ABACUS 中文文档主页

一、介绍

ABACUS（Atomic-orbtial Based Ab-initio Computation at UStc，中文名原子算筹）是国产开源密度泛函理论软件，相关介绍 ABACUS 的新闻可在 ABACUS 新闻稿整理查看，以下是一些常用地址：

ABACUS 在 DeepModeling 社区中的 GitHub 仓库地址为：

https://github.com/deepmodeling/abacus-develop

ABACUS 的 Gitee 镜像仓库地址为：

https://gitee.com/deepmodeling/abacus-develop

ABACUS 网站访问：

http://abacus.ustc.edu.cn/

文档（包括安装方法、输入输出参数介绍、功能介绍、算例介绍、开发者须知等）：

https://abacus.deepmodeling.com/en/latest/

本教程系列旨在帮助新手用户入门了解 ABACUS 的使用。秉着开源软件的理念，本文档是由开源社区的老师同学们贡献所成。如果你也想贡献一份文档，我们十分欢迎，请参考如何贡献 ABACUS 使用教程。

本教程中标有 Logo的部分可以直接在 Bohrium Notebook 上打开。

在 Bohrium Notebook 上快速学习，见快速开始 ABACUS｜ 自洽 能带 态密度 结构优化；在 Bohrium 平台上运行大任务，见教程。

二、用户文档

2.1 ABACUS 编译教程

1. 官方编译教程（英文官网）
2. GCC 编译 ABACUS 教程
3. Intel oneAPI 2024.x 编译 ABACUS 教程
4. Intel oneAPI 编译 ABACUS 教程
5. 编译 Nvidia GPU 版本的 ABACUS
6. ABACUS LCAO 基组 GPU 版本使用说明
7. 在超算环境编译 ABACUS 的建议
8. ABACUS 在曙光 DCU 集群上的编译与使用
9. ABACUS toolchain 脚本集
10. ABACUS 编译教程系列之一：基于 Intel 编译器（B 站视频）
11. ABACUS 编译教程系列之二：基于 CUDA（B 站视频）
12. ABACUS 编译教程系列之三：docker 的使用（B 站视频）

2.2 建模

1. 准备晶胞和原子位置等信息的文件 STRU：如何转换 STRU 的格式
2. ABACUS 如何选择晶胞朝向获得最佳并行效率？以碳纳米管为例
3. ABACUS 如何选择晶胞朝向获得最佳并行效率？以二维氮化硼为例
4. 准备赝势： 模守恒赝势生成方法简介
5. 数值原子轨道基组生成教程：
   1. 数值原子轨道（一）：ABACUS 中的数值原子轨道命名和使用方法
   2. 数值原子轨道（二）：生成给定模守恒赝势的数值原子轨道
   3. 数值原子轨道（三）：产生高精度数值原子轨道

2.3 Kohn-Sham 密度泛函理论

1. ABACUS 的平面波计算与收敛性测试
2. 电子自洽迭代
3. ABACUS 使用教程 ｜ 结构优化
4. ABACUS 磁性材料计算使用教程
5. ABACUS 使用 DFT+U 计算教程 | 基础版
6. ABACUS+LibRI 做杂化泛函计算教程
7. ABACUS 收敛性问题解决手册
8. ABACUS 答疑手册 v0.2 版本
9. ABACUS 对比 CP2K 精度和效率测试 | Si 的状态方程（EOS）
10. 有 VASP 使用背景的用户上手 ABACUS 教程：ABACUS新人使用的一些注意事项

2.4 分子动力学

1. ABACUS 分子动力学使用教程
2. ABACUS+DeePMD-kit 做机器学习分子动力学模拟

2.5 AI 辅助功能

1. DeePKS 方法
   1. DeePKS 基础篇
   2. DeePKS 案例篇 + 增强采样
   3. DeePKS 实战（一）| 钙钛矿体系以 PBE 效率实现 HSE06 精度的能量标签训练（针对单一元素组合体系）
   4. DeePKS 实战（二）| 钙钛矿体系以 PBE 效率实现 HSE06 精度的多标签计算（针对单一元素组合体系）
   5. DeePKS 实战（三）| 钙钛矿体系以 PBE 效率实现 HSE06 精度的多标签训练（针对非单一元素组合体系）
   6. DeePKS 实战（附录）| 使用 DeePKS init 功能进行训练数据的生产
2. ABACUS+DPGEN 使用教程
3. ABACUS+DeepH 建立碳材料的哈密顿量模型

2.6 特色功能

1. 随机波函数密度泛函理论
   1. ABACUS 随机波函数 DFT 方法使用教程
   2. ABACUS 随机波函数 DFT 计算电子电导热导教程
2. ABACUS 实时演化含时密度泛函理论使用教程
3. ABACUS 无轨道密度泛函理论方法使用教程
4. ABACUS 隐式溶剂模型使用教程

2.7 后处理

1. ABACUS+Atomkit 计算态密度和能带
2. ABACUS 计算 PDOS
3. ABACUS 输出部分的电荷密度和波函数及可视化教程
4. ABACUS 计算电子局域函数 ELF 使用教程
5. ABACUS+Bader charge 分析教程
6. ABACUS+pymatgen 计算弹性常数
7. ABACUS+Phonopy 计算声子谱
8. ABACUS+pyatb 能带反折叠计算
9. ABACUS+ShengBTE 计算晶格热导率
10. ABACUS+Phono3py 计算晶格热导率
11. ABACUS+Wannier90 使用教程
12. ABACUS+Candela 使用教程
13. ABACUS+USPEX 接口教程
14. ABACUS+Hefei NAMD 使用教程
15. ABACUS+ASE 做过渡态计算
    1. ATST-Tools: ASE-ABACUS 过渡态计算工作流套件与算例 (支持 NEB，Dimer，AutoNEB 等过渡态方法)
    2. ABACUS-ASE做NEB计算 （简单算例）

三、教程

3.1 基于 ABACUS 的表面计算教程

1. 静电势和功函数
2. 偶极修正
3. 表面能计算
4. 表面缺陷能和吸附能计算
5. 外加电场
6. 补偿电荷
7. 固定电势方法在ABACUS中的实现

3.2 《计算材料学》采用 ABACUS 的计算模拟实例

1. ABACUS 计算模拟实例 | 概述
2. ABACUS 计算模拟实例 | I. 原子及小分子气体能量计算
3. ABACUS 计算模拟实例 | II. C2H5OH 的振动模式与频率计算
4. ABACUS 计算模拟实例 | III. 材料平衡晶格常数计算
5. ABACUS 计算模拟实例 | IV. 堆垛层错能的计算
6. ABACUS 计算模拟实例 | V. Al 的弹性性能指标计算
7. ABACUS 计算模拟实例 | VI. 空位形成能与间隙能计算
8. 2024 秋计算材料学-上机练习：ABACUS 能带和态密度计算
9. ABACUS 计算模拟实例 | VIII. 基于 HSE06 的态密度与能带计算
10. ABACUS 计算模拟实例 | IX. 表面能的计算
11. ABACUS 计算模拟实例 | XI. Pt 表面简单物种的吸附能计算
12. ABACUS 计算模拟实例 | XII. Pt(111)表面羟基解离的过渡态搜索
13. ABACUS 计算模拟实例 | XIII. Pt 表面的 ORR 催化路径

3.3 公众号文章推荐

1. 新服务器安装ABACUS
2. ABACUS中坐标变换——调整真空层方向
3. ABACUS+Wannier90+WannierTools计算Bi2Se3的能带和拓扑性质
4. 更新：ABACUS+Wannier90+WannierTools计算Bi2Se3的能带和拓扑性质

3.4 视频推荐

1. ABACUS轨道生成

四、开发者文档

4.1 基础规范

1. ABACUS 的 Github 仓库 Issues 处理流程
2. ABACUS 开源项目 C++ 代码规范
3. ABACUS 注释规范：Doxygen 入门 (c++)
4. ABACUS 线上文档输入参数撰写规范
5. ABACUS 代码存放规范
6. 如何在 ABACUS 中新增一个输入参数（v3.7.0 后）
7. 如何在 ABACUS 中进行异构计算
8. ABACUS formatter-2.0 版本使用说明书
9. ABACUS 中使用格式化工具 clang-format
10. 如何在 ABACUS 中新增一个输入参数（截至 v3.5.3）

4.2 性能工具

1. 性能分析工具：vtune 快速上手教程
2. ABACUS 全局数据结构和代码行数检测

4.3 编程进阶

1. ABACUS 中的测试（一）：测试的重要性
2. ABACUS 中的测试（二）：测试工具 gtest
3. C++ 程序设计的一些想法
4. 文件输出功能的实现代码结构设计建议：以 ABCUS CifParser 为例
5. 以格点积分程序为例：一些代码开发习惯小贴士
6. 在 ABACUS 中进行差分测试
7. ABACUS 如何处理内存 bug？
8. Tensor 类文档 1：构造和使用说明
9. Tensor 类文档 2：使用和拓展

4.4 模块介绍

1. ESolver 模块介绍
2. HSolver 模块介绍
3. HContainer 模块介绍

4.5 平面波代码介绍

1. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 1
2. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 2
3. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 3
4. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 4
5. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 5
6. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Summary 1
7. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 6
8. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 7
9. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 8
10. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 9
11. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 10
12. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Part 11
13. Introduction to ABACUS: Path to PW calculation - Summary Final

4.6 Pyabacus 介绍

1. Pyabacus 文档一：用户手册
2. Pyabacus 文档二：HSolver 模块
3. Pyabacus 文档三：开发者指南

五、算法文档

1. 电荷密度混合算法介绍
2. 最大局域化 Wannier 函数方法简介