sponge.function.calc_distance

.. py:function:: sponge.function.calc_distance(position_a: Tensor, position_b: Tensor, pbc_box: Tensor = None, keepdims: bool = False)

    计算位置A和B之间的距离。

    在分子动力学模拟中，需要通过势能对盒子(box)体积的自动微分求解压强，因此在计算势能时，必须要把体系内所有使用到的向量转变为相对盒子尺度的大小，再进行下一步的计算。

    若使用 pbc_box 则需要转化为同一个 pbc_box 内坐标计算 A 和B 的距离;若不使用 则用绝对坐标计算 A 和B 的距离。
    在没有周期性边界条件的情况下计算位置A和B之间的距离，用绝对坐标计算。

    参数：
        - **position_a** (Tensor) - 位置A的坐标，shape为 :math:`(..., D)` ，D是模拟系统的空间维度, 一般为3。
        - **position_b** (Tensor) - 位置B的坐标，shape为 :math:`(..., D)` 。
        - **pbc_box** (Tensor) - 周期性盒子，shape为 :math:`(D)` 或者 :math:`(B, D)` ，B是Batch size。
        - **keepdims** (bool) - 如果设置为 ``True`` ，最后一个维度会被保留，默认值 ``False`` 。

    返回：
        Tensor。A和B之间的距离。shape为 :math:`(...)` 或者 :math:`(B, ..., 1)` 。