代码拉取完成，页面将自动刷新
这是一个使用Cython+CUDA+Python编写的高性能FES计算软件，可以用于加速数据透视的计算：
E(x)=−kTlog(∑Nj=1eVjkTe−(x−nj)22σ2NΠi√2πσi)
本项目可以直接使用pip进行安装：
$ python3 -m pip install cyfes --user --upgrade -i https://pypi.org/simple
首先将本仓库clone到本地：
$ git clone https://gitee.com/dechin/cy-fes.git && cd cy-fes/
然后直接运行setup.py进行安装：
$ python3 -m pip install .
在本仓库的test路径下存放了一个测试用例，用于测试cyfes是否安装成功。用户可以直接简单的运行：
$ python3 tests/test_path_fes.py
[0.00902854 0. 0.09338432 0.02065182]
[0.03961432 0. 0.01514649 0.02259541]
[0.00129778 0. 0.02988457 0.0869869 ]
[0.01712827 0.01378975 0. 0.02229569]
[0.0114323 0.03356422 0. 0.0328276 ]
若输出为多个数组，则表示安装成功。也可以使用单元测试运行，但是这需要在本地先安装pytest：
$ python3 -m pip install pytest
然后直接在仓库的根目录下运行：
$ py.test
============================ test session starts =============================
platform linux -- Python 3.7.5, pytest-7.4.4, pluggy-1.2.0
rootdir: /home/cy-fes
collected 5 items
tests/test_path_fes.py ..... [100%]
============================= 5 passed in 14.23s =============================
没有报错，则表示安装成功。
在安装成功后，可以直接在Python脚本中调用：
import numpy as np
from cyfes import PathFES
np.random.seed(0)
def test_path_fes():
atoms = 4
cvs = 10000
crd = np.random.random((atoms, 3))
cv = np.random.random((cvs, 3))
bw = np.random.random(3)
bias = np.random.random(cvs)-1
fes = np.asarray(PathFES(crd, cv, bw, bias))
print (fes)
if __name__ == '__main__':
test_path_fes()
还可以使用命令行模式：
$ python3 -m cyfes --help
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-ic IC] [-ib IB] [-s S] [-e E] [-g G] [-o O]
[-no_bias NO_BIAS] [-f32 F32] [-sigma SIGMA]
[-device DEVICE]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i I Set the input record file path.
-ic IC Set the cv index of input record file. Default: 0,1,2
-ib IB Set the bias index of input record file. Default: 3
-s S CV length. Default: None
-e E Edge length. Default: 1.0
-g G Grid numbers. Default: 10,10,10
-o O Set the output FES file path.
-no_bias NO_BIAS Do not use the bias from input file. Default: false
-f32 F32 Use float32. Default: false
-sigma SIGMA Sigma value when calculating FES. Default: 0.3
-device DEVICE Set the device ids separated with commas. Default: 0
假如我们有一个三维的CV，那么最简单的运行方式为：
$ python3 -m cyfes -i /home/Data/xyz_bias.txt -o ./work_dir/z.cub
那么最后产生的文件内容为：
$ head -n 10 work_dir/z.cub
Generated by CyFES
Total 1000 grids
1 21.6622 19.8498 42.3652
10 6.40465 0 0
10 0 7.02147 0
10 0 0 6.33118
1 1.000000 53.6854 54.9571 74.0211
450 450 450 450 450 450
450 450 450 450 450 450
450 450 70.0855 70.848 450 450
该cube格式的文件可以在支持的软件（如VMD）中进行可视化操作。
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import问题。解决方案：升级numpy版本：python3 -m pip install numpy --upgrade。python3 -m cyfes --help报错ModuleNotFoundError: No module named 'cyfes.wrapper'，这是因为执行命令的目录下存在名为cyfes的文件夹，需要切换执行命令的位置。Segmentation fault段错误问题，是因为找不到编译好的动态链接库文件，大概率是系统环境下权限不足，没有site路径的权限，可以使用如下脚本进行检查：# check_dynamics.py
import os
import site
from pathlib import Path
site_path = Path(site.getsitepackages()[0])
site_file_path = site_path.parent.parent.parent / 'cyfes' / 'libcufes.so'
site_dynamics_path = str(site_file_path)
user_site_path = Path(site.USER_SITE)
user_file_path = user_site_path.parent.parent.parent / 'cyfes' / 'libcufes.so'
user_dynamics_path = str(user_file_path)
if not os.path.exists(site_dynamics_path) and not os.path.exists(user_dynamics_path):
print ('Check dynamics complete, no libcufes.so file founded!')
else:
print ('Installation of CyFES success!')
使用python3运行该脚本，即可判断动态链接库是否被正确安装。
此处可能存在不合适展示的内容，页面不予展示。您可通过相关编辑功能自查并修改。
如您确认内容无涉及 不当用语 / 纯广告导流 / 暴力 / 低俗色情 / 侵权 / 盗版 / 虚假 / 无价值内容或违法国家有关法律法规的内容，可点击提交进行申诉，我们将尽快为您处理。
马建仓 AI 助手