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梁晓健 / biotools-cli

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MIT

biotools-cli

Build status

介绍

一个可扩展的,为生物信息学分析提供支持的命令行工具集合(当前仅支持 uniprotkb 网络药理学蛋白质转换基因名)。

软件架构

软件架构说明

安装教程

请确保你的计算机已经正确安装了 python

pip install biotools-cli

安装 python-Levenshtein 可以加速查找过程(可选)

pip install python-Levenshtein

使用说明

  1. 根据你的需求下载 uniprotkb 数据库文件,一般我们选择 Swiss-Prot 和 Human,格式请选择 xml,如果你下载的是压缩文件,请将它解压。假设最终得到的文件为 uniprot_sprot_human.xml,并把它放置在 example 目录下。

  2. 从 uniprot_sprot_human.xml 中提取蛋白质名称以及对应的基因名称并保存到 tsv 格式的文本文件中。

    biotools uniprotkb extract .\example\uniprot_sprot_human.xml .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv

    如果 xml 文件不变化,extract 命令则仅需要执行一次。

  3. 准备蛋白质列表,protein.list,参考 .\example\protein.list

  4. 查找对应的基因名称并保存结果到 .\example\gene.list

    biotools uniprotkb lookup .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv .\example\protein.list .\example\gene.list

博客

使用 biotools 查找蛋白质在 UniprotKB 中对应的基因

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MIT License Copyright (c) 2022 梁晓健 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the Software without restriction, including without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to the following conditions: The above copyright notice and this permission notice shall be included in all copies or substantial portions of the Software. THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.

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