Smina docking of a small molecule to a protein, then the top 3 poses evaluated by molecular dynamics to select out the best one.
最近更新: 3年多前Millions of small molecules will be downloaded from the ZINC database in 3D SDF file format, serving for docking based virtual screening purposes. ...
最近更新: 4年多前7SI9 是新上市药物辉瑞新冠病毒特效药的常温下的晶体结构。这个项目尝试使用Gromacs对该结构进行绝对结合自由能（ABFE）计算，以希望得到一个结合自由能的数值与实验值进行比对。
最近更新: 4年多前基于元动力学的 ensemble docking 1. 普通动力学 2. 元动力学 3. 普通动力学ensemble docking 4. 元动力学 ensemble docking 5. 比较 6. 最终结果是使用空载apo靶点实现了holo负载靶点的一个类似诱导契合对接的过程。
最近更新: 4年多前Starting from a PDB bank structure or a local PDB structure, setting up and run a molecular dynamics simulation with user-friendly in mind, with Am...
最近更新: 4年多前Calculate the binding free energy difference between two small molecules against the same protein target.
最近更新: 4年多前This is a public repository from Github https://github.com/bioexcel/biobb_wf_virtual-screening . It provides a docking engine for virtual screening.
最近更新: 4年多前A QSAR model with public data or your local data, The model utilises molecular descriptors as the independent variable, bioactivity as the dependen...
最近更新: 4年多前
