFDFT #2505，#2515
  - RELAX #2507，
  - SDFT和电导率 #2510，
  - System #2521，
  - VDW #2518，
  - Relax #2514，
  - symm和Exx #2503，
  - deepks和solvation model #2504，
  - Md #2516，
  - 输出模块 #2509
  - debug相关 #2528
  - DFT+U，Electric field和dipole correction #2506
  - NAO #2561
- 更新杂化泛函相关的描述 #2538
- 更新TDDFT和ShengBTE的描述文档 #2534
- 添加对out_dm1的描述 #2568

最后提交信息为： fix: update version (#2588)

v3.2.3

9df02ab

2023-05-19 13:58

v3.2.3

## 新功能和性能优化
- 支持ShengBTE软件接口和相关文档及算例
- 对于orbital-free DFT实现了Luo-Karasiev-Trickey (LKT)动能密度泛函
- 并入了更加完善的rt-TDDFT代码
- 对于杂化泛函中的exact exchange(EXX)项实现了plain以及pulay mixing
- 标准化rt-TDDFT计算吸收光谱绘制流程
- 新的FFT-based球贝塞尔变换方法
- 实现了STRU文件与DP模型元素种类自动匹配
- 增加了版本号输出函数
- 增加了密度矩阵mixing功能

## 安装及编译
- 对于串行版本的pw实现了cmake编译
- CMake安装时如果没有git命令会给出报错而非自动安装git

## 重构及代码整理
- 去掉了一部分全局类
- 重构了module_md部分
- 重构了RI相关部分
- 更新了晶胞弛豫时stress的默认收敛限
- 对module_pw的函数添加const
- 重构了tddft部分相关代码
- 重构了iweight函数

## 测试
- 单元测试的添加
- 修复了两个warning_quit通过的单元测试

## Bug修复 
- 修复了晶胞弛豫过程中symmetry_prec的问题
- 修复了DeePKS应力训练过程的bug
- 修复了folding_vl_k中的错误
- 修复了operator<(const Abfs::Vector3_Order)中的bug
- 删除了#2376 后引入的无效输出
- 修复了issue 2218中提到的DFT+U的输出bug 
- 合理化了Symmetry::hermite_normal_form部分的assert
- 修复了PR #2403引入的onsite.dm输出问题 
- 修复了SDFT中NSCF计算的问题
- 修复了parse_expression函数中的内存泄漏
- 修复了STRU文件与DP模型不一致的问题
- 移除了STRU_READIN_ADJUST.cif中的空参数
- 更新了 clang-format的文件设定
- 修复了单精度相关bugs
- 修复了实空间、倒空间对称性操作不一致的问题
- 修复了std::exit使用时的问题

## 文档及算例
- 更新了分子动力学（MD）算例
- 补充了如何进行版本更新的教程
- 更新了Davidson对角化的相关文档
- 增加了ShengBTE的使用文档及算例
- 更新了phonopy的文档

## 完整的更新列表
https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.2.2...v3.2.3

最后提交信息为： Update version.h (#2475)

v3.2.1

5823c99

2023-04-13 15:22

v3.2.1

## 新功能和性能优化
- 与Hefei-NAMD程序的接口更新，实现异步重叠矩阵计算
- 增加在md_prec_level=1中使用各向同性的NPT系综的功能
- 在PW模块中使用OpenMP
- 优化电荷密度对称化的效率
- 优化RI部分代码
## Bug修复
- 修复symmetry::pricell中的问题
- 修复编译器警告 "Wundefined-var-template"
- 删除 ilaenv_  
- 删除 std::defaultfloat
- 修复bool输入的读入方式
- 使用 MAKE_DIR 以确保返回值正确
- 修复 vl_in_h=0 的情况
- 升级GenELPA 以适配最新版本的 ELPA
## 安装及编译
- 使用 icpx 代替 icpc
- 在Makefile编译测试中使用 icpx & 动态分析中启用Libxc
- 缺少 libxc 时提示
## 文档
- 修复输入类型错误
- 加入更新conda说明
- 更新 advanced.md
- 更新 DOS 样例
- 更新 FAQ
## 代码重构
- 清理Numerical_Orbital_Lm中的废弃函数by @jinzx10 in #2160
- 删除无用函数，更新 setup_cell()
- itiaiw2iat接口
- 更新 init_after_vc() 和 before_scf()
- 更新 md_type, md_thermostat, md_pmode
- 更新关于赝势的警告
## 测试
- 加入relax_new的集成测试 
- 加入两种元素的MSST测试
- 为pw_basis class加入新的测试
- 加入单元测试：class ORB_table_phi & auto-deallocation in destructor
- 加入单元测试：Input::Init
- 加入单元测试： write_dm
- 加入单元测试： BLOCK_TASK_DIST_1D
- 加入单元测试：TASK_DIST_1D
- 加入单元测试： InputCove and Bolck
## 完整更新列表
[Full Changelog: v3.2.0...v3.2.1](https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.2.0...v3.2.1)

最后提交信息为： Fix: wrong rho in charge_extra.cpp (#2242)

v3.2.0

cccfbb2

2023-03-30 13:03

v3.2.0

最后提交信息为： Fix: a bug in read_rho (#2151)

v3.1.4

caa372a

2023-03-10 16:27

v3.1.4

新功能和性能优化
- 优化了对赝势文件的psi初始化的内存消耗 by @dyzheng in #1950
- 减少了SDFT后处理中的内存消耗 by @Qianruipku in #1991
- 为 PW_Basis_K 添加了OpenMP并行 by @Alcanderian in #1998
- Symmetry中添加了一些新功能和单元测试，并修复了一些问题 by @maki49 in #1904
- 优化了 mixing_beta 和 mixing_gg0 的默认设置 by @dyzheng in #2036
安装及编译
- 添加了CUDA容器镜像中的可执行文件 by @caic99 in #1962
- 添加了 dependabot by @njzjz in #1953
- 新增了 Makefile 在Intel环境下的构建测试 by @Liu-RX in #1965
重构及代码整理
- 添加了 __ENABLE_FLOAT_FFTW宏 用于控制单精度FFTW库的调用 by @denghuilu in #1958
- 移除了 module_pw 的全局变量 by @denghuilu in #1963
- 移动 variable_cell.* 到 module_relax by @YuLiu98 in #1972
- 重构了 mulliken charge 并添加了SOC支持 by @1041176461 in #1976
- 删除了MPI相关的部分冗余代码 by @Qianruipku in #1975
- 重构了 MD_dump 中的控制部分 by @YuLiu98 in #1982
- 移除了 module_charge 中的冗余输出 by @maki49 in #2017
- 重命名了部分 MD输入参数 by @YuLiu98 in #2012
测试
- 新增了对 zeros 的单元测试 by @yuhuan12 in #1929
- 新增了对 ComplexMatrix 的单元测试 by @SeptemberMy in #1942
- 新增了对 math_chebyshev 的单元测试 by @Qianruipku in #1946
- 新增了对 class K_Vectors 的单元测试 by @hongriTianqi in #1943
- 新增了对 HSolver基类 的单元测试 by @dyzheng in #1952
- 新增了对 module_xc 的单元测试 by @wenfei-li in #1964
- 完善了对 opt_CG 和 opt_TN 的单元测试 by @sunliang98 in #1971
- 新增了对 mkdiratom 的单元测试 by @yuhuan12 in #1961
- 新增了对 Vector2Ptr_v3double 的单元测试 by @SeptemberMy in #1985
- 新增了对module_vdw 的单元测试 by @pxlxingliang in #1977
- 新增了对 hsolver_pw.cpp 的单元测试 by @dyzheng in #1986
- 新增了对 v_xc 的单元测试 by @wenfei-li in #1980
- 新增了对 Unitcell 的单元测试 by @hongriTianqi in #1997
- 新增了对 openlog 的单元测试 by @yuhuan12 in #1989
- 新增了对 SphericalBesselsjp 的单元测试 by @SeptemberMy in #2000
- 新增了对 MemAvalibale TEST_LEVEL 和 V*M模板 的单元测试 by @yaohaoze in #2004
- 新增了对 UnitCell reading pp 的单元测试 by @hongriTianqi in #2009
- 新增了对 Numerical_Nonlocal_Lm类 的单元测试 by @jinzx10 in #2010
- 新增了对 matrix::fill_out 的单元测试 by @KCJ2000 in #2014
- 简化了 unitcell 的单元测试文件 by @hongriTianqi in #2015
- 新增了对 hsolver_pw_sdft 的单元测试 by @dyzheng in #2011
- 移除了 module_io 中部分代码的覆盖率检查 by @hongriTianqi in #2021
- 更新了 global_file_test.cpp 中的单元测试 by @yuhuan12 in #2024
- 新增了 Numerical_Orbital_Lm类 的单元测试 by @jinzx10 in #2025
- 新增了 tool_title 的单元测试 by @SeptemberMy in #2020
- 新增了 LCAO_Orbitals类 的单元测试 by @jinzx10 in #2037
- 添加了 UnitCell类 中更多的测试 by @hongriTianqi in #2035
Bug修复
- 修复了 klist.cpp 中的问题 by @hongriTianqi in #1947
- 添加了 device设置 的调试信息 by @denghuilu in #1957
- 删除了 chebyshev 中的 __MIX_PRECISION 并修复了相关bug by @Qianruipku in #1973
- 修复了当单位为Angstrom时半径除以BOHR2A的bug by @pxlxingliang in #1967
- 修复了 test_xc 相关的cmake file by @wenfei-li in #1974
- 修复了 out_hs2_interval 导致的bug by @YuLiu98 in #2005
- 修复了 Operator 的析构中的内存泄漏 by @dyzheng in #2013
- 调整了 atom-sort算法 并修复了相关的单元测试 by @maki49 in #2030
- 修复了 scalapack 相关的内存泄漏 by @Qianruipku in #2027
- 修复了输出标题中的bug by @hongriTianqi in #2041
- 修复了 MD 中由于所有原子固定导致的bug by @YuLiu98 in #2028
- 修复了 pzhegvx() 导致的段错误 by @Qianruipku in #2038
- 修复了 rhog_symmetry 中的bug by @maki49 in #2039
- 修复了 tool_title.h 中默认值的错误 by @hongriTianqi in #2043
完整的更新列表
https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/compare/v3.1.3...v3.1.4

最后提交信息为： Feature: optimized default settings of mixing_beta and mixing_gg0 (...

v3.1.3

ee0f651

2023-03-10 16:26

v3.1.3

新功能和性能优化
- 新增输出哈密顿量矩阵对原子位置求导的功能 by @wenfei-li in #1880
- 新增在TDDFT计算中输出电极矩功能 by @lyb9812 in #1887
- 新增在TDDFT计算中支持多电场模拟功能 by @1041176461 in #1889
- 修改了数值原子轨道基组生成功能中INPUT文件的贝塞尔函数相关控制参数名 by @PeizeLin and @dyzheng in #1891
- 优化代码细节提升了程序性能 by @caic99 in #1885, @dyzheng in #1895, @Alcanderian in #1901
- 新增POC版本测试报告https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/discussions/1948

安装及编译
- 新增了对LIBXC 6 版本的支持 by @caic99 in #1932
重构及代码整理
- 将write_dos_lcao 和 write_dos_pw拆分为不同的函数 by @hongriTianqi in #1890
- 重构了src_parallel目录中的文件 by @dyzheng in #1922
- 将读取赝势文件的位置移到esolver_fp中 by @YuLiu98 in #1926
测试
- 新增了对 abfs-vector3_order 的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1878
- 新增了对 module_base 中构造函数的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1882
- 新增了对 blas_connector 的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1881
- 新增了对 klist_test.cpp 的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1897
- 新增了对 read_pp 的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1900
- 新增了对 pseudo_nc 的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1911
- 新增了对 ComplexArray 的单元测试 by @SeptemberMy in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1910
- 新增了对 运算符重载“()”的的单元测试 by @SeptemberMy in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1917
- 新增了对 atom_pseudo 类的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1919
- 新增了对 Atom 类的单元测试 by @hongriTianqi in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1923
- 新增了对 libm 库相关代码的单元测试 by @Alcanderian in https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/pull/1933
Bug修复
- 修复了Issue#1828中出问题的UT by @denghuilu in #1883 #1894
- 修复了对DeePMD势函数的编译支持 by @YuLiu98 in #1888
- 修复了没有istate.info文件输出的问题 by @hongriTianqi in #1896
- 修复了Libxc和非共线磁矩功能同时使用时的问题 by @dyzheng in #1879
- 更新了默认支持的 LibRI 和 LibComm库版本 by @ouqi0711 in #1907
- 修复了设置stru_file时的问题 by @Qianruipku in #1930
- 修复了#1992中引入的UT的问题 by @hongriTianqi in #1931
- 修复了atom_spec_test中的bug by @hongriTianqi in #1934
- 修复了编译中的部分warning信息和缺失的输入参数文档 by @PeizeLin in #1939
完整的更新列表
https://github.com/deepmodeling/abacus-develop/releases/tag/v3.1.3[输入链接说明](http://)

最后提交信息为： Fix: warning in #1939 and add documentations (#1939)

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